根據國家項目管理規定和財政部《基本建設財務管理規定》，項目竣工必須同時以實物數量和貨幣指標為計量單位，編制能綜合反映項目從籌建開始到竣工交付使用為止的全部建設費用的竣工財務決算。
但是，三峽工程建設由于具有投資大、周期長、范圍廣、分批投產交付等特點，加之其間改制上市出售機組等，導致在決算編制中出現了很多新情況、新問題，特別是在建設、運營、改制等復雜環境下的資產劃分、單項工程資產價值確認、公益性資產運行維護費的來源等問題，在編制決算時既無制度基礎，又無成功案例、更無可操作辦法，構成了三峽工程決算編制的制度瓶頸和技術瓶頸。
資產劃分值確認難度大
中國水電建設史上的慣例是：大壩直接構成發電資產的價值，資產的價值補償通過折舊來實現，資產分類一般為生產性質的發電資產和管理性質的輔助資產。
三峽大壩除具發電功能外，還兼具防洪、航運等社會公益性功能，符合固定資產確認條件但又是不可分割的整體。決算編制中究竟怎樣劃分資產，才能既保證大壩的整體性，還能將大壩防洪航運功能以價值形式呈現并與實物形態相對應，是非常困難和值得探討的問題，對于三峽工程來說，成本確認的關鍵是費用性支出的分攤問題，特別是移民經費，其概算投資占比達44.4%，決算投資占比達49.5%。
在工程建設的一期二期，項目所有費用全部進入工程成本無可非議。
但自首批機組投產發電開始，國家要求三峽總公司改制成立長江電力[8.36 1.21% 股吧]股份公司，并收購母公司三峽發電機組，工程進入邊建設邊交付邊營運邊出售的三期建設階段，費用分攤涉及到建設與生產，生產承擔的費用涉及已出售資產和未出售資產，建設費用涉及三峽工程和金沙江等其它建設項目，致使費用分攤錯綜復雜。
三峽水利[17.30 -6.08% 股吧]樞紐主要建筑物由大壩、水電站、通航建筑物三大部分組成，兼具發電、防洪、航運功能，資產相應劃分為防洪資產、航運資產、發電資產。其中，防洪航運資產統稱為公益性資產，其運行維護費在三峽工程總竣工前基本上列入工程成本，即維護費來源于工程建設資金。
工程總竣工后，公益性資產特別是防洪，其效益為社會綜合效益，不能體現為企業財務收益，運行維護費沒有長效機制。如果全部由企業承擔，實質上是企業承擔了公共財政的職能，不太合理也有失公平，企業也負擔不起；如果全部由公共財政承擔，又不符合以電養水、以水養電的通行原則。維護費用到底由誰承擔自始至終爭議較大，資產的維護費來源成為瓶頸。
特色鮮明的資產分類
《三峽工程竣工決算報告》按照國家頒布的《企業會計制度》和電力行業固定資產目錄，根據財政部《關于長江三峽水利樞紐工程竣工財務決算辦法的批復》和《長江水利樞紐可行性研究報告》關于投資劃分的比例（75∶21∶4），結合三峽工程的具體特點，將三峽工程資產按重要性程度分為三大類：一是服務于防洪、發電、航運的三峽工程主體資產，包括大壩、廠房、發電設備、通航設施、管理用固定資產等；二是為工程服務而興建或購買的可永久使用并能獨立經營的其他獨立資產，包括房屋、土地、橋梁道路等43項配套設施；三是將水庫淹沒補償費用856.76億元的21%共計179.92億元作為水庫項目單獨核算，納入三峽樞紐工程永久建筑物，構成三峽工程總造價，資產在固定資產項下設“防洪專用設施”交付使用，并與防洪庫容相對應。三峽工程資產的三大分類具有鮮明的項目特色，這種資產分類方法有助于所有大型基建項目竣工后的資產分類管理。
根據決算辦法，明確以2008年12月31日為基準日的總決算價值為三峽工程交付使用資產價值。其中，已完工程合同尾款、應付水庫移民投資尾款按照相關合同和文件批準數預計確認，未完及續建工程投資支出按照國家批準的工程概算及合同余額合理預計確認，升船機待其完工之時補充編報單項工程竣工財務決算。
以發電單元的方式交付資產
為滿足三期工程建設和電力生產并行局面下的管理和核算的需要，工程總竣工前，對發電資產中已經完建的實物資產以發電單元為單位暫估入賬并進行交付使用，由三峽總公司委托三峽電廠專門列示資產清單，作為資產進行管理。這種交付方式僅僅是一種合同管理關系，不是資產交付的依據。工程總竣工決算時，按照實物資產交付方式以發電單元的方式交付資產。這種資產交付方式解決了大型基建項目邊建設邊運營期間經營性資產計價和交付的矛盾，解決了三峽工程資產實物移交與管理移交的矛盾。
2003年11月，三峽總公司編制了首批4臺發電機組暫估入賬財務報告，暫估價值185.05億元。之后，三峽總公司在2004年辦理階段性竣工決算基礎上根據國家關于三峽工程投資概算調整相關文件、水庫移民規劃調整概算及國家審計調賬要求，重新測算了三峽工程總投資和三峽工程財務總支出，并以此為基礎，按機組投產順序編制了單臺機組暫估入賬報告，作為辦理資產交付和計提折舊的依據。每次出讓時，三峽發電資產都要重新核定其價值，然后根據三峽工程實際造價、電價、電量、利率水平及總公司的預期回報等因素動態調整出讓價格。
截至2009年1月，三峽電站26個發電單元已全部暫估入賬，相關暫估入賬報告均已報財政部駐湖北專員辦備案同意。這種資產價值的入賬方法，解決了資產最終價值與計提折舊的問題，也解決了資產產權變動與機組出售定價的問題。
三峽大壩兼具發電、防洪、航運功能，為解決防洪航運等公益性資產的運行維護等經常性費用的長效問題，根據財政部《關于中國長江電力股份有限公司企業所得稅處理問題的通知》規定，三峽總公司根據長江電力已收購三峽電站機組的年發電量，按每千瓦時1.52分（含有1.06分/千瓦時的折舊費）計提公益性資產運行維護費，每年約13億元，視同財政專項撥款，專項用于公益性資產運行維護支出，當年結余結轉下年度使用。國資委《關于中國長江三峽工程開發總公司主營業務整體上市有關事項的批復》，同意三峽工程公益性資產不納入整體上市范圍，運行維護費用在“國家重大水利工程建設基金”中每年安排13億元。至此，公益性資產運行維護費有了穩定的保障。
