事業單位會計也面臨新環境，也需要注入新的會計理念，對于當前事業單位會計改革發展中的種種矛盾和問題，應當結合環境變化運用新的觀念仔細分析，爭取整體性的解決。
一、對現行事業會計制度的積極作用應該做出科學評價
改革需要一定的條件和步驟，而理性的分析和評價尤為重要，改革順利進行的前提是對現行制度體系的合理性進行分析，保持其中符合客觀需要的部分，變革其不合理部分，自1997年的預算會計制度改革以來，從運行情況來看，事業單位會計制度至少滿足了會計工作和財務管理制度化規范化的基本需要，這主要體現在以下幾點：
一是通過對事業單位所用會計方法的規范，進一步縮短了和企業會計的差別。比如采用借貸記賬法以取代收付記帳法，引入了會計假設、會計原則等企業會計理論的基本概念，為進一步借鑒企業會計改革的成果提供了理論平臺；事業單位會計的特點主要體現在基金和支出控制方面，其對財產管理資產計價等方面，甚至對外投資、租賃資產等方面,和企業會計的核算方法有許多共同之處，現行事業單位會計制度借鑒了當時的企業會計制度，涵蓋了這些內容，使其會計系統性更強，內容更為完整，為進一步在此基礎上深化改革提供了很好的基礎。
二是通過制定事業單位會計準則和通用的事業單位會計制度，協調了同屬事業單位的不同行業的基本會計指標和財務報表項目，使得會計信息更具有可比性，準則和制度對事業單位面對的基本業務和重要會計政策選擇給出了比較符合實際的規定，為不同行業的事業單位會計的統一奠定了基礎，也為進一步制定具體的事業單位會計準則具體準則提供了思想和知識準備。
三是現行事業單位會計制度充分考慮了政府預算管理的需要，對于近年來陸續進行的相關政府財政管理制度的多項改革，如結算制度的改革，政府收支分類改革等，體現了其較強的適應性。與其他制度的良好配套性也是制度改革需要格外重視的一個方面，尤其是事業單位會計同政府與預算管理制度方面的融合，體現了事業單位會計管理特殊的需要，不可忽視。
四是現行事業單位會計制度在財產管理、收支控制和反映以及事業單位財務管理工作中的規范作用也十分明顯，事業單位會計制度相關部分與財政部制定的同樣適用于事業單位的內部會計控制規范配合較好，作用明顯。
五是從制度運行成本來看，由于制度簡明清楚，學習成本、培訓成本和執行障礙都比較少，滿足了各個基層事業單位基本財務管理的需要；對事業單位會計制度的學習也提高了事業單位財務會計人員的業務素質和財務會計理論水平，為進一步的改革提供了人才和知識準備。
當然現行制度的合理性和優點不止如此，應該指出的是，在現行制度基礎上完善而不是全面否定現行制度應該是一個基本原則，是毋庸置疑的。任何制度和理論一樣，都存在著一定的優勢和弊端，都存在著其合理因素和不適應環境的要素，需要認真分析和判斷。對事業單位會計制度需要做的種種變革也應當持相對比較謹慎的態度；改革應當充分考慮改革的實際條件和步驟，應該歷史地考慮與相關制度規范的配套和銜接，而現行事業單位會計制度的經驗值得借鑒。
二、更新觀念，重新審視事業單位會計的環境和定位
事業單位會計的改革環境總的來說主要受兩個大環境的影響，一是我國財政管理體制改革引起的管理環境和管理模式的變革，二是企業會計改革所掀起的現代會計和財務管理理論的改革熱潮；前者是環境需要的變化，后者是會計本身的進步的影響，是工具性的發展。這里面臨許多新的認識上的問題，其中最為關鍵的是，事業單位會計的目標和基本職能是什么，以往的事業單位會計功能十分強調為政府預算管理和單位預算管理服務，對財政性資金的去向和控制是理所當然的重點，這一點目前仍然不能放松，因為事業單位的業務資金的用途應當受到政府監管，會計改革不能削弱這個控制要求反而應當為其提供更有效的信息；問題在于目前有一些事業單位的理財行為已經超出了這個范圍，有的事業單位有許多市場行為(不僅僅局限為經營活動，比如有些為了使單位資金保值增值進行投機型投資，受資金市場的風險影響就很大），面臨一些更為復雜的財務決策問題，有的事業單位由于決策失誤而存在較大的財務風險，如何合理引入更多的財務指標，提供更豐富的會計信息給包括政府在內的信息使用者，以實現更全面有效的監督管理，值得深思。因此，樹立更新的財務和會計和財務理念，對事業單位財務會計工作的目標和定位提出更系統的規劃，應當是制度改革和創新的認識出發點。
我們認為，通過建立完善系統的事業單位財務和會計制度體系，使得會計行為、內部控制、審計行為、財務分析等均得到有效規范，完成更廣義的受托責任，提供更詳盡的財務會計信息，獲得更高的會計信息質量，實行更嚴格的會計監督和審計監督，應該是事業單位會計制度改革的目標。為實現這一目標，應該將制度改革的全面性系統性和配套性放在重要位置，充分吸收和借鑒企業財務和會計改革的新成果，凡是事業單位適于運用的盡量引入，尤其是先進的管理方法手段方面更要明確支持和指導事業單位運用。為此，如何通過認真研究，建立完善符合事業單位特色的財務和會計理論框架，解決包括會計要素確認、會計屬性的選擇等一系列問題，是急需解決的課題。
三、統籌安排，進一步完善事業單位會計規范體系
現行事業單位會計規范主要包括事業單位會計準則和會計制度，其中適用現行事業單位會計制度的會計主體主要體現三個特點,一是國有性,即民間非營利組織會計單獨執行其他制度，二是非營利性管理模式非企業性, ,三是多行業通用性，包括醫療衛生等多個行業事業單位,甚至包括具有一定行政單位色彩的事業單位都遵循這個制度。
筆者認為,這種劃分更多的是體現了管理體制和統計的要求,而對于會計管理本身的要求考慮不夠,尤其現在事業單位的經濟行為日益豐富,各類事業單位的經濟活動差異日益復雜,僅僅依靠一個基本準則和一套通用的會計制度是不夠的,如果事業單位出現了新的業務,其結果是不斷增加新的會計科目和內容,制度的穩定性就會很差；另外,同是事業單位，僅僅因為管理模式的不同執行不同的制度也并不可取；民間非營利組織會計制度也有必要和事業單位會計制度統一。
所以我們認為理想的制度設計可能是制定統一的非營利組織會計準則，包括基本準則和具體準則，其中具體準則規范各類業務的會計政策和基本方法，包括不同行業的特殊業務，包括民間非營利組織的特殊業務，均可以以明確規定；各類事業單位（包括民間非營利組織）可以根據具體情況選擇執行，各行業（或部門）可根據相應的行業特色，根據準則要求制定行業會計制度。鑒于財政管理對事業單位本身的特殊意義,可以制定相應的報告條例，嚴格規范其報出程序和基本格式，甚至包括報表項目和附注要求，對其會計結果進行統一性要求。
這里需要解決的一個問題是預算管理指標和會計核算指標的口徑協調問題，在對財政資金嚴格監控的條件下，我們認為在一般會計資料基礎上為財政預算管理提供特殊格式的報表是更為妥貼的解決方式。應當承認，會計有自身的理論框架和方法體系，對于特定的業務，應當允許事業單位在日常核算過程中適當的引入會計執業判斷和會計估計，只要在制度中充分保障了這類會計行為和合理性，應當適度放寬限制。比如對于資產減值帶來的財務風險，除了壞賬準備之外，應該考慮其他資產的風險；再如，會計基礎應采用權責發生制，在日常收入確認時，充分判斷是否符合收入確認的條件，期末通過對報表調整反映某一會計期間資金的流入流出，滿足預算管理信息的需要；再如關于折舊問題，事業單位不提折舊，資產的新舊程度、為事業單位服務的質量和能力就不能充分反映，這里提取折舊的方法可以靈活一些，對于通過列支取得的資產，一方面可以列支，對于這就可以通過設置輔助帳戶處理，比如設置折舊科目和累計折舊兩個科目，反映本期提取的折舊，前者計入借方，后者計入貸方，可以累積，資產存續期間，兩個賬戶并存，資產轉出注銷時一并對沖，在資產負債表中，對累計的折舊數字在報表附注中說明即可。總之，只要會計業務處理的方法不影響財政資金的有效控制和管理，事業單位就可以合理采用。
