在此次發布的五項制度中，財政部單獨針對基層醫療衛生機構制定了《基層醫療衛生機構財務制度》和《基層醫療衛生機構會計制度》。
財政部副部長王軍在就新制度答記者問中表示，專門為基層醫療衛生機構制定財務、會計制度，主要是考慮到醫改意見及實施方案對基層醫療衛生機構與公立醫院提出了不同要求，以及新形勢下基層醫療衛生機構和公立醫院在政策和管理上存在的較大差異。
職能定位更明確
在新制度出臺之前，各地基層醫療衛生機構適用的是１９９８年發布的《醫院會計制度》。北京市衛生局財務處蕭瀟告訴記者，在北京的基層醫療衛生機構多為原來的一級醫院改制而成，沿用的是《醫院會計制度》。
隨著醫改的推進，基層醫療衛 生服務體系財政資金保障力度逐步加大。新制度明確規定，基層醫療衛生機構收入主要由醫療收入、財政補助收入和上級補助收入構成，基層醫療衛生機構與公立醫院已產生顯著差異，基層醫療衛生機構的公益性責任也日益凸顯。財政預算資金投入比重加大，政府對基層醫療衛生機構更多地強調收支活動的預算管理，在會計核算流程中也清晰反映了各種補償渠道的資金流程。
此外，在補償政策、財務管理和會計核算方面，基層醫療衛生機構也都明顯有別于公立醫院。中南財經政法大學會計系副主任張琦認為，基層醫療衛生機構業務內容相對單一、業務量較少，并不依賴病人所付的錢，因而在核算要求、成本管理上都不同于公立醫院。
賬目更清晰
新出臺的制度對不少科目進行了調整，或出于簡化核算的需要取 消了舊科目，或增加了一些科目，或將幾個科目進行了綜合，從而使結算更合理，賬目更清晰。
根據新醫改相關精神，基層醫療衛生機構應主要配備、使用基本藥物且實行零差價，因此不再將藥品收支作為一級會計科目單列，而將“藥品收入”和“藥品支出”分別納入“醫療收入”和“醫療衛生支出”等科目進行明細核算。
新增“待結算醫療款”科目，主要針對“收支兩條線”管理的基層醫療衛生機構，該科目設置“門診收費”和“住院收費”一級明細科目。在病人結算醫療款時，應由醫療保險機構負擔的部分，按照有關規定計算確定的門診病人或住院病人的醫療款金額計入“待結算醫療款”科目。
因基層醫療衛生機構關于提供公共衛生服務和基本醫療服務的職能定位，在“醫療衛生支出”科目中，專設立醫療支出和公共衛生支出科目。此科目的設置方便政策制定者和管理部門了解情況、進行監管并做出下一步決策。
