自2011年7月1日起，新的醫院財務、會計制度在公立醫院改革國家試點城市執行，基層醫療衛生機構財務、會計制度和醫院財務報表審計指引也將全面執行。隨著新制度的推出，審計風暴將在醫療機構內刮起一場龍卷風。
據記者了解，與舊版制度相比，新修訂的醫院財務、會計制度對于醫療機構的審計監督成為最大的亮點。相關專家指出，審計制度曾在監督我國各級政府部門資金管理問題上發揮了重大作用，不少腐敗、挪用財政資金的違法行為在審計風暴中被揭露出來，因此，審計制度已經成為最有效的第三方監督手段。
王軍指出：防范財務風險、完善激勵約束機制、加強醫院內部預算和成本管理、加強醫改資金的使用監督等各項工作，都離不開真實、可靠的財務信息。注冊會計師對醫院財務報表進行審計，有助于提高醫院會計信息質量，增強財務狀況和經營成果的真實性和公信力。
在具體的實施過程中，新制度將明確規定對醫院實行核定收支、定項補助、超支不補、結余按規定使用的預算管理辦法，并規定地方可結合實際，對有條件的醫院開展核定收支、以收抵支、超收上繳、差額補助、獎懲分明等多種管理辦法的試點。
重點關注藥品采購
目前，大多數醫院都沒有一套真正的醫院財務管理制度，一些醫院雖然有名義上的財務管理制度，但只涉及一些報銷和費用審批及崗位責任制方面的管理，未對會計方法作出規定，也未對資產管理及賬戶處理過程中出現的各種情況提供指導性意見，只是照搬衛生部的醫院財務管理制度。
據記者了解，不少醫院存在不相容職務參與財務會計工作的問題。所謂不相容職務是指某些相關連的業務，如果集中于一個人身上就會產生差錯或舞弊的可能性。例如，一些醫院藥房會計及自制藥會計由一人承擔，在藥房領用藥品時直接用藥庫的出庫單代替藥房的入庫單，在藥房藥品明細賬中任意調節，造成藥品管理失控。
中國人民大學李憲法教授指出，由于藥房管理不善，給醫院帶來了巨大的管理成本，西部地區一些三甲醫院75%的藥品加成收入消耗在藥房的管理上。
據記者了解，藥品和醫療器械采購環節將成為審計重點。與企業財務報表審計相比，醫院財務報表審計在業務流程和內部控制、成本核算、固定資產管理等諸多方面具有很多特殊性。對于醫院財務會計核算和內部控制中容易出現問題的領域和薄弱環節，《醫院財務報表審計指引》明顯指出醫院購銷環節存在錯報風險，該文件指出：藥品和醫療器械采購環節的控制存在缺陷，如采購的授權與審批權限設置不合理，缺乏有效的制約，存在違規采購。
因此，會計師將對如相關人員收取供應商回扣的情況，被審計醫院是否規定工作人員不得從供應商那里獲得回扣和禮品；不得參加供應商提供的免費旅游等活動；工作人員不得收取患者醫藥費之外的禮品或禮金；對違反有關政策和規范的行為是否采取適當的懲罰措施等情況進行重點審計。
保障補償資金合理使用
隨著醫改的逐步推進，通過財政補償解決以藥養醫，推進醫藥分開，此時，如何查明醫療機構財務狀況、取消以藥養醫之后所需要的補償，以及補償資金的使用情況，成為新財務制度審計監督的方向。
王軍指出：引入注冊會計師審計制度，有利于進一步加強對政府衛生投入資金使用情況的監督管理，形成科學有效的監督體系，這是確保醫改資金投入與使用安全、規范、透明有效的重要機制。
醫藥衛生體制改革使被審計醫院運營所處的行業環境發生了變化。業界應通過實行藥品購銷差別加價、設立藥事服務費等多種方式逐步改革或取消藥品加成政策，同時，采取適當調整醫療服務價格、增加政府投入、改革支付方式等措施完善被審計醫院補償機制。這些改革會對被審計醫院的藥品采購、醫療收入、財政補助等多方面產生影響。
為了應對醫改啟動之后，醫療機構在財務上面臨的復雜局面，新財務制度將根據收入按來源、支出按用途劃分的原則，合理調整醫院收支分類，配合推進醫藥分開改革進程，弱化藥品加成對醫院的補償作用，將藥品收支納入醫療收支統一核算，根據業務活動需要，收支分類中單獨核算科研、教學項目收支。這些規定既體現了醫院的公益性質和業務特點，又規范了醫院的各項收支核算與管理。
