新公布的五項制度包括財政部會同衛生部修訂印發的《醫院財務制度》和《醫院會計制度》，制定印發的《基層醫療衛生機構財務制度》和《基層醫療衛生機構會計制度》，以及中國注冊會計師協會制定印發的《醫院財務報表審計指引》。新的醫院財務、會計制度將于2011年7月1日起在公立醫院改革國家聯系試點城市執行，2012年1月1日起在全國執行。基層醫療衛生機構財務、會計制度和醫院財務報表審計指引都將于2011年7月1日起全面執行。財政部、衛生部于1998年頒布的醫院財務、會計制度，將于新規執行的同時廢止。
記者了解到，與舊版制度相比，新修訂的醫院財務、會計制度充分體現了公立醫院的公益性特點，強化了醫院的收支管理和成本核算，在醫療藥品收支核算、醫療成本歸集核算體系、會計科目和財務報告體系、醫院財務報表注冊會計師審計等方面均進行了較大調整和創新。新的醫院財務制度重點強化醫院財務管理的幾個重要方面，如真實反映資產、合理確定醫療成本、健全成本核算、加強預算管理，特別強調三級醫院必須設置總會計師一職。
新制定的基層醫療衛生機構財務、會計制度則是為深化醫改“量身定制”，著重體現政府對基層醫療衛生機構收支活動的預算管控，強化預算約束機制，合理劃分收支，規范資產管理，并結合實施績效工資，設立獎勵基金，建立激勵機制。
新的醫院財務、會計制度明確規定，醫院年度財務報告應按規定經過注冊會計師審計，中國注冊會計師協會還專門制定了相應的醫院財務報表審計指引。
財政部副部長王軍表示，五項制度的貫徹落實將與醫改整體工作進展緊密結合，通過適當的財務、會計信息披露增強醫療機構業務活動和成本構成的透明度，制約對患者的不合理收費和醫藥費用過快上漲;通過建立與績效掛鉤的財務管理體系，推動醫療機構人事制度和收入分配制度改革;通過引進醫療機構財務報告注冊會計師審計，加快形成內外部監督相結合、全過程、全范圍的監督體系。
