為全面了解中小企業信用擔保機構發展現狀，貫徹落實中央有關扶持中小企業發展政策，應對國際金融危機對中小企業的影響，更好地為中小企業發展提供融資擔保服務，各地審計機關紛紛組織開展了對中小企業信用擔保機構融資擔保情況的審計和調查，結果顯示各地中小企業信用擔保機構對切實解決中小企業融資難，促進中小企業發展，以及擴大就業、培養稅源、提升企業信用等起到了積極的推動作用，但各地中小企業信用擔保機構在擔保運行和發展中面臨許多困難和問題，嚴重制約著擔保行業和中小企業的發展，筆者通過審計實踐認為目前擔保機構面臨的問題主要有：
一、政府部門行政干預較多，擔保經營偏離為中小企業擔保融資服務宗旨
由于國有中小企業融資擔保機構管理體制上隸屬于政府部門，監管會成員來自政府部門及金融機構，為此，國有中小企業信用擔保機構在融資擔保經營的過程中，監管會難以發揮實質性監管作用，經營的獨立性往往受到限制，擔保經營常常受到來自政府及其部門的行政干預，無法獨立開展擔保業務，地方政府為解決基礎設施建設和社會事業資金短缺的矛盾，嚴重偏離了當地政府設立擔保中心的初衷，將國有中小企業擔保機構作為財政性融資平臺，紛紛要求國有中小企業擔保機構為地方重大工業投資項目、工業園區建設項目、基礎設施建設項目、教育和社會事業等非中小企業流動資金貸款提供擔保，而眾多中小企業卻得不到資金支持，出現融資難的局面，嚴重影響了中小企業的發展。
二、擔保業務操作不規范，反擔保措施不到位
一些地方中小企業信用擔保機構在擔保過程中由于受政府及其部門的行政干預，以及從業人員素質低、專業人才缺乏因素的影響，再加上自身內部控制制度不健全，未嚴格按程序和流程辦理貸款擔保業務，致使擔保業務操作不規范，反擔保措施常常超出規定方式，反擔保措施不到位，辦理擔保貸款時，既沒有有效資產抵押、質押，又沒有提供反擔保人，貸款擔保存在較大的風險。
三、超比例為企業提供擔保，抗風險能力較弱
目前有些地方中小企業信用擔保機構超規定、超比例為企業提供信用擔保現象十分普遍，超比例數額巨大，擔保期內單筆單戶超額擔保時有發生，一方面一些地方擔保機構不顧自身擔保能力的不足，違規擔保、超比例擔保，由此加大了擔保機構擔保經營風險；另一方面不注重提高自身實力，經營中降低標準少收擔保費，少提或不提準備金，擔保基金得不到有效補充，暴露出自身抗風險能力不足的問題。
四、擔保機構缺乏從事擔保業務相關專業人才
審計注意到國有中小企業信用擔保機構人員構成大多來自行政機關和事業單位，從事擔保業務前，基本沒有從事過金融服務業，缺乏相應的專業運作能力，對擔保行業的高風險認識不足；民營擔保機構人員構成更為復雜，除少數擔保機構外聘銀行等金融機構退職人員外，從業人員基本缺乏對金融、財務方面的專業知識和技能，為此開展擔保業務阻力較大，擔保行業專業人才缺乏，嚴重制約了擔保業的發展。
五、擔保行業法律法規尚不健全
擔保行業不同于銀行、保險等金融企業，其起步比較晚，目前正處于迅猛發展階段，法律法規嚴重滯后于擔保行業發展現狀，現有的法律法規不健全，僅適用于政府出資設立的以中小企業為服務對象的融資擔保機構，導致民營擔保機構的設立在地位、職能等方面缺乏法律支持，處于弱勢地位，已出臺的國家有關扶持政策難以落實到位，銀行與之合作的意愿不強，并且條件過于苛刻，有些民營擔保機構雖然內部出臺了各種操作規程及內控制度，在具體運作中起到一定的引導作用，但在總體操作過程和財務管理方面還存在不同程度的問題，有待改進和完善。
