一、高校內審組織模式的相關規定
（一）《審計署關于內部審計工作的規定》的要求 2003年3月審計署發布了修訂后的《規定》，指出“內部審計是獨立監督和評價本單位及所屬單位財政收支、財務收支、經濟活動的真實、合法和效益的行為，以促進加強經濟管理和實現經濟目標”。其第三條對內部審計機構的組織作出了規定：“國家機關、金融機構、企業事業組織、社會團體以及其他單位，應當按照國家有關規定建立健全內部審計制度。法律、行政法規規定設立內部審計機構的單位，必須設立獨立的內部審計機構。法律、行政法規沒有明確規定設立內部審計機構的單位，可以根據需要設立內部審計機構，配備內部審計人員”，并規定：“內部審計機構在本單位主要負責人或者權力機構的領導下開展工作”。
（二）《教育系統內部審計工作規定》的要求2004年6月教育部為了健全教育系統內部審計制度，規范教育系統內部審計工作，重新修定了《教育系統內部審計工作規定》。其第四條規定：“教育行政部門和單位應當依照國家法律法規和本規定，實行內部審計制度，設置獨立的內部審計機構，配備審計人員，開展內部審計工作”。第五條規定，“單位，是指高等學校及其他教育事業、企業單位。”由此可見，一般的高等學校均應設置獨立的內部審計機構。
二、高校內審組織的主要模式
（一）與紀檢監察合署模式這種模式是基于對內部審計作用的傳統認識所形成的，對內部審計的建設作用認識不足。這種模式存在諸多缺陷：（1）內部審計往往被等同于紀檢監察行為，只能專注于查找違紀行為，可以發揮的作用極為有限；（2）內部審計行為被帶上紀檢的色彩，不易于被組織內的其它機構和人員所接受，容易導致沖突和誤解；（3）內部審計不易于獲取廣泛的資料，不容易開展工作，無法發揮對組織有效運行的建設性作用；（4）最終的結果往往會導致內部審計機構職能的弱化。
（二）與財務處舍署模式這種模式是一種被廣泛采用的模式。一方面，審計常常被認為是與財務直接掛鉤的，其職能主要集中于查找財務會計領域的錯誤與舞弊；另一方面，一些內部審計機構的領導人往往是從財務部門調過來的，內部審計人員一大部分是由原來的財務人員擔任的。因此，與財務處合署辦公模式被許多高校采納。具有以下優點：（1）財務部門本身有撥款、報銷等各種控制職能，在這些職能基礎上行使審計職能，使得一些目標容易實現。如對建筑合同進行審計，如果發現承建單位沒有完成合同規定的任務，便直接可以扣款或延遲匯款進行控制；（2）內部審計人員容易從財務部門獲取所需的資料和會計信息，容易開展審計工作。但也存在以下缺陷：（1）審計職能與財務控制職能容易混淆；（2）組織內部的很多管理活動和經濟活動本身就由財務處主導或參與完成的，使得審計獨立性受到威脅，在監督與評價財務部門參與的活動時可能發表不公正的意見。
（三）財經管理辦公室主導模式一些學校成立的專門的財經管理辦公室或者財經委員會，來領導本校的財務處和審計處工作。在這種模式下，內部審計的獨立性較前兩者強。內部審計機構可以通過向財經委員會報告審計工作和審計中發現的情況，并通過財經委員會來改進組織中的錯誤或低效行為，以此來提高審計組織的權威性。這種模式的關鍵在于財經委員會的權威性，如果財經委員會由院校最高行政首長領導，則內部審計的獨立性有較好保障。但是，顯然內部審計通過財經委員會來與最高行政首長溝通，增加了溝通的層次，容易導致誤解。
（四）審計委員會主導模式受企業界紛紛成立審計委員會的啟示，一些院校逐步地成立了審計委員會來領導內部審計開展工作。盡管其效果尚有待實踐檢驗，但從理論上來說，成立審計委員會似乎是牽強的。企業界成立主要由獨立董事組成的審計委員會，一方面是為了支持注冊會計師開展工作，以保持獨立性、抵制來自于企業管理層的壓力；另一方面是為了增加注冊會計師和董事會的溝通，并保證董事會能夠正確理解和評價注冊會計師的工作。而這兩方面的情況，就目前的高等院校來說都不存在。因此，從現在的實際情況來說，成立審計委員會領導內部審計工作效果并不理想。當然，如果將來高等院校也類似于一般的企業普遍成立學校董事會，在董事會下成立審計委員會來開展內部審計工作，審計委員會可能會發揮實質作用。
（五）獨立的審計機構模式在該模式下，內審人員直接對院校最高行政首長負責并報告工作，其工作、機構、人員、經費等始終處于獨立超脫的地位。具有以下幾個優點：（1）確保內部審計的獨立性。在該模式下，審計機構與被審計單位不存在任何的行政隸屬關系，能夠超然獨立的開展審計工作。（2）更好的發揮審計的制約作用，對被審計單位的內部控制進行更好的再控制。（3）更好的發揮審計的促進作用。被審計單位對審計提出的增加經濟效益。提高管理水平的建議更加重視。（4）與財經管理辦公室領導模式和審計委員會領導模式相比，該模式能夠減少溝通的環節，增強審計工作的效率。
三、高校內審組織模式的設計
設立合理有效審計組織模式的出發點是為了切實發揮內部審計的作用，推動高等院校的現代化管理；其立足點在于保證內部審計的獨立性。另外一個必須結合考慮的情況是高等院校管理和業務的主要類型，及其區別于一般兩權分立下的企業管理和業務類型。結合我國現在的法律法規體系以及高等院校內部審計近十幾年來開展的情況，合理有效的模式應如下設計：
（一）高等院校成立獨立的審計機構成立與該校財務部門、紀檢、監察等部門平行的內部審計專職機構，這種設計思路主要是為了有效避免與紀檢監察合署模式及與財務合署模式的部分缺點，即避免審計的紀檢色彩及審計與財務控制職能的混淆，保障內部審計人員更加獨立的開展內部審計工作。而且，這種設計思路也比財經管理辦公室主導模式和審計委員會主導模式的溝通環節少，審計工作的效率高。
（二）內部審計機構的級別設計內部審計機構應在級別相當于副校長或副書記的總審計師的直接領導下開展工作。在這種模式下，內部審計機構的直屬領導層次高，其獨立性也強，審計工作的職能作用更容易發揮。
（三）內部審計機構的職責設計總審計師和內部審計機構直接對校長或者學校董事會報告工作。該項設計思路有助于提高院校領導對內審工作的重視，有助于相關部門更有效的貫徹執行內審對內部控制制度建設、內部控制執行、風險防范的建議與意見，促進學校經濟管理層次的提高。應該說，這種模式不僅與《審計署關于內部審計的工作規定》和《教育系統內部審計工作規定》的要求一致．而且更能有效的保證內部審計機構和人員的獨立性，促進內部審計制約、促進、保護、預警作用的發揮。在這種模式下，內部審計機構不僅在財務收支方面發揮審計作用，而且在內部控制評審和績效審計等方面也會更有作為。但是，模式的改進不僅需要外部力量（包括法律法規、規章制度等）的推動，更需要高校內部審計自身作出巨大的努力，
總之，各高校因管理組織結構、規模大小等不同，未必強調其采用單一的內部審計組織模式。各高校可根據自己學校的實際情況，選擇適合自己的內部審計組織模式。
