（一）中央企業內部控制方面存在的問題
1.治理結構不完善，內部控制環境薄弱
2008年末，我國141家中央企業中，按《公司法》注冊的只有21家，不足15%。許多中央企業名義上是公司，實際是國有企業改制成為國有獨資公司的，仍按《企業法》注冊，受《企業法》調整。這種股權結構單一的公司治理結構存在先天缺陷。決策層與管理層交叉任職，關鍵時刻往往是管理層“人治”代替“法治”，董事會的監督和制衡功能被嚴重削弱，內部監督也難以真正發揮作用，導致企業內部控制環境薄弱。
2.管理鏈條長，主業不清晰
管理鏈條過長，必然造成信息傳遞不暢，母公司戰略意圖難以貫徹。此外，一些中央企業歷史上形成的多種經營、主業不突出問題尚沒有得到徹底解決，部分中央企業又因為在發展過程中缺乏戰略性思考，貪大求快，盲目追求多元化，造成新的主業不明問題，使得中央企業面對更加復雜條件下的內部控制設計，不得不加大內部控制成本。
3.對內部控制理解不到位
在觀念上還有不少人將內部控制活動與內部控制體系劃等號。例如，通常我們所說的授權審批、不相容崗位的分離等，僅僅是內部控制中與會計控制相關聯的一小部分控制活動，除此之外，內部環境、風險評估、信息與溝通、內部監督也是內部控制不可缺少的要素。五個要素構成一套完整的體系，貫穿于企業經營的全過程。
另外，高級管理人員往往被排除在控制體系之外。然而，恰恰由于經營層所處地位和掌握的權力遠非基層員工可比，一旦發生問題，造成的后果將更加嚴重。
4.“走出去”加大控制難度
近年來，越來越多的中央企業開始在世界經濟的舞臺上嶄露頭角，企業戰線更長，布局更分散，加之國際市場情況復雜多變，大大增加了中央企業內部控制的難度。
（二）改善內部控制的幾點建議
1.深化國企改革，治理內部控制環境
內部控制諸要素中，內部環境被放在了首位，足見其重要性。有效的內部控制需要有良好的控制環境作基礎，而完善控制環境的關鍵，是建立現代企業制度，規范公司治理結構。2001年，證監會率先推出《關于在上市公司建立獨立董事制度的指導意見》，要求上市公司按一定比例選聘獨立的外部董事。但在實際運行中，“獨立董事不獨立”或是“獨立董事成咨詢”，又使其作用大打折扣。怎樣才能真正優化公司治理結構，中央企業深化改革的關鍵又在哪里？
十六屆三中全會以來，國資委在規范中央企業法人治理結構等方面進行了大量有益的探索，以健全外部董事制度和授予董事會部分出資人的權力為核心的國有獨資企業董事會試點工作已收到了顯著效果。但從長遠看，要優化內部控制環境，從根本上改變內部人治理狀況，還應當從繼續深化改革入手，有條件地發展混合所有制經濟，積極推進中央企業產權多元化，以便從體制上確立董事會在內部控制系統中的核心地位，保證企業內部監督落到實處。
2.扁平管理，暢通信息，突出主業
堅決處置長期處于管理鏈條末端的子企業，提升存續子企業的管理級次，努力實現扁平化、集權化管理；建立良好的信息共享平臺和信息溝通系統，暢通對話渠道，保證信息在各部門、各級層間有序傳遞、迅速反饋，不但能夠防微杜漸，及時解決發現的問題，將損失控制在最小范圍，還可以幫助企業未雨綢繆，避免損失發生；突出經營主業對于內部控制同樣具有重要意義，可以使企業明確內部控制的重點，合理設計控制機制，把好鋼使在刀刃上。
3.提高認識，完善內部控制體系
加大《企業內部控制基本規范》的宣傳力度，使管理層和員工都認識到，內部控制是全員參與、全過程管理的系統工程，任何人、任何事都不能游離于控制體系之外。在此基礎上，企業要在完善內部控制體系，特別是在內部控制機制設計上下功夫。有效的內部控制體系，應當包括內部控制制度構建和內部控制機制設計兩個方面。只有更新觀念，構筑起嚴密的內控體系，健全機構，明確責權，并且堅持制定制度、貫徹執行、考核評價三位一體，才能真正發揮內部控制在企業管理中的作用，避免控制制度成為一紙空文。
4.內部控制要注重以人為本
首先，要加強教育，提高員工道德素質。結合正反兩方面的經驗教訓，不間斷地對員工進行職業道德教育，調動和發揮好人的主觀能動性，為內部控制奠定道德基礎。其次，獎懲并舉，完善配套的激勵機制。要防患于未然，避免為蠅頭小利鋌而走險的行為，使內部控制更加有效。最后，重視監督，自律與他律相結合。企業不僅要構建嚴密的控制制度，還要建立具有操作性的道德規范與行為準則，充分發揮各種內部監督作用。
