由于建筑施工項目的異地性和區域性特點，建筑施工企業重復納稅問題一直是企業頭痛和煩惱的事項。2010年國家稅務總局先后發布了《國家稅務總局關于建筑企業所得稅征管有關問題的通知》（國稅函[2010]39號）和《國家稅務總局關于跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）兩個文件，對建筑企業的所得稅征管問題進行了規范。但由于規范和現狀的巨大差距，納稅人和稅務機關的不同解讀，引起了不小的爭議。
一、爭議的焦點
國稅函[2010]39號文第二條的規定為：“建筑企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。”
但國稅函[2010]156號文第三條規定：“建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。”
第一種觀點認為國稅函[2010]39號文可以解讀為建筑企業總機構跨地區設立的項目部，如不符合二級分支機構的條件，應匯總到總機構來繳納，但為何國稅函[2010]156號規定，總機構直接管理的跨地區設立的項目部需預分企業所得稅，并就地預繳。兩種存在著矛盾和沖突，讓納稅人無法處理。
第二種觀點認為，國稅函[2010]156號只是對建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部進行特殊規定，更有利稅收征管，是對國稅函[2010]39號的補充和完善。
二、第一種觀點分析
建筑行業跨地區施工行為非常普遍的特殊行業。即在當地注冊成立的建筑企業往往主要是在異地進行生產經營活動，企業所得來源于異地。由于稅收征管的區域性，稅務機關為爭奪稅源，導致了建筑企業重復納稅情況嚴重。在新企業所得稅法實施以前，國家稅務總局1995年出臺了《國家稅務總局關于建筑安裝企業所得稅納稅地點問題的通知》（國稅發[1995]227號），明確了建筑企業的納稅地點問題，即建筑安裝企業離開工商登記注冊地或經營管理所在地到本縣（區）以外地區施工的，應向其所在地的主管稅務機關申請開具外出經營活動稅收管理證明，其經營所得，由所在地主管稅務機關一并計征所得稅。否則，其經營所得由企業項目施工地主管稅務機關就地征收所得稅。但是，由于各地對于稅源的爭奪，這一規定在實踐中一直沒有得到有效的執行。有的稅務機關自行規定在開具外出經營證時提前預征稅款，有的經營地稅務機關也采取按收入比例征收稅款，致使企業兩頭納稅，導致重復納稅現在嚴重。重復征稅，成為建筑企業難以治愈的傷痛。納稅人往往帶著這個傷痛來看待有關有關建筑企業征稅的新政策，觸動著其敏感神經。此次，國稅函[2010]39號和國稅函[2010]156號新政策的實施，也不另外。
國稅函[2010]39號明確規定，實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格執行《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2008]28號）規定，按照“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的辦法計算繳納企業所得稅。建筑企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。文件重申了稅收執法紀律，各地稅務機關自行制定的與本通知相抵觸的征管文件，一律停止執行并予以糾正；對按照規定不應就地預繳而征收了企業所得稅的，要及時將稅款返還給企業。未按本通知要求進行糾正的，稅務總局將按照執法責任制的有關規定嚴肅處理。
從國稅函[2010]39號來看，跨地區經營的建筑企業所得稅的征收不再和外出經營證明相掛鉤，對異地施工建筑企業必須嚴格地執行國稅發[2008]28號文件來執行。建筑企業如不實行總分機構體制，由建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目經理部，應當根據國稅函[2010]39號文的規定，將所得匯總到總機構計算，不需要在項目所在地就地預繳企業所得稅。體現了企業所得稅法人稅制原則，如嚴格執行，消除重復征收不再是奢望。有人將此成為“建筑企業沐浴在法人稅制的陽光里”，捍衛了納稅人的合法權益。
當國稅函[2010]156號文第三條規定：“建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。”該規定再一次觸動了不少納稅人痛楚的敏感神經，產生了不少疑問：按項目實際經營收入的0.2%預繳，如果項目虧損或者項目真正的盈利所應納的所得稅金額比預繳數還少怎么辦；總機構年終匯算清繳后應納所得稅額小于已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以后年度的應繳企業所得稅。主管稅務機關能同意退稅或遞減嗎；在外地繳了稅，回機構所在地退稅，怎么可能呢？……
存在上述想法的納稅人，顯然會形成第一種觀點，認為國稅函與國稅函[2010]156號對總機構直接管理的跨地區設立的項目部企業所得稅征管規定，有著不同的理解和處理方式。兩種存在矛盾和沖突，讓納稅人無法處理。
筆者認為認可第一種觀點的納稅人，帶著痛苦的記憶，從政策字面含義，聯想到殘酷的征納現實，得出上述觀點是合乎邏輯的。
三、第二種觀點分析
建筑企業異地施工，其組織形式多種多樣，既有實行總分機構體制，也存在不實行總分機構體制，或上述體制混合模式等等。
國稅函[2010]39號在堅持法人所得稅制原則下，只考慮實行總分機構體制的建筑企業的征管方式。但如果建筑企業不實行總分機構體制的形式，按國稅函[2010]39號政策實施，地方稅源利益訴求將無法得到滿足。例如，某建筑企業所在地為北京，在武漢、杭州、上海設立總部直接管理的跨地區設立的項目部，按法人所得稅制原則都將匯總到總部納稅。異地項目部所得稅沒有任何稅源，但異地項目部在當地施工，所得來源于異地，必然會享受或消耗當地的公共資源。從財政平衡角度來說顯然是不公平的。真是考慮了建筑企業組織的多樣性和地方稅源利益訴求。2010年4月19日國家稅務總局又發布了《國家稅務總局關于跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）文，對建筑企業異地施工的所得稅管理模式進行了調整和補充。
（一）堅持法人所得稅制原則下，對征管方式作出調整。
1、國稅函[2010]156號重申國稅函[2010]39號中關于實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業需要就地預繳企業所得稅的規定：
實行總分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格執行國稅發[2008]28號文件規定，按照“統一計算，分級管理，就地預繳，匯總清算，財政調庫”的辦法計算繳納企業所得稅。
因此，企業所得稅法人稅制仍是建筑企業跨地區經營企業所得稅征收管理所需遵循的基本精神。
2、規定了總機構直接管理的跨地區設立的項目部預繳比例和方式。
國稅函[2010]156號規定：建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
例如，某建筑企業總公司設在北京，并在上海、杭州設有分公司（假設符合二級分支機構的條件）。總機構派出項目部在成都施工，上海分公司派出項目部在寧波施工，杭州分公司派出項目部在廣州施工。（假設成都、寧波、和廣州的項目部都不屬于二級分支機構）
按國稅函[2010]39號規定，成都項目部的收入、費用、資產應納入總機構統一計算，寧波項目部應納入上海分公司統一計算，廣州項目經理部應納入杭州分公司統一計算，最后再按照國稅發[2008]28號文件進行操作。因此，該企業雖然在成都、寧波、和廣州設立了項目部，但是并不需要就地預繳企業所得稅。
但根據國稅函[2010]156號規定，成都項目部屬于總機構直接管理的跨地區設立的，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
同時，國稅函[2010]156號為了消除原有政策下，建筑企業重復納稅問題，也規定的建筑企業預繳和匯算清繳的相關規定。
建筑企業總機構應匯總計算企業應納所得稅，按照以下方法進行預繳：
（1）總機構只設跨地區項目部的，扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，按照其余額就地繳納；
（2）總機構只設二級分支機構的，按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款；
（3）總機構既有直接管理的跨地區項目部，又有跨地區二級分支機構的，先扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，再按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款。
對建筑企業匯算清繳，作出如下規定：
建筑企業總機構應按照有關規定辦理企業所得稅年度匯算清繳，各分支機構和項目部不進行匯算清繳。總機構年終匯算清繳后應納所得稅額小于已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以后年度的應繳企業所得稅。
同時，建筑企業總機構在辦理企業所得稅預繳和匯算清繳時，應附送其所直接管理的跨地區經營項目部就地預繳稅款的完稅證明。
筆者認為認可第二種觀點的納稅人，是從政策本身規范角度處理來分析的，國稅函[2010]156號的確對國稅函[2010]39號有關規定進行補充和完善，有利于建筑企業稅收征管的實施。
四、小結
通過上述兩種觀點的分析，筆者認為建筑企業跨地區經營企業所得稅征收管理的政策市應該是明確的，不存在矛盾之處，只是規范和現實的差距。筆者總結如下：
第一，如果各地稅務機關嚴格按國稅函[2010]39號和國稅函[2010]156號是不會產生所得稅重復納稅問題的，持第一種觀點的納稅人可以消除顧慮；
第二，現實稅收征管中，由于稅源爭奪，國稅函[2010]156號執行效果必要受到質疑，持第二種觀點消除重復征稅的愿望也很難實現；
第三，建筑企業為消除重復征稅，應積極與當地稅務機關溝通，爭取合法保護自身利益。溝通的事項包括，筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，異地預交的所得稅，回機構所在地稅務機關會是否承認，是否可以作為已納數。如果整個企業年終匯算時虧損，你在外地繳納的企業所得稅，機構所在地稅務機關是否能辦理退稅等等。
