當前醫療行業稅收征管存在的主要問題：
一、非營利性醫療機構取得非醫療服務收入未申報納稅。根據《中華人民共和國營業稅暫行條例》及其實施細則和財政部、國家稅務總局《關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知》規定：非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征營業稅。在檢查的非營利性醫療機構中，非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入，如租賃收入、培訓收入、管理費收入等未按規定申報納稅。非營利性醫療機構與其他社會組織或個人合資合作設立的非獨立法人營利性的“科室”、“病區”、“醫療項目”等，其合作的“科室”、“病區”、“醫療項目”取得的收入未單獨核算，未按照規定繳納地方各稅。
二、醫療機構少代扣代繳個人所得稅。出于內部管理的需要，醫療機構實行內部目標考核，考核工資由科室領導負責分配，考核工資資料不保留，職工個人收入差距拉大，醫療機構則降低稅率，按平均代扣代繳個人所得稅，造成醫療機構支付職工工資、薪金所得少代扣代繳個人所得稅。此外，醫療機構支付外聘專家會診、坐堂費用未按“勞務報酬所得”代扣代繳個人所得稅，而是按稅率低的 “工資、薪金所得”代扣代繳，造成少代扣代繳個人所得稅。另外，醫療機構按合同、協議支付個人投資設備分成收入未代扣代繳“財產租賃所得”個人所得稅。
三、醫療機構未按規定繳納印花稅。一直以來，醫療機構游離在稅務部門的正常監管之外，導致醫療機構從業人員納稅意識淡薄，甚至許多醫療機構的負責人和財務人員都認為醫療機構是國家規定的免稅行業。多數醫療機構在簽訂租賃合同、建筑安裝工程合同、藥品采購合同等合同時未繳納印花稅，有的醫療機構甚至連經營帳簿也未貼花。
四、營利性醫療機構利潤不實、偷逃所得稅。由于營利性醫療機構在發票管理、成本費用管理上較為滯后，加上人們在思想觀念上未把接受醫療服務作為一種有償消費，因此，營利性醫療機構在開具、取得的票據上，很少有正規發票，取得收入未開具發票，購進藥品大多以白條、收據入賬，同時營利性醫療機構未按“權責發生制”正確核算利潤，而是按“收付實現制”核算利潤，造成利潤嚴重不實，偷逃所得稅。
針對以上情況，筆者認為應從以下幾個方面著手，堵塞醫療行業稅收漏洞：一是強化日常稅收征管，加強對醫療機構的稅法宣傳與納稅輔導。首先，稅務征管部門思想上要提高認識，要重視以上所述稅收漏洞情況，加強與衛生行政主管部門的協作，及時了解和掌握醫療機構第一手資料。其次，要加強對醫療機構的稅法宣傳與納稅輔導，提高醫療機構負責人及財務人員的納稅意識，對無帳可查或帳務混亂、收入憑證、費用憑證殘缺不全難以查賬的，主管稅務機關可采取核定方式征收。二是加強發票管理。營利性醫療機構提供醫療服務與其他服務、非營利性醫療機構提供非醫療服務取得收入，一律要使用地方稅務機關統一監制的醫療機構服務專用發票。對未按規定開具、取得發票的行為，嚴格按發票管理的有關規定進行處罰。三是加大稅務稽查力度，重點打擊涉稅違法犯罪行為。對那些有意隱瞞應稅行為或通知申報拒不申報納稅的單位，一經查實，從嚴處罰；構成犯罪的，及時移送司法機關追究刑事責任。
