目前，一些營利性醫院在經濟管理上存在著不同程度的不規范、制度不完善的問題。由于國家還沒有一套正規的適于營利性醫院的財務管理辦法，因而營利性醫院各自為政，現狀較為混亂。有些醫院沿用全民所有制（公司）的那套會計制度和財務制度，完全體現著福利性這方面的核算方法。有些醫院實行的財務制度，則完全體現投入、產生、盈利這種純盈利的核算方法。有些醫院采用上述兩種財務核算管理辦法，一方面對付衛生主管部門，另一方面適應工商、財稅部門的需要。上述三種核算方法主要的缺陷反映在營利性醫院既不是福利性，又不是盈利性，出現“二不像”的現象。
根據財政部、國家稅務總局的規定，營利性醫院自開業之日起三年內經有關部門批準，對取得的醫療收入免征營業稅，對自用的房產、土地、車船免征房產稅、土地使用稅和車船使用稅。但是在執行過程中，各個地方稅務部門各有差異，且變化無常。有些地方稅務部門開始免納有關稅收，但過了兩三個月又說需納地方水利基金和地方養老基金，營業稅雖免，但必須先征后退；有的地方營利性醫院不僅要納“兩金”，而且還要納城市建設維護基金和教育費附加；有些稅務部門認為，相關文件不適用于2002年及以后創建的營利性醫院。以上幾種做法把營利性醫院搞得暈頭轉向。國家的稅務政策與地方的執行有一定的距離。
營利性醫院收費標準應有一定的靈活、機動性。醫療服務收費的靈活、機動性是指營利性醫院醫療服務收費項目標準在政策規定的基礎上，既可上浮，也可下浮的一種收費方法。既然是營利性醫院，那么無可非議是要“營利”，這是與非營利性醫院的最大區別之一。如對某些醫療項目適當提高一些，既是適應市場經濟的需要，也是醫療市場經濟競爭中的產物。但一些地方的物價部門卻認為，收費標準必須按省定標準執行。在醫療服務收費標準上，非營利性醫院和營利性醫院搞一刀切是不恰當的。只有體現醫療收費的靈活、機動性，營利性醫院才有生命力。
建立營利性醫院會計制度和財務制度的思路：建立營利性醫院的會計制度和財務制度，主要體現在會計科目設置及應用和財務報告的設置。由于營利性醫院具有兩重性質，即福利性和營利性。因此，在設置會計科目上也應該體現這種兩重性質。但首先要突出醫院福利性這一方面。因此，建立營利性醫院“兩制”應在現行的非營利性醫院“兩制”的基礎上，參考企業“兩制”有關內容進行。
會計制度應增設以下核算科目：為了正確核算固定資產的凈值情況，需增設“累計折舊”科目；為了反映稅金核算的發生額、交納額及期末未交稅金余額，需增設“應交稅金”總分類賬科目。并在此科目下面設置“營業稅”等明細科目；為了正確全面反映醫院的投資情況，需增設“投入資本”科目（獨資形式辦醫，可設“業主資本”）；為了正確核算凈資產的實有數和分配情況，需增設“事業公積”科目；為了正確反映投資者分紅利益，需增設“應付營利”科目：“管理費用”科目增設“稅金”明細科。
刪減科目：由于營利性醫院病人欠費、逃費現象不多，即使發生欠、逃費，財政等部門也不會給予補助，因此可刪除“壞賬準備”科目。如果有發生，可直接在“其他支出”科目列支：“應繳超收款”科目是對非營利性醫院藥品收入超過核定指標，應上繳的那部分超收而言，對營利性醫院無多大意義，可刪除；由于固定資產直接核算購入或由在建工程完工轉入數，同時執行折舊制度，因此“固定基金”這一科目可刪除；取消“事業基金”科目，如發生滾存結余及期末分配結余轉入的數額，可在“專用資金”-“事業發展資金”科目下核算；取消“財政補助收入”和“財政補助支出”兩個總分類賬科目。
由于營利性醫院大多是合伙、合資、股份制、聯營、獨資等形式辦醫，難免出現撤銷、停辦之現象。在出現上述情況后，就會引起財務清算事宜。為了不使所有者權益承受損失，財務清算必須認真、確切、有條不紊地進行。至于財務清算的處理，完全可以依照《醫院財務制度》辦法執行。
