存貨的非正常損耗主要有兩種原因：
（一）自然災害損失；
（二）因管理不善造成貨物被盜竊、發生霉爛變質等損失。
前者在扣除保險公司等賠償后計入“營業外支出”，后者在扣除有關責任人員賠償后計入“管理費用”。但是“自然災害損失”，必須是“事前不可知、事中不可控、事后有證據”的損失。對于原因不明的損失，只能歸于“管理不善”，計入“營業外支出”。
有關稅收事項：
1、增值稅：根據增值稅條例，非正常損耗，不論是什么原因，對應轉出相應的進項稅額；
對于毀損的存貨是否要轉出進項稅額？對于毀損的存貨是否要轉出進項稅額？有不同的觀點：
（1）、認為可不轉出，因為存貨毀損，與管理不善而造成的“被盜、霉爛變質”不同，稅法也沒有對這方面要轉出進項稅的規定，對此項存貨損失，所以可以不作轉出進項稅的處理；
（2）、應轉出。雖然沒有明確的法規要求這種情況進項稅要轉出，但從增值稅計稅原理來講，企業為生產或流通購進貨物所負擔的進項稅額可從當期銷項稅中抵扣，但這種抵扣是有條件的，即準予抵扣的進項稅額必須是用于應稅生產或流通的購進貨物所負擔的進項稅額。既然存貨已毀損而不能用于生產應稅貨物或進入流通，當然也就不能抵扣。兩種說法都有道理，你是傾向于后者，還是更欣賞前者？
2、所得稅處理對于計入“管理費用”的因“管理不善”造成的損失，因為屬于責任單位管理上的原因，國家不可能因此而受稅款的損失，因此這部分損失不能在稅前扣除；而對于自然災害造成的損失，不是企業主觀原因造成的，根據國稅發[1997]190號文件規定，納稅人在一個納稅年度內生產經營過程中發生的固定資產、流動資產的盤虧、毀損、報廢凈損失、壞賬損失，以及遭受自然災害等人類無法抗拒因素造成的非常損失，經稅務機關審查批準后，準予在繳納企業所得稅前扣除。應該可以在稅前扣除。也就是說，“管理費用”中存貨的非正常損失，不能在稅前扣除，須作納稅調增，而“營業外支出”中的損失，可在稅前扣除，不用作納稅調整。
那么該如何理解國稅發[2003]45號文這段話：當存貨發生以下一項或若干情況時，應當視為永久或實質性損害：
1.已霉爛變質的存貨；
2.已過期且無轉讓價值的存貨；
3.經營中已不再需要，并且已無使用價值和轉讓價值的存貨；
4.其他足以證明已無使用價值和轉讓價值的存貨。
我認為應該是客觀原因造成上述情況的才能扣除。不過事實上稅務也不可能那么認真的，不管什么原因，只要報恐怕一般都會批的。
