一、需繳納營業稅的收費項目
根據國務院發布的《收費公路管理條例》（國務院令第417號）規定，我國現行的收費公路分為兩類：一類是縣級以上地方人民政府交通主管部門利用貸款或者向企業、個人有償集資建設的公路，簡稱政府還貸公路；另一類是國內外經濟組織投資建設或者依照公路法的規定受讓政府還貸公路收費權的公路，簡稱經營性公路。
根據《營業稅暫行條例》及其實施細則的規定，國家稅務總局下發《國家稅務總局關于廣播電視系統、交通、工商、公安等部門的有關收費項目征收營業稅的批復》（國稅函〔1998〕766號）規定，交通部門收取的車輛通行費（即過路費、過橋費）是提供營業稅應稅勞務取得的收入，屬于營業稅的征稅范圍。
按照有關文件規定，自2000年10月22日起，凡交通、建設部門貸款或按照國家規定有償集資修建路橋、隧道、渡口、船閘收取的車輛通行費、船舶過閘費，收費項目由省、自治區、直轄市財政部門會同物價、交通和建設部門審核，收費標準由省、自治區、直轄市物價部門會同財政、交通或建設部門審核后，報同級人民政府審批，收費時要按照有關規定到規定的價格主管部門申領收費許可證，使用省、自治區、直轄市財政部門統一印（監）制的收費票據，所收資金全額納入財政專戶，實行“收支兩條線”管理，不繳納營業稅。該文件同時規定，凡國內外經濟組織設立公路或城市道路經營企業收取車輛通行費，統一由省、自治區、直轄市物價部門會同交通或建設部門審核后，報同級人民政府審批，收費時要按照有關規定使用稅務發票，依法繳納各項稅款。
由此可以認為，目前的稅收政策是對經營性公路的車輛通行費應當繳納營業稅；而對政府還貸公路的車輛通行費，在同時滿足“經省級政府批準”和“收支兩條線管理”兩個條件的情況下，不繳納營業稅。另外，不繳納營業稅的通行費必須是由行政機關自己直接收取的，交通部門將收費權轉讓給其他單位或者委托其他單位收取通行費，由其他收取車輛通行費的單位繳納營業稅。
二、適用稅目
現行營業稅稅目注釋并未對車輛通行費以及過路費、過橋費適用何種稅目作出十分明確規定，在實際操作中，對車輛通行費是按“服務業”稅目，還是“交通運輸業”稅目繳納營業稅也不是十分清楚。但1994年初，國家稅務總局就下發了《國家稅務總局關于中外合資××公路橋梁開發有限公司稅收問題的批復》，在該文件中明確規定，對企業所建商品路收費站所收取的費用應依“服務業”稅目5%的稅率繳納營業稅。綜上所述，車輛通行費應按“服務業———其他服務業”稅目繳納營業稅。
三、適用稅率
《財政部、國家稅務總局關于公路經營企業車輛通行費收入營業稅政策的通知》，自2005年6月1日起，對公路經營企業收取的高速公路車輛通行費收入統一減按3%的稅率征收營業稅。這里需要注意的是有關文件規定的范圍是公路經營性企業收取的車輛通行費，而不是政府還貸公路收取的車輛通行費，并且僅涉及對高速公路車輛通行費減征營業稅的問題，而對于不屬于高速公路的經營性公路的車輛通行費收入不屬于減征營業稅的范圍，仍然按5%的稅率繳納營業稅。
