在社會主義市場經濟大發展的情況下，為保證行政事業單位的正常運行，除了要建立起比較完善的內控制度外，更要使內部控制適應時發表展，做到與時俱進
行政事業單位內部控制從管理結構上來看，可由會計控制和管理控制兩個方面構成。會計控制主要是對財產物資的安全性、會計信息的真實性和完整性及財務活動的合法性的控制；管理控制則是為保證方針、決策的貫徹執行，促進業務活動的經濟性、效率性、效果性以及業務目標的實現進行的控制。內部會計控制是單位內部控制制度的核心層次，而內部管理控制是單位內部控制的框架層次。這兩個方面相互依托、交織、制約，形成了有效運行的單位內部管理的控制網絡。
不同類別的行政事業單位財務管理核算的重點和要求不同，其內部會計控制重點、目標、內容和方法也有所差異。行政事業單位資金來源主體是財政預算資金，據此，可以把行政事業單位資金來源分成四類：一是財政預算安排；二是單位開展專業業務活動及其輔助活動取得的收入；三是其他收入；四是經營收入。其中，第二、三類已納入單位部門預算。目前，加強對這兩類資金的收支管理與內部控制已成必然。
一、行政事業單位內部控制存在的問題
1．財政經費的基本支出缺乏有效控制
目前，行政事業單位對于基本支出（特別是招待費、辦公費、會議費等）普遍缺乏嚴格的控制標準，即使制定了內部經費開支標準，但仍較多采用實報實銷制，只要有相應審批人員簽字同意，會計人員就予以報銷。專項經費被擠占、挪用現象也較普遍，致使專項資金未能發揮其應有的資金效益。
2．固定資產管理比較薄弱
實行政府集中采購制度以后，行政事業單位固定資產的購置得到了有效控制，但對資產的使用、處置管理仍缺乏相關的內部控制，重購輕管現象比較普遍。如相當部分行政事業單位未按規定建立起定期財產盤點制度，對于購置的固定資產未能及時登記入賬，未按規定登記固定資產明細賬和實物卡片，資產保管責任不明確，資產處置程序、審批權限和責任不明確等，極易導致資產賬實不符及資產流失，賬外資產也時有發生。
3．財務與業務管理脫節
財務部門只起到“核算”、“付款”作用，對單位重要事項的決策、實施過程和結果均不了解，未能對業務部門實施必要的財務管理和內部監督。如一些行政事業單位財務部門對于工程項目的概預算、工程進度、價款支付、價款支付方式及金額發生變動、竣工決算全然不知，往往只負責對支出登賬核算，而對支出額確定是否合理、是否按預算執行等卻未能實施必要的財務監控。
4．票據管理不夠嚴格到位
票據的購、領、用、核銷未按規定建立相應臺賬；對票據使用情況未建立定期或不定期抽查制度，導致一些部門延期上繳相應收入，甚至出現挪用公款問題；對使用后票據未能及時辦理交驗、核銷，容易導致收入不入賬、私設“小金庫”等問題。
5．崗位設置不夠合理
許多單位存在一人多崗、不相容崗位兼職現象。出納人員、記賬人員、保管人員、經濟業務決策人員及經辦人員沒有很好地分離制約，存在出納兼復核、采購兼保管等現象，出現管理漏洞。
6．預算控制比較薄弱
隨著部門預算改革的推進，預算控制得到了一定程度加強，但仍較薄弱。
主要表現為：一是最高管理層不重視，缺乏必要的預算管理機制。單位預算是全方位的，但相當多的部門負責人，沒有認識到預算的必要性和重要性，認為預算編制可有可無，即便有預算，也不按預算執行，預算成為應付工作的形式。二是預算編制還比較粗糙。目前部門預算的編制一般仍根據財政下達數、上年收支實績、預算單位自身的特點和業務進行核定，大部分都還沒有細化到具體項目，預算支出達不到逐筆進行核定的要求。三是預算剛性不夠。預算的計劃性、科學性不強，資金使用缺乏預見性，削弱了預算的約束控制力。
二、相關對策建議
行政事業單位內部控制機制是一個系統，系統各個要素之間相互聯系、相互制約。所以行政事業單位內控制度要發揮現實作用，必須形成機制，使一個單位內控制度達到一個較為理想的目標。內部控制機制的主體是內部控制結構，包括：控制項目及環境、財務會計系統、控制流程。其中，控制項目是指內控制度的基本單位。控制環境是指對建立或實施某項政策發生影響的各種因素。內部會計控制必然要受到組織結構、職工的誠實等因素的影響。主要有以下兩個方面：第一，控制環境不能無限擴大，應該控制在單位可控范圍之內，否則內控制度就很難操作；第二，行政事業單位內控環境受其上級部門影響比較大。
針對不同行政事業單位的不同實際情況，要有不同的內部控制制度。
從總體上考慮，可以從以下幾個方面進行完善：
1．明確領導人責任
在制定內部控制有關規定時，要明確單位負責人應負的責任，只有這樣，才能使單位由上而下共同執行內部控制要求，從而推動內部控制的健康發展。
還可以在行政事業單位內部推行法人經濟責任制，將責任風險直接與決策層掛鉤。經濟責任制即按領導分工予以縱橫監控，規定職責，相應授權，從而實現各盡其職、相互協調、相互制約的控制目的。同時，要建立必要的信息披露制度，以此接受社會公眾的監督和約束。
政府也應把內部控制作為一項日常工作來抓，可以把內部控制的好壞作為領導政績的一個方面。
2．提高員工素質
行政事業單位內部控制的成敗關鍵在于員工素質的高低程度，其素質控制的目的在于保證工作人員具有忠誠、正直的品質和勤奮、有效的工作能力，從而保證內部控制有效實施。它對財會人員的素質有更高要求，不僅要求專業技術性強，要求他們的政策性、法制性強，并且還需要有一定的職業道德水準。行政事業單位的內部控制涉及到所有員工，不僅僅是財務部門的事。所以，應注重全體職工的后續培訓，以適應管理的要求。
3．建立財務狀況預警機制
各行政事業單位可以借鑒國際先進經驗并運用現代科技手段，逐步建立風險監控、評價和預警系統。通過一系列指標的橫向和縱向數據比較，對財務運作中潛在風險預警預報，提出控制措施，將可能萌發的財務風險予以化解。
4．建立和健全內部控制制度
各單位應當建立、健全本單位內部會計監督制度，并具體要求記賬人員與經濟業務事項和會計事項的審批人員、經辦人員、財物保管人員的職責權限應當明確，并相互分離、相互制約；重大對外投資、資產處置、資金調度和其他重要經濟業務事項的決策實行集體審議聯簽，相互制約程序應當明確；財產清查的范圍、期限和組織程序應當明確；對會計資料定期進行內部審計的辦法和程序應當明確。
各單位還應該建立單位內部稽核制度、內部牽制制度、內部審計制度。
內部稽核制度和內部牽制制度的建立應該結合會計人員崗位責任制度一并考慮，但兩者是不同的。前者的主要內容包括：稽核工作的組織形式和個體分工；稽核工作的職責、權限；稽核工作的程序和基本方法等。后者的主要內容包括：內部牽制制度的原則，包括機構分離、職務分離、錢賬分離、賬物分離等；對出納等崗位的職責和限制性規定；有關部門或領導對限制性崗位的定期檢查辦法。內部審計則是內部控制的一種特殊形式，是一個單位內部經濟活動和管理制度是否合規、合理和有效的獨立評價機構，在某種意義上講是對其他內部控制的再控制。
5．建立績效考評體系
設置科學的考核指標體系，對單位內部各部門和全體員工的業績進行定期考核和客觀評價，并將考評結果作為確定員工薪酬以及職務晉升、評優、降級、調崗等的依據。
6．內部控制的執行要把握重點
行政事業單位的內部控制要注意抓重點，針對本單位的工作實際，抓本單位的薄弱環節。重點要把握好以下幾個方面：
一是預算控制。按照財政預算改革的要求，財政將加強對計劃預算的審查監督，保障計劃的科學性，強化預算的約束力，堵塞腐敗漏洞。所以，行政事業單位應適應財政發展的需要，建立一套以預算管理為基礎的內部控制體系，主要包括預算的編制、審定、執行、監控、分析、調整（預算變動需上報申請，審批后方可調整）、考核等。
二是授權批準控制。單位在處理經濟業務時，必須經過授權批準以便進行控制。在授權批準控制時，一定要明確授權批準的范圍、權限、責任和程序。
同時，要把授權批準權限的分解和審批額度的分配與核算管理制度的建立、財務公開性制度的建立緊密地結合在一起，以防止濫用職權審批情況的出現。
三是關鍵點控制。在一個業務處理過程中，往往有些控制環節很容易出現錯誤和弊端，達不到既定目標，這時要注意尋找業務關鍵控制點。如：在設置崗位或職務時，為了保證業務正常開展，防止出問題，不相容崗位或職務要由不同的人來承擔，這就是關鍵控制點；在進行會計核算時，為保證會計記錄的正確性，明細賬和總賬之間的核對是關鍵控制點；為保證銀行存款金額的正確性，由非出納員核對銀行對賬單和存款余額這也是關鍵控制點。
四是會計電算化控制。會計電算化的迅速發展和普及，促進了會計工作的規范化，提高了會計工作的質量。通過會計電算化特別是會計管理電算化，利用會計核算提供的數據和其他有關數據，結合單位的實際情況，借助計算機會計管理軟件對單位內部管理從事前、事中、事后三個方面實施控制，保證控制工作有效、快速的運行
