在我國的稅收體系中，增值稅既是一個年輕的稅種，又是一個舉足輕重的稅種。消費型增值稅對減輕企業稅負、促進產業結構調整、擴大出口貿易方面具有積極作用，但增值稅轉型的一些潛在風險也不容忽視。
一、增量抵扣的政策抑制轉型進程
這次增值稅轉型只允許抵扣新增機器設備（固定資產）所含稅款，對存量資產則不準扣除。這是因為我國固定資產存量相當大，如允許所有已購置固定資產所含稅款進行抵扣，有可能使財政收入缺口過大，從而危及經濟的正常運行。但是這部分稅額不予抵扣，將在一定程度上產生了政策扭曲和逆向調節，造成新舊企業之間新的不平等。經營好的企業在同等條件下寧愿購買新的固定資產，而不愿實施兼并，不利于企業進行資產重組，誘發盲目投資和重復建設。
因此，筆者認為，在購進存量固定資產時，可以允許扣除當期應計入成本的折舊，而這樣處理既可減輕財政收入的壓力，又可在一定程度上消除不予抵扣的弊端，逐步實現“全抵扣”。
二、增值稅稅基過窄，影響中央和地方財政收入
1994年稅制改革以后，增值稅成為我國的主體稅種，其收入規模占稅收總量的50%左右。作為中央和地方共享稅，其構成了中央財政和地方財政的“半壁江山”。而通過這次增值稅轉型改革，預計2009年將為減輕企業負稅共約1233億元。如果增值稅轉型改革后，納稅人增加其固定資產存量出現新的遞增高峰，可能會出現銷項稅額不能滿足抵扣的情況，某些地區將難以承受這種突如其來的重壓。
因此，擴大增值稅稅基，不僅有利于完善增值稅的抵扣鏈條，也增加了稅收收入。從本質上講，增值稅征收范圍越寬，越能發揮增值稅的中性功能。我國現行增值稅主要覆蓋商品生產領域和流通領域，建筑、交通運輸、郵電通信及其他勞動服務產業仍實行營業稅，這些不利于生產性勞務進項稅款的合理抵扣，不能充分發揮增值稅的調節功能。在具體擴稅過程中，應本著稅率統一、公平稅負的原則，應包括到所有創造和實現增值稅的領域，應包括到所有創造和實現增值稅的領域，逐步將營業稅并入增值稅的范疇，拓寬稅基，緩解了轉型帶來的稅收收入減少。
三、一般納稅人的標準線偏高
增值稅轉型改革中，為了平衡小規模納稅人與一般納稅人之間的稅負水平，促進中小企業的發展和擴大就業，降低小規模納稅人的稅收負擔，統一調低至3%.但是，現行一般納稅人劃分的標準過高，年應稅銷售額標準工業企業為100萬元，商業企業為180萬元。大部分納稅人應稅銷售額達不到這個數額標準，從而帶來一系列的問題，因此，應進一步放寬一般納稅人的認定標準。建議將有固定生產經營場所、財務制度健全的生產型企業全部納入一般納稅人范圍。此外，借鑒國際經驗，允許達到一定條件的商業經營小規模納稅人選擇轉為一般納稅人，讓更多的企業享受到增值稅轉型帶來的優惠。
四、減免稅優惠過多過亂，不利于增值稅抵扣鏈條的完善
1994年稅制改革以后，為了體現對某些行業的扶持和對弱勢群體的關懷，我國增值稅制度規定的大量的減免稅政策。過多的中間環節和進口環節的減免稅度政策不利于增值稅鏈條的完整，使增值稅偏離中性原則和公平原則。
筆者認為，應對現行增值稅優惠政策進行清理，凡到期的一律恢復征稅；對繼續減免已無必要的，應盡快取消減免稅照顧，恢復征稅。同時，協調各種優惠措施、協調財政支持與稅收優惠的關系
