通過成本收益分析法評估稅收籌劃方案的凈收益，從而做出取舍單個籌劃方案而最終選出最優方案的決策，是稅收籌劃者的基本工作方法。但是，并不是所有的籌劃者都能夠正確運用成本收益分析法，而誤用成本收益分析法的籌劃者失誤的一個重要原因是他們對于籌劃方案的成本和收益的認識不足，并且對于籌劃方案風險缺乏足夠理解。
稅收籌劃成功的概率取決于籌劃風險的大小，稅收籌劃風險主要包括主觀風險、客觀風險和籌劃雙方認定風險。準確衡量風險才能規避風險。評價某一稅收籌劃方案的重要參考指標是該方案的凈收益，而凈收益=（收益－成本）×成功的概率。其中，收益包括稅收收益、非稅收益，成本包括稅收成本、非稅成本，而籌劃方案的風險用“成功的概率”來表示。在幾種方案的凈收益大于籌劃的機會成本的前提下，通過比較不同方案的凈收益，可以選出最優方案。
稅收收益包括企業應納稅款減少，通過應納稅款延期繳納而相當于取得無息貸款，進而緩解暫時性的流動性不足問題等。非稅收益主要包括政治利益、環境利益、規模經濟利益、結構經濟利益、廣告經濟利益等。通過增加稅收，提高本企業的良好聲譽，有助于增加營業收入。
稅收成本包括時間成本、人力成本、心理成本、貨幣成本等。因為稅收成本可以稅前扣除，而稅收收益（如應納稅額的減少）是免稅的，所以籌劃活動的稅收收益率較高。非稅成本是指企業因實施稅務籌劃所產生的連帶經濟行為的經濟后果，主要包括代理成本、交易成本（談判費用、協議簽訂費用、履約費用、信息收集費用等）、組織協調成本、隱性稅收、財務報告成本、違規成本等。
企業對于稅收優惠資產的追逐會抬高該資產的價格，從而降低其稅前收益率，使其稅前收益率低于非稅收優惠資產的稅前收益率。稅收優惠資產的稅前收益率和非稅收優惠資產稅前收益率的差額，就是稅收優惠資產承擔的隱性稅收。違規成本往往發生在頻繁進行稅務籌劃的企業。企業的稅務籌劃會減少政府的財政收入，不是政府鼓勵的行為，所以企業在進行稅務籌劃的時候只要把握好“度”。
使稅負最小化的組織形式和收入轉移，通常會隨著其他因素帶來各種非稅成本。例如，組織內部的收入轉移可能要求更為集中化的組織結構，但是信息不對稱則可能要求更為分散化的組織結構。跨期轉移收入往往會導致財務報告成本上升。上市公司利益相關者對于財務報告的評價會直接給上市公司帶來經濟影響。上市公司較差的財務狀況有利于節稅，但是良好的財務狀況利于企業較為容易地獲得貸款，也可能增強股東信心，從而提升股價。
因此，有效的稅收籌劃策略要求稅收籌劃者識別和估計任何稅收籌劃的非稅成本，并且通過有效方法降低或者避免非稅成本。例如，代理成本可以通過強化管理，疏通信息傳遞渠道等方式來降低，組織協調成本則可以通過提倡科學管理、適度稅務籌劃來減少。通過選擇適當的組織形式能夠規避部分非稅成本，例如，非上市公司就并不涉及財務報告成本。
