2006年財政部發布了38項具體準則和1項基本準則，標志著我國企業財務會計與國際會計慣例趨同的新時期到來。新會計準則對損益的確認產生的新變化，不但繼承了舊會計準則下的諸多財稅差異，而且又創造了一系列的新差異，從而與所得稅稅收法規的不協調越來越大，給實際工作帶來了諸多困難。同時今年新《企業所得稅法》已表決通過，但新企業所得稅法實施條例至今仍未公布，有很多問題需要留待實施條例解決，因此財稅〔2007〕80號文件只對四個影響較大而又相對爭議較小的事項作出了如下規定，在實際操作中有一定影響。
首先，公允價值模式下投資性房地產所得稅核算更加復雜。新會計準則為適應經濟發展的需要，對投資性房地產的會計處理采用公允價值計量模式，以符合投資性房地產的特性，較好地反映投資性房地產的市場價值和盈利能力，為信息使用者提供真實的相關信息。80號文件再次強調了稅法仍然將投資性房地產作為一般固定資產或無形資產對待，在持有期間以歷史成本為基礎，允許計提折舊。而會計準則在公允價值計量模式不允許計提折舊，對于公允價值的變動損益只有在處置時才能釋放出來。再加上新準則對所得稅會計的核算只能采用一種方法，即“資產負債表債務法”，從而導致了會計業務處理比以往更復雜，納稅調整更繁瑣。
其次，投資浮盈不計稅，提高了資金利用率。新準則下新會計科目“公允價值變動損益”主要核算企業以公允價值計量且其變動計入當期損益的金融資產或金融負債，以及采用公允價值模式計量的投資性房地產等，公允價值變動形成的應計入當期損益的利得或損失。所以對上市公司的浮盈或浮虧，應在這個科目里反映，但此投資浮盈是否繳稅，以前看法不一，財政部和國家稅務總局最新作出的規定是不計稅，等盈利落實即實際處置時再按處置取得的價款扣除歷史成本后的差額計入應納稅所得額。這對一些公允價值變動收益金額巨大的上市公司來說，若為這筆浮盈繳稅，會使入庫資金流失一部分，將影響到企業擴大生產、進行科研開發等總體目標。此處暫不計稅的規定無疑可以避免短期內一大筆的現金流出，提高了資金的使用效率，保持了資金平衡。
無論是會計準則還是稅法，要把握好分離或統一的度，在協調過程中，一方面堅持會計準則的制定必須給予企業相當大的理財自主權，另一方面加大稅收征管和監控力度，增強稅法剛性，以提高會計制度和稅收法規的可操作性，效益性，減少無端產生的許多不必要的差異。
新《企業會計準則第17號——借款費用》最大的變化是將資產范圍擴大到建造期較長的存貨和投資性房地產。而《企業所得稅稅前扣除辦法》第三十四條規定：“為購置、建造和生產固定資產、無形資產而發生的借款，在有關資產購建期間發生的借款費用，應作為資本性支出計入有關資產的成本；有關資產交付使用后發生的借款費用，可在發生當期扣除。”即稅法資本化范圍僅包括固定資產和無形資產。除此之外，稅法對借款費用停止資本化的時間確定在“有關資產交付使用時”，而《企業會計準則第17號———借款費用》準則確定停止資本化的時間在“有關資產達到預定可使用或者可銷售狀態時”。如果“預定可使用狀態”與“交付使用”還有一個時間段，那么會計資本化金額與稅法資本化金額是不同的，由此造成固定資產的會計成本與計稅成本的差異將直接影響到會計折舊與稅法折舊的差異。而80號文件已將上述此類操作口徑上的差異協調一致，即稅收上應當參照會計準則的相關規定，但折舊的計提仍以稅法為準。
按照新會計準則規定，金融資產或金融負債應當采用實際利率法確認利息收入或利息費用，而稅法以前并無具體規定。此次80號文件明確稅法應依據會計準則計算所得稅，如果利息費用不超出同期銀行貸款利率，將不會產生財稅差異，大大減輕了匯算清繳時征納雙方的計算負擔。
《企業會計準則第16號——政府補助》將政府補助收入劃分為與資產相關的政府補助和與收益相關的政府補助。先征后返的所得稅款作為與收益相關的政府補助，在收到款項當年可計入“營業外收入”科目，如果屬于80號文件規定的免稅項目，則將作為永久性差異，需做納稅調減。但在企業所得稅方面，新《企業所得稅法》第七條規定，收入總額中的財政撥款為不征稅收入。由此意味著先征后返的所得稅可能形成永久性差異，但由于新稅法實施條例尚未出臺，財政撥款的內容和范圍還有待進一步明確。
