醫院戰略規劃是醫院全面預算管理的出發點和依據，整個預算管理體系應圍繞實現醫院的戰略目標展開。華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院為落實“2020年建成國際一流醫院”的發展目標，通過實施戰略導向的全面預算管理，初步實現了醫療資源的有效配置和醫療成本的合理控制，促進了服務水平不斷提升；同時，病人費用增長得到控制，醫務人員待遇得到逐年提高，有效地推動了醫院醫、教、研的發展，使醫院的發展規劃和戰略目標逐年得以實現。其主要做法包括：
一是將原有的傳統預算管理向下延伸至基層業務科室，建立起由基層業務科室、歸口職能部門、預算管理委員會（黨委常委會或黨政聯席會）、職工代表大會構成的四級預算管理體系。
二是分解戰略目標，將發展規劃轉化為業務預算。根據醫院長期戰略及年度工作計劃，編制收支預算總體框架，形成一級預算；歸口職能部門根據醫院年度發展思路，制定部門工作計劃，編制歸口管理的經濟業務預算，形成二級預算；根據基層業務科室工作量、次均費用、藥占比、材料占比等指標，將二級預算相關支出，分解至各業務科室。基層業務科室的資本性支出預算，由各科室根據資產使用狀況及技術開展情況進行申報，通過專家論證，綜合評判是否符合醫院戰略目標的原則下，確定相關預算。
三是預算審批“三上三下”，融入戰略發展目標。醫院預算審批經歷“三上三下”論證過程，院領導，相關部門負責人及財務部門對各部門申報的預算，結合上年執行情況及預算年度工作計劃逐條分析討論，保證下層目標支持上層目標和部門之間的橫向協調。
四是預算逐層考核，戰略目標深入人心。醫院建立了從職代會到基層預算單元的逐層預算績效考核體系，結合關鍵預算指標，將戰略目標滲透到科室和崗位。醫院將戰略目標推進、預算執行率、成本管控效果和績效目標實現情況等指標納入科室及項目績效考評，落實獎懲，形成全員參與預算，硬化預算約束，強化支出責任，實現醫院整體目標的良好氛圍。
