注冊稅務師在對金融系統的印花稅審查時應注意以下幾點：
一、賬簿貼花審查
對金融系統營業帳簿，要結合金融系統財務會計核算的實際情況進行具體分析。現行政策規定，金融系統根據業務需要設置的各種登記簿，如空白重要憑證登記簿、有價單證登記簿等，其記載的內容與資金活動無關，僅用于內部務查，不貼花，而用于反映資金存貸經營活動、記載資金增減變化、核算經營成果的帳簿，如各種日記帳、明細帳和總總帳屬于營業帳簿，應貼花。審查時應注意其營業帳簿是否也被當成了內部務查簿而未貼花。另外，對于系統應稅年度內實收資本和資本公積當年的增加額也應按規定貼花。其中，資本公積包括接受捐贈、法定財產評估增值、資本折算差額、資本溢價等。
二、機打帳冊貼花審查
金融系統使用計算機記帳，其輸入計算機的核算資料（包括綜合、明細資料），需要輸出打印賬頁、裝訂成冊，對通過計算機輸出打印賬頁，裝訂帳冊的，應按規定貼花。審查時應注意系統是否已將其視為帳簿貼花。
三、貸款發放及其他業務貼花審查
1、《印花稅暫行條例》第三條規定，應納稅額不足一角的免納印花稅，因此，系統發放2000元以下的小額貸款（按萬分之零點五的稅率計算，應納稅額不足一角），免納印花稅，審查時應注意系統是否有化整為零少貼花的現象。
2、《印花稅暫行條例施行細則》第十三條規定，無息、貼息貸款合同免納印花稅。第十七條規定“同一憑證，載有兩個以上經濟事項而適用不同稅目稅率，如分別記載金額，應分別計算應納稅額，相加后按供不應求稅額貼花；如未分別記載金額的，按稅率高的計稅貼花”。審查時要注意貸款性質以及是否有降低稅率的現象。
3、一次信貸業務既簽訂合同，又一次或分次填開借據的，只就合同所載借款金額計稅貼花；凡只填開借據并作為合同使用的，應按照借據所載金額計稅，在借據上貼花，審查時要注意是否有只簽借據不簽合同而不貼花現象。
4、對基建借款中先簽訂分合同，后簽訂總合同的，應按分合同分別貼花，對簽訂的總合同，只就借款總額扣除分合同借款金額后的余額計稅貼花。這類合同應注意其連續性。
5、現行政策規定，對辦理借款展期業務使用借款展期合同或其他憑證的，按信貸制度規定，僅載明延期還款事項的，可暫不貼花；銀行同期拆借（是指按國家信貸制度規定，銀行、非銀行金融機構之間相互融通短期信貸資金的行為），不屬于列舉征的憑證，也不貼印花。審查時要注意這兩類業務的真實性。
6、對借款方以財產做抵押，從貸款方取得一定數量抵押貸款的合同，按借款合同貼花；借款方無力償還借款而將抵押財產轉移給貸款方，應就雙方書立的產權轉移書據，按“產權轉移書據”計稅貼花。這是一雙方行為，要注意審查金融單位是否已貼花。
7、財稅[2006]162號《關于印花稅若干政策的通知》明確：對納稅人以電子形式簽訂的各類應稅憑證按規定征收印花稅，在審查時應注意把握。
8、借貸雙方簽訂的流動資金周轉性借款合同，一般按年（期）簽訂，規定最高限額，借款人在規定的期限和最高限額內隨借隨還，對這類合同只以其最高額為計稅依據，在簽訂時一次貼花，在限額內隨借隨還不簽訂新合同，不再另貼花。審查時應注意利用“隨借隨還”名義，不簽“總”合同，規避貼花。
9、對融資租賃業務簽訂的融資租賃合同，應按照合同所載租金總額，按借款合同計稅貼花，審查時注意是否存在將其他租賃混淆為融資租賃，人為的減輕稅收負擔。
10、涉及貸方系由若干銀行組成的銀團，銀團各方均承擔一定的貸款數額。借款合同由借款方與銀團各方共同書立，各執一份合同正本。對這類合同借款方與貸款銀團各方應分別在所執的合同正本上，按各自的借款金額計稅貼花，應注意審查。
11、《印花稅暫行條例》第八條規定“同一憑證，由兩方或兩方以上當事人簽訂并各執一份的，應當由各方就所執的一份各自全額貼花”。因此，對貸款方來說，其貸款業務也應按照規定繳納印花稅。為方便征收管理，《印花稅暫行條例》第三十一條規定：“印花稅票可以委托單位或個人代售”，在實際征管過程中，稅務機關大多采取與相關金融系統簽訂代售協議。委托其代售的方式進行征收。但是，目前在實際征管過程中，個別地方的稅務機關將金融機構視同了法定代扣代繳義務人，這與稅收政策其實是不符的。
