會計處理
《企業合并準則》規定，合并方以支付現金、轉讓非現金資產或承擔債務方式作為合并對價的，應當在合并日按照取得被合并方所有者權益賬面價值的份額作為長期股權投資的初始投資成本。長期股權投資的初始投資成本與支付的現金、轉讓的非現金資產及所承擔債務賬面價值之間的差額，應當調整資本公積（資本溢價或股本溢價）；資本公積（資本溢價或股本溢價）不足沖減額的，調減留存收益。合并方以發行權益性證券作為合并對價的，應按發行股份的面值總額作為股本，長期股權投資的初始投資成本與所發行股份面值總額之間的差額，應當調整資本公積（資本溢價或股本溢價）；資本公積（資本溢價或股本溢價）不足沖減的，調整留存收益。
還應注意，上述在按照合并日應享有的被合并方賬面所有者權益的份額確定長期股權投資的初始投資成本時，前提是合并前合并方與被合并方采用的會計政策應當一致。企業合并前合并方與被合并方采用的會計政策不同的，應當按照合并方的會計政策對被合并方資產、負債的賬面價值進行調整，在此基礎上確定形成長期股權投資的初始投資成本。
差異分析
企業長期股權投資的計稅成本應當以為取得該項投資所付出的全部代價確定。全部代價包括現金、非現金資產公允價、所承擔債務的公允價、所發行權益性證券的公允價值，以及支付的相關稅費（不含企業所得稅），但不包括應自被投資單位收取的已宣告但尚未發放的現金股利或利潤。而該項投資的會計成本是指投資方享有的被合并方所有者權益賬面價值的份額。
當被投資方用留存收益轉增資本（股本）時，投資方只作備查登記，不作賬務處理。在稅務處理時，應當視同先分配再投資，即轉增資本的金額應當視同追加投資，作為投資的計稅成本處理。被投資方用資本溢價（股本溢價）轉增資本（股本）時，不計入投資方的計稅成本。
此外，同一控制下企業合并發生的各項直接相關費用（資產評估費等）計入管理費用，稅法規定，企業實際發生的咨詢費、評估費等在發生的當期據實申報扣除。
通過上述比較，兩者的差異已顯而易見，企業應作好備查登記，在處置該項股權時，按計稅成本計算扣除。
企業支付的對價包含非現金資產，還涉及下列稅收問題：
1.以存貨（不含開發產品）換取投資，應當視同銷售計算增值稅。如果是自產應稅消費品，還需繳納消費稅。計算增值稅時，按同期或最近時期同類存貨的加權平均價格計算，如果同期或近期無同類售價，按組成計稅價格計算。但計算消費稅時，應按最高售價計算。
2.以使用過的固定資產（不動產除外）換取投資，如果公允價不超過原價，免征增值稅；超過原價，按4%計征增值稅并減征50%。
3.以無形資產、不動產、投資性房地產向對方換取其持有的第三方投資，應當視同銷售計征營業稅、土地增值稅。
如果是無形資產、不動產、投資性房地產直接換取對方公司自身的股權（即對目標公司增資擴股），不征營業稅，免征土地增值稅。但如果是投資于房地產企業用于房地產開發，或者房地產企業以開發產品對外投資，必須視同轉讓計算土地增值稅。
4.以非現金資產對外投資，應當視同銷售計算資產轉讓所得。如果該項所得金額很大，納稅有困難的（內資企業要求占當年應納稅所得額的50%），納稅人可以自主選擇按5年平均確認所得。
企業以全部資產、負債對目標公司增資擴股，如果能夠對被投資方實施控制，屬于控股合并，如果不能對被投資方實施控制，屬于以非企業合并方式取得投資。無論是否構成企業合并，其所得稅處理均按照國稅發〔2000〕118號文處理。即資產評估增值不確認所得，其取得投資的計稅成本以投資方凈資產的歷史計稅成本確定。
長期股權投資計稅成本=全部資產計稅成本-負債。
如果在整體資產投資業務中，投資方取得的非股權支付額（除股權以外的現金、非現金資產、有價證券）占取得股本賬面價值的比例超過了20%，投資方應當視同銷售處理，資產評估凈增值應當確認資產轉讓所得，該項投資的計稅成本應以換出資產的公允價為基礎確定。
投資計稅成本=全部資產公允價－負債－非股權支付額公允價。
例：某年6月30日，P公司向同一集團內Q公司收購其持有的S公司100%的股權，并于當日起能夠對S公司實施控制。合并后S公司仍維持其獨立法人資格繼續經營。兩公司在企業合并前采用的會計政策相同。合并日，S公司所有者權益的總額為4404萬元，P公司凈資產6000萬元，其中股本4000萬元，盈余公積1400萬元，資本公積（股本溢價）550萬元，未分配利潤50萬元。P公司向Q公司支付的對價如下：現金3431萬元；產成品成本1000萬元，公允價1400萬元；舊設備原價800萬元，累計折舊400萬元，公允價500萬元；自建房屋原價900萬元，累計折舊300萬元，公允價值700萬元。增值稅稅率為17%、營業稅稅率為5%，不考慮土地增值稅、城建稅和教育費附加。
S公司在合并后維持其法人資格繼續經營，合并日P公司應確認對S公司的長期股權投資。分錄為：
借：長期股權投資——S公司4404萬元
累計折舊700萬元
資本公積——股本溢價550萬元
盈余公積——法定盈余公積750萬元
貸：產成品1000萬元
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）238萬元
固定資產——設備800萬元
固定資產——房屋900萬元
應交稅費——應交營業稅35萬元
現金3431萬元。
所得稅處理：以非現金資產換取股權應當視同銷售處理，應調增所得=（1400-1000）+（500-400）+（700-600-35）=565萬元。
長期股權投資計稅成本=3413+1400+500+700+238+35=6286萬元。
