一般說來，納稅籌劃方案有時會特指互斥方案，所謂互斥方案，是指多個相互排斥，不能同時并存的方案。互斥方案的決策過程就是在每一個入選方案已具備財務可行性的前提下，比較各個方案的優劣，利用評價指標從各個備選方案中最終選出一個最優方案的過程。
目前，納稅籌劃方案的評價方法可分為“凈利潤法”或“凈現值法”。其實“凈利潤”是根據權責發生制確定的，而“凈現值”是根據收付實現制確定的，兩者皆可以作為評價凈收益的指標使用。為方便討論，本文專用“凈利潤法”。
從納稅籌劃的最終目的來判定，互斥方案的選擇標準有時會存在一些先天缺陷，因此必須引入“機會成本”的概念，機會成本是指在投資方案的選擇中，如果選擇了一個投資方案，則必須放棄投資于其他途徑的機會，其他投資機會可能取得的收益是實行本方案的一種代價成本。
在納稅籌劃方案的選擇程序中，首先要將所有的納稅籌劃方案考慮“機會成本”這一因素后得出凈利潤，爾后才能進行比較得出結論，否則的話，極易導致納稅籌劃的失敗。
下面舉一個例子來加以說明：
北極公司是四川省成都市一家大型國有企業，準備擴大生產經營的規模，現需用自有資金投資一條生產線。有三種方案可以選擇。另外，北極公司的現金可投資于股票市場，稅后投資收益率可達10%。
方案一：投資德國制造的一條生產線價值為5000萬元，折舊年限為10年，會計與稅法折舊年限相同，不考慮殘值因素。投產后，增加產品銷售收入10000萬元，相應的付現成本（工資、維修和原材料等，假設會計與稅法皆可在當年稅前扣除）為8500萬元，企業所得稅稅率為33%。
方案二：投資國內生產的一條生產線價值為6000萬元，折舊年限為10年，會計與稅法折舊年限相同，不考慮殘值因素。投產后，增加產品銷售收入11000萬元，相應的付現成本（工資、維修和原材料等，假設會計與稅法皆可在當年稅前扣除）為9280萬元，企業所得稅稅率為33%。
方案三：投資日本生產的一條生產線價值為7000萬元，折舊年限為10年，會計與稅法折舊年限相同，不考慮殘值因素。投產后，增加產品銷售收入12000萬元，相應的付現成本（工資、維修和原材料等，假設會計與稅法皆可在當年稅前扣除）為10150萬元，企業所得稅稅率為33%。
按現行籌劃標準的順序：方案一：稅后凈利為（10000―8500―500）×（1―33%）＝670萬元。
方案二：稅后凈利為（11000―9280―600）×（1―33%）＝750萬元。
方案三：稅后凈利為（12000―10150―700）×（1―33%）＝771萬元。
從上述計算過程看：方案三最優，方案二次之，方案一最差。
引入機會成本后的籌劃方案排序：
在方案二的稅后凈利計算中，我們應考慮其機會成本（相對于方案一而言），方案二需多投入貨幣資金1000萬元，相應地機會成本為1000×10%＝100萬元。
方案二的修正后的稅后凈利為750―100＝650萬元。
同理，在方案三的稅后凈利計算中，我們應考慮其機會成本（相對于方案一而言），方案三需多投入貨幣資金2000萬元，相應地機會成本為2000×10%＝200萬元。
方案三修正后的稅后凈利為771―200＝571萬元。
考慮機會成本后上述方案最佳可選的是方案一，稅后凈利為670萬元；其次是方案二，稅后凈利為650萬元；最后是方案三，稅后凈利為571萬元。納稅籌劃方案的選擇完全變了。
考慮其他因素的籌劃方案排序：
如果外購的國產生產線符合《技術改造國產設備投資抵免企業所得稅暫行辦法》（財稅字〔1999〕290號）規定：“我國境內投資于符合國家產業政策的技術改造項目的企業，其項目所需國產設備投資的40%可從企業技術改造項目設備購置當年比前一年新增的企業所得稅中抵免”的情況，此時必須考慮國產設備抵免企業所得稅的情況。
（1）如果國產設備可以按文件規定金額抵免企業所得稅，且每年可以在企業的新增范圍內抵扣，年可抵扣金額為（11000―9280―600）×33%×40%＝148萬元。（注：5年內共計抵扣金額為740萬元，低于可供抵扣的最高限額2400=6000×40%萬元）
方案二考慮機會成本和可抵扣企業所得稅后的凈利為：
前5年中每年為750―100＋148＝798萬元。
后5年中每年為750―100＝650萬元。
10年合計凈利潤折現為798×（P/A，10%，5）＋650×（P/A，10%，5）×（P/F，10%，5）＝798×3.79079＋650×3.79079×0.62092＝4555元。
方案一稅后凈利折現為670×（P/A，10%，10）＝670×6.14457＝4117萬元。
方案二明顯優于方案一。
綜上所述，專業納稅籌劃人員在進行納稅籌劃方案的選擇過程中，一定要考慮不同方案的機會成本。只有綜合考慮機會成本后的稅后凈利潤比較才會得出符合納稅籌劃規律的籌劃方案。
