自然資源會計核算是建立法制財政、民生財政、效率財政中的一個內容，其制度的建立健全、目標實現和實施效果是相關組織在一定的法律框架、體制框架內進行的，是有重點地探索技術難點和不斷制度化的過程。如圖3所示，自然資源會計核算的建立健全過程受到生態文明戰略發展新思維和《決定》改革頂層設計理念的影響，其核算制度的建立健全既需考慮相關法律法規的健全、不同體制和制度的協調，還需要充分發揮國家審計的監督、促進作用。
圖3 自然資源會計核算制度完善過程中需考慮的重要因素
（一）健全自然資源財政管理的法律框架。
自然資源的經濟屬性、生態屬性和社會屬性決定了調整自然資源資產關系的法律應是一種能有效協調經濟發展與生態環境保護關系的綜合性的法律，是應對生態、環境、資源領域的基礎性問題，做出整體性的安排（王金南，2013）[ 王瑋. 自然資源資產產權制度十問? 中國環境報，2013年11月29日。]。同時，還需要健全《預算法》、《會計法》，完善自然資源財政管轄權，明確政府（包括政府及有關資源行政主管部門）和企業等行政相對人的生態環境法律責任和生態績效問責制度，為反映、監督和評價政府生態績效擬定切實可行的法律條文，規范政府、企業等的自然資源管理行為在可持續發展軌道上運行。
自然資源會計核算要適應修訂后的《環境保護法》的規定，加大對自然資源核算、信息披露和績效評價方面的理論攻堅，在建立生態保護補償機制、加大環境保護財政投入、環保考核結果公開等具體規定的落實中發揮基礎信息作用。
（二）構建相互協調的制度框架。
我國的經濟管理體制已經發生根本性變革，由直接管理轉變為通過市場進行的間接宏觀調控。在自然資源會計核算的建立健全過程中必然需要反映我國政府財政運行的實際情況，適應市場經濟的需要，重視政府會計制度的全面分析與生態問責等專項分析的協調需求、政府會計制度與財政統計制度的協調需求、政府財務會計與管理會計的動態互補等。
1．構建既能體現自然資源特殊性又能與政府綜合財務報告的整體構建保持一致的制度框架。
作為政府承擔的生態文明建設責任，將自然資源資產、負債等信息納入到政府綜合財務報告中，同時提供政府綜合財務報告與自然資源明細報告，有利于將自然資源會計核算的專業化分析與政府綜合財務報告的整體性分析有機結合起來，從而全面、綜合地反映政府整體財務狀況、運行績效以及責任主體對自然資源的經濟投入、價值形成和變化的影響過程和結果。這種整體分析和專項分析的有機結合既提高了分析的深度，又將分析的領域擴展到了決策、問責所特別關注的領域等，可為生態、經濟、社會的可持續發展提供更為全面、有效、針對性強的支持。
我國政府會計核算的現狀是以現金收付制為基礎的預算會計，專項補助、資源稅等與自然資源有關的財政資金已經在現行政府預算報告中進行了反映。我國未來政府會計核算需要結合 “政府綜合財務報告制度”的整體發展目標，擴展當前的預算執行控制目標到包含了生態績效問責的全面政府問責，將自然資源資產、負債在政府綜合資產負債中列示，并有重點地提供單獨的自然資源明細報表，反應不同經濟主體的生態文明建設維度責任。
2．自然資源會計核算制度與財政統計制度要實現互補和銜接，提供科學、完整的自然資源評價指標。
政府會計與財政統計兩者協調發展已經得到國際的普遍認可，但國際上不同國家和組織對兩者協調的方式不同。比如，在美國，州和地方政府將“統計報表”[ 統計報表包含可供比較的幾個時期的數據——通常為十年或十年以上——或者包含除會計記錄以外的其他數據。這些非會計信息包括評估經濟價值與稅率、經濟與人口數據和合法的負債限額等（美國政府會計準則委員會）。]作為綜合財務報告附錄的一部分，滿足政府綜合財務報告的使用者進行宏觀預測和未來趨勢分析的需求。而在部分已經實行了權責發生制預算和政府會計的國家或組織，比如IPSASB、澳大利亞，則在平衡提供會計信息和財政統計信息的基礎上，進一步探析兩者的協調問題。我國權責發生制政府會計體系尚未建立，改革進程滯后于國際當前做法。我國政府會計所處的改革階段和會計信息在財政統計中發揮的基礎作用決定了當前需要先建立健全自然資源的會計核算。
雖然政府會計核算可以為構建財務指標和進行預算管理提供基礎信息，但是由于受到準則、確認條件等限制，不能反映政府活動對生態環境、社會環境、代際公平、社會經濟可持續發展等的影響，無法有效支持擴展的宏觀分析目標的實現。為了滿足政府層面的問責、決策及其宏觀經濟層面的分析、決策兩個不同層面的目標要求，我國需要在不斷提高政府會計提供的微觀信息質量的基礎上進一步補充和加工信息，按照宏觀管理的要求不斷推進政府財政統計制度的完善。
政府會計與財政統計的協調發展，不僅滿足了從特定責任主體和市場角度分析的需要，而且滿足了從國家整體價值角度分析生態價值、社會經濟長期影響的需要，為政府做出更為謹慎和正確的可持續的財政政策提供支持，同時還有助于促進國家審計建立客觀、科學的長效監督機制。
3．在健全自然資源會計核算的基礎上，有重點地探索自然資源管理會計。
政府會計作為管理工具，其目的是在充分實現反映和監督職能的基礎上，通過建立健全內部控制、提高決策的科學性、提升財政資金的配置效率和促進政府問責，而推動國家良治的實現。完整的會計管理活動過程應該是包含了事前的預測、決策、規劃，事中的反映和監督，事后的控制和考核，的全鏈條的過程。
管理會計的預測、決策、規劃、控制和考核職能決定了其在政府預算控制和財務管理中發揮著重要的作用，不僅能夠為權責發生制政府財務報告的編制提供精細化的成本信息，而且管理會計計量單位具有靈活性、多元性等特點也決定了其是自然資源會計核算信息的必要補充。
在自然資源管理過程中，實現管理會計的預測、決策、規劃、控制、考核的職能與財務會計的反映與監督職能的有機結合，實現解析過去、控制現在與籌劃未來的全過程管理，促進內部管理控制與外部監督問責的有效融合，將成為未來我國推進生態文明建設和促進現代政府預算管理制度、現代財政制度的客觀需求。
（三）構建全面、科學的評價指標，加強國家審計。
國家審計對自然資源管理績效進行評價和衡量的內容主要應包括四個方面：過程評價，即對自然資源管理項目和管理決策的評價；效益評價，即對經濟效益、社會效益和生態效益的評價；影響評價，即對國民經濟和社會發展總體目標的影響評價；持續性評價，即對后續運行和持續發揮作用的能力的評價。由于受到會計制度的限制，基于自然資源會計報表基礎上的財務指標主要是滿足過程評價和經濟效益評價，而社會效益、影響評價和可持續性評價則需要依賴于財政統計指標。將自然資源會計報表所提供的財務指標和財政統計報告所提供的宏觀經濟分析的指標有機結合起來，不僅能夠提供自然資源使用、產出和成果以及產出效率、成果效益的信息，提供自然資源使用的經濟、社會和政治影響等更為綜合的信息，還能夠清晰的反映自然資源資產價值的變化以及未來發展趨勢。
在綜合分析評價核算主體的貨幣單位指標和根據財政統計指標分析宏觀層面的環境效益、社會效益為主的社會經濟影響指標的基礎上，國家審計能夠辨析、發現和解釋自然資源管理中存在的社會效益較低的項目、不可持續的財政政策、開發利用與維護相脫節等問題，向國家有關部門提出具有建設性的意見和建議，有力推進國家治理目標的實現。
自然資源會計核算以及政府綜合財務報告的編制等新的挑戰也對審計工作提出了更高的要求，需要將當前的合規性審計和績效審計的范圍拓展到生態責任和生態文明的建設領域，探索對政府綜合財務報告的審計以及對財政資金、政府決策及活動的社會經濟影響的宏觀視角審計。
