企業對財務風險的應對措施主要有接受風險、規避風險、降低風險和轉移風險四種。專業合作社控制風險的總原則是：結合自身的特點，認真分析風險產生的原因，充分考慮風險應對的成本和收益，權衡利弊，采取合適有效的風險應對措施。
第一，委托專業人士進行財務管理和相關專業管理。委托專業人士進行財務管理和專業管理實質是一種業務外包。專業合作社業務外包可以發揮社員的農業技術優勢，避免財務管理和相關專業管理上的劣勢。委托外包可以有效規避稅收風險和財政補助風險，降低生物資產在籌資出資、生產運營的部分風險，控制各個過程的舞弊風險。
第二，建立嚴格的舞弊賠償處罰制度。在專業合作社設立章程中，設立較為嚴格和具有較強操作性的舞弊賠償制度。例如，建立舉報有獎制度，提高舞弊風險的（及時）發現概率，同時，對舞弊者處以較高的賠償處罰制度，除了全部承擔損失或收益歸專業合作社所有外，還可以設立處以若干倍的處罰，處罰收入歸專業合作社其他成員所有。舞弊的高發現概率和高額賠償處罰，可以有效控制舞弊風險。
第三，購買農業保險和補充商業保險。自然災害和病蟲害對生物資產造成的減產等損失，可以通過購買農業保險來控制，還可以購買部分商業保險彌補農業保險保額的不足。這樣，對于專業合作社來說，可以有效降低生物資產的不可控風險。這實質是風險轉嫁策略，把部分生物資產風險轉移給政府和商業保險機構。
第四，積極穩妥參與農產品期貨交易。對于未來產量預期確定的農產品，其農產品價格變動風險，專業合作社可以采取積極的態度，穩健地參與農產品期貨交易，以鎖定收益，降低農產品價格波動帶來的風險。在參與過程中，專業合作社要結合自身風險承受能力，確定合適的期貨交易策略。特別需要指出的是，由于資產規模和管理水平限制，合作社參與期貨交易的目的僅是鎖定自產產品的價格，保障合作社穩定的收益，因此不能參與農產品期貨的套利行為，尤其不能采取“做空”方式套利，即先行賣出超過本社產量的農產品。
第五，積極穩妥參與農產品期貨交易。對于農資價格變動風險，合作社可以根據未來生產經營情況預測農資需求量，結合市場農資價格走向，建立農資合理儲備量。這實質是通過建立農資實物期貨來控制價格變動風險。
第六，盈余提取風險準備金。專業合作社從盈余中提出一定比例的金額，建立風險準備金，從而提高專業合作社綜合應對的抗風險能力。這實質是通過建立自身儲備來“以豐補歉”，用“時間交錯配合”來抵抗風險，防止專業合作社面臨破產清算風險。從總體上說，這屬于風險接受的控制策略。
