隨著財政預(yù)算管理體制改革，財政集中支付制度隨即在行政事業(yè)單位普遍實施，效果明顯，財政集中支付減少用款單位接觸現(xiàn)金，全過程更易監(jiān)控，對減少鋪張浪費違規(guī)違紀(jì)行為大有作用。
同時，財政集中支付制度對行政事業(yè)單位的會計核算行為也帶來一定變化：
1.預(yù)算單位內(nèi)部結(jié)算的影響。預(yù)算單位內(nèi)部核算是單位各部門之間為完成某項工作任務(wù)相互提供服務(wù)進行內(nèi)部結(jié)算的賬務(wù)處理方式，單位正常運轉(zhuǎn)或完成特定任務(wù)，相互提供產(chǎn)品或服務(wù)必然存在內(nèi)部結(jié)算業(yè)務(wù)，如內(nèi)部服務(wù)部門提供的內(nèi)部服務(wù)費用結(jié)算(分析測試費、復(fù)印費、交通費)等，費用進入項目成本，財政資金使用及內(nèi)部會計核算難以處理，對會計核算帶來影響。
2.財政專項管理費分?jǐn)偺幚?。專項管理費是指在項目研究開發(fā)過程中對使用本單位現(xiàn)有儀器設(shè)備及房屋，日常水、電、氣、暖消耗，以及其他有關(guān)管理費用的支出。
管理費可按照各專項經(jīng)費管理的相關(guān)規(guī)定分?jǐn)偦蛄兄?，實行國庫支付制度后，其分?jǐn)偦蛄兄c國庫資金支付對應(yīng)銜接。按照財政資金專款專用規(guī)定，發(fā)生相關(guān)管理費前需要考慮零余額賬戶資金支出使用匹配，費用分?jǐn)傂枧c國庫資金支出使用基本保持一致。但在財政資金規(guī)模較大，科研項目較多，會計核算量大的中央級事業(yè)單位財務(wù)管理中，財政資金國庫集中支付與管理費會計核算對應(yīng)銜接，是實施國庫集中支付制度后財務(wù)管理實務(wù)亟待研究解決的問題。
3.實有資金賬戶墊資與國庫資金歸墊。依據(jù)財政部《中央單位財政國庫管理制度改革試點資金支付管理辦法》(財庫[2002]28號)、《關(guān)于規(guī)范和加強中央預(yù)算單位國庫集中支付資金歸墊管理有關(guān)問題的通知》(財庫[2007]24號)相關(guān)管理規(guī)定，預(yù)算單位必須按照規(guī)定程序和要求進行資金歸墊，且預(yù)算單位通過本單位實有資金賬戶墊付資金，須實行事先備案制度。
現(xiàn)實工作中，由于專項項目立項、論證、設(shè)計審查等程序復(fù)雜，從立項到預(yù)算批復(fù)周期長，而且項目立項能否成功存在不確定性，或者發(fā)生特殊、應(yīng)急等事項，即費用支出存在資金歸墊問題，按照國庫支付資金歸墊管理的相關(guān)規(guī)定難以操作。
部分財政專項項目預(yù)算批復(fù)及下達(dá)較晚，且部分項目預(yù)算均為年度工作任務(wù)和預(yù)算安排，項目真正實施的時間較短，由于項目前期需開展部分工作(如設(shè)計審查、野外踏勘等)，需墊付部分資金，否則將影響項目執(zhí)行以及年度任務(wù)的完成。
三、財政國庫支付制度預(yù)算單位內(nèi)部核算解決的對策
1.統(tǒng)籌財務(wù)收支安排與國庫資金管理
依據(jù)單位年度預(yù)算批復(fù)、工作任務(wù)和各類專項落實情況，結(jié)合各類資金收支出和工作重點，統(tǒng)籌各類資金的安排和使用，編制預(yù)算單位的年度財務(wù)收支計劃。同時，依據(jù)國庫資金季度分與用款計劃，統(tǒng)籌年度(分月)資金使用和支出計劃安排，根據(jù)當(dāng)月資金計劃執(zhí)行情況及特殊事項變化，動態(tài)調(diào)整資金使用計劃，按照計劃安排和使用資金，避免資金使用的隨意性，國庫資金使用、費用支出及專項結(jié)余基本保持一致，符合財政國庫資金使用和財務(wù)管理相關(guān)規(guī)定。
2.國庫資金墊支及歸墊有關(guān)事項的探討
隨著財政預(yù)算管理制度的不斷完善和規(guī)范，專項項目預(yù)算逐步納入部門預(yù)算，專項項目預(yù)算單獨批復(fù)情況逐漸減少，從財政預(yù)算管理和國庫資金支付角度盡量避免資金歸墊，嚴(yán)格按照預(yù)算管理和國庫支付制度的相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
但對于基建項目、特殊項目或事項，確實存在墊資和資金歸墊的問題，預(yù)算單位須將有關(guān)事項事先備案，將發(fā)生費用支出掛賬處理，待項目批復(fù)后按照國庫資金歸墊的程序辦理國庫資金歸墊手續(xù)。
若項目未批復(fù)，發(fā)生的費用支出由單位核銷支出并進行相應(yīng)的賬務(wù)處理。
對于前期費用較大的支出，可依據(jù)事先約定合同條款先由預(yù)算單位以押金方式墊付部分資金，待項目批復(fù)后將押金退回預(yù)算單位，按照正常國庫資金支付方式付款，可避免資金歸墊復(fù)雜程序，即反映真實的經(jīng)濟業(yè)務(wù)，又符合國庫資金管理規(guī)定。
確因業(yè)務(wù)工作需要而發(fā)生的國庫資金歸墊事項，建議簡化國庫資金歸墊的程序，歸墊事項事先向主管部門備案后，依據(jù)業(yè)務(wù)事項和相關(guān)證明材料，經(jīng)財政專員辦審核確認(rèn)后歸墊資金。
3.管理費用分?jǐn)偱c列支
依據(jù)預(yù)算單位財務(wù)收支計劃和國庫資金管理費用額度使用情況，通過輔助賬表合理安排管理費用支出，同時按照預(yù)算管理費用使用國庫資金，每月末將發(fā)生管理費用進行歸集，按照專項項目管理費相關(guān)規(guī)定分?jǐn)偺幚聿⑦M行調(diào)整，基本保持費用支出與國庫資金使用的一致性，符合會計核算、賬務(wù)處理的相關(guān)規(guī)定。
4.內(nèi)部結(jié)算的處理
基層預(yù)算單位內(nèi)部結(jié)算主要涉及內(nèi)部分析測試費、交通費、復(fù)印費等內(nèi)部服務(wù)。
依據(jù)預(yù)算批復(fù)和年度工作任務(wù)安排等，將內(nèi)部分析測試費、交通費、復(fù)印費等按財政項目進行總體測算和統(tǒng)計，科學(xué)合理確認(rèn)內(nèi)部結(jié)算收入;在會計核算中對分析測試費、交通費、復(fù)印費等發(fā)生相關(guān)支出分類核算并歸集相關(guān)費用，依據(jù)部門內(nèi)部提供服務(wù)的項目和國庫資金預(yù)算并按月或季度分?jǐn)傁嚓P(guān)費用，月末或季度末按預(yù)算科目或項目核對國庫資金的支出和內(nèi)部結(jié)算支出情況，二者總體保持一致，解決國庫資金使用和單位內(nèi)部結(jié)算難以處理的問題。
但對于國庫資金內(nèi)部結(jié)算收入(如分析測試費等)較大的單位，其部門內(nèi)部收入大于支出的情況，其內(nèi)部核算難以處理，會計業(yè)務(wù)處理有待進一步研究。
5.國庫支付制度與預(yù)算管理、財務(wù)管理相關(guān)制度的有機結(jié)合
(1)適應(yīng)財政國庫制度改革要求，強化預(yù)算管理
一是加強預(yù)算編制科學(xué)性、預(yù)見性，合理編制預(yù)算，細(xì)化預(yù)算編制，特別是內(nèi)部結(jié)算預(yù)算的分解與落實安排，做好預(yù)算統(tǒng)籌安排，避免隨意性;
二是強化預(yù)算執(zhí)行，依據(jù)預(yù)算批復(fù)嚴(yán)格執(zhí)行，預(yù)算管理與會計核算緊密結(jié)合，強化預(yù)算意識，避免隨意使用資金;
三是統(tǒng)籌資金安排和使用，充分考慮國庫資金和實有賬戶資金安排，賬務(wù)處理須與不同賬戶資金使用、賬戶余額相匹配，避免國庫資金轉(zhuǎn)入實有資金賬戶，以符合財政國庫支付制度。
四是嚴(yán)格執(zhí)行政府采購制度和公務(wù)卡強制結(jié)算，體現(xiàn)財政支出的公開、透明，減少公務(wù)支出中的現(xiàn)金結(jié)算，防止利用財政資金謀取私利等現(xiàn)象的發(fā)生，發(fā)揮財政監(jiān)督職能，提高財政資金的使用效益。
(2)財政政策和財務(wù)管理制度的銜接
執(zhí)行國庫支付制度需要預(yù)算管理、財務(wù)管理、會計核算等相關(guān)配套政策制度的銜接，預(yù)算單位在工作中遇到上述實際問題難以操作，缺乏政策制度的支持，影響了預(yù)算單位工作的執(zhí)行;建議財政部門對國庫支付過程中存在的問題加以研究，制定相關(guān)配套制度，指導(dǎo)預(yù)算單位財務(wù)管理工作，解決預(yù)算單位國庫支付執(zhí)行過程中存在的問題，促進預(yù)算單位的財務(wù)管理工作。
