原制度從1997年開始實施，為規范中小學校財務行為、促進教育事業發展起到了積極作用。但隨著一系列財政改革的深入推進和中小學校財務管理內容的變化，原制度難以適應新的管理要求，修訂制度成為必然。本次修訂根據新的《事業單位財務規則》和國家有關法律制度，按照“保持原有制度體系框架、適應財政管理改革要求、突出中小學校特點、推進科學化精細化管理”的原則進行。修訂后，制度分為十三章，共77條。
與原制度相比，新《制度》的主要修訂內容有：一是調整了《制度》的適用范圍，將中等職業教育學校納入適用范圍，相關幼兒園依照執行；二是修訂了財務管理體制的規定，進一步強調了校長負責制；三是完善了預算管理制度，針對當前預算管理中存在的問題，對預算編制和執行提出了更高要求，增加了決算管理內容；四是強化了收支管理，明確規定中小學校應當將各項收入全部納入單位預算統一核算和管理，嚴禁設立“小金庫”、賬外設賬和公款私存，嚴格支出管理，基本支出、項目支出不得混用，公用支出不得用于教職工福利等人員支出；五是完善了結轉和結余資金管理的規定；六是強化了資產管理，在資產分類中增加了“在建工程”，適度調高了固定資產的單位價值標準；七是細化了財務監督內容和要求；八是對義務教育階段學校財務活動提出更加明確的要求，規定義務教育教育階段學校不得從事經營活動，不得對外投資，不得提供擔保，不提取修購基金，嚴禁舉借債務等。
