會計核算的依據是國家的相關法律、法規和企業會計準則、會計制度。然而，在《企業會計制度》、《施工企業會計核算辦法》以及2006年頒布的《企業會計準則第15號——建造合同》中均沒有對分包工程的會計核算作出明確的規定。目前在施工企業會計實踐中，對分包工程的會計處理方法主要有兩種：第一種作法將分包的工程收入納入本公司的收入，將所支付的分包工程款作為本公司的施工成本，與自己承建的工程做同樣的處理；第二種作法視分包工程與自己沒有關系，分包工程的收入和支出均不通過本公司收支體系核算。
比較而言，第一種作法的特點是全面反映了總承包方的收入與成本，與《建筑法》、《合同法》中對總承包人相關責任和義務的規定是吻合的；第二種作法盡管和《營業稅暫行條例》有關“總承包企業以工程的全部承包額減去付給分包人的價款后的余額為營業額”的規定匹配較好，但卻沒有全面反映總承包方的收入與費用；再者，按第一種作法確認的收入與《營業稅暫行條例》營業額的差異，屬于會計規定與稅法規定的正常差異，并不影響對分包工程的會計核算。因此，承包方企業在核算分包工程在各會計期間的營業收入與費用時，可按照第一種作法的進行賬務處理。
(一)在總包方代扣代繳分包營業稅的情況下：
例：乙建筑公司承包一項工程，工期10個月，總承包收入8000萬元，其中裝修工程2000萬元，分包給丁公司承建。乙公司完成工程累計發生合同成本5500萬元，項目在當年12月份如期完工。其賬務處理如下：
①乙公司完成項目發生成本費用時，
借：工程施工——合同成本 55000000
貸：原材料等 55000000
收到甲方一次性結算的總承包款時，
借：銀行存款 80000000
貸：工程結算 80000000
②計提營業稅金及代扣營業稅時，
計提營業稅金＝（8000－2000）x3％＝180（萬元）
應代扣營業稅＝2000x3％＝60（萬元）
借：營業稅金及附加 1800000
應付賬款 600000
貸：應交稅費——應交營業稅 2400000
③繳納營業稅時，
借：應交稅費——應交營業稅 2400000
貸：銀行存款 2400000
④分包工程完工驗工結算時，
借：工程施工——合同成本 20000000
貸：應付賬款 20000000
⑤支付工程款時，
借：應付賬款 19400000
貸：銀行存款 19400000
⑥乙公司確認該項目收入與費用時，
借：主營業務成本 75000000
工程施工——合同毛利5000000
貸：主營業務收入 80000000
⑦工程結算與工程施工對沖結平時，
借：工程結算 80000000
貸：工程施工——合同成本 75000000
——合同毛利 5000000
(二)在總包方不代扣代繳分包營業稅的情況下：
例：乙建筑公司承包一項工程，工期10個月，總承包收入8000萬元，其中裝修工程2000萬元，分包給丁公司承建。乙公司完成工程累計發生合同成本5500萬元，項目在當年12月份如期完工。其賬務處理如下：
①乙公司完成項目發生成本費用時，
借：工程施工——合同成本 55000000
貸：原材料等 55000000
收到甲方一次性結算的總承包款時，
借：銀行存款 80000000
貸：工程結算 80000000
②計提營業稅金時，
計提營業稅金＝（8000－2000）x3％＝180（萬元）
借：營業稅金及附加 1800000
貸：應交稅費——應交營業稅 1800000
③繳納營業稅時，
借：應交稅費——應交營業稅 1800000
貸：銀行存款 1800000
④分包工程完工驗工結算時
借：工程施工——分包成本 19400000
——分包成本（營業稅金及附加） 600000
貸：應付賬款 20000000
⑤支付工程款時
借：應付賬款 20000000
貸：銀行存款20000000
⑥乙公司確認該項目收入與費用時
借：主營業務成本 74400000（ 19400000 +55000000 ）
應交稅費——應交營業稅600000
工程施工——合同毛利5000000
貸：主營業務收入 80000000
⑦工程結算與工程施工對沖結平時
借：工程結算 80000000
貸：工程施工——合同成本75000000
——合同毛利5000000
根據分包人提供的發票,到主管稅務機關退還營業稅及附加:
借：銀行存款 600000
貸：應交稅費——應交營業稅 600000
(三)在建設單位代扣代繳總包和分包營業稅的情況下：
例：乙建筑公司承包一項工程，工期10個月，總承包收入8000萬元，其中裝修工程2000萬元，分包給丁公司承建。乙公司完成工程累計發生合同成本5500萬元，項目在當年12月份如期完工。其賬務處理如下：
①乙公司完成項目發生成本費用時，
借：工程施工——合同成本 55000000
貸：原材料等 55000000
收到甲方一次性結算的總承包款時，
借：銀行存款 77600000
應交稅費——應交營業稅2400000
貸：工程結算 80000000
②計提營業稅金及代扣營業稅時，
計提營業稅金＝（8000－2000）x3％＝180（萬元）
應代扣營業稅＝2000x3％＝60（萬元）
借：營業稅金及附加 1800000
應付賬款 600000
貸：應交稅費——應交營業稅 2400000
③分包工程完工驗工結算時，
借：工程施工——合同成本 20000000
貸：應付賬款 20000000
④支付工程款時，
借：應付賬款 19400000
貸：銀行存款 19400000
⑤乙公司確認該項目收入與費用時，
借：主營業務成本 75000000
工程施工——合同毛利5000000
貸：主營業務收入 80000000
⑥工程結算與工程施工對沖結平時，
借：工程結算 80000000
貸：工程施工——合同成本 75000000
——合同毛利 5000000
