國家稅務總局于二○一○年七月二十六日以“國家稅務總局公告2010年第4號” 發布《企業重組業務企業所得稅管理辦法》，該管理辦法自2010年1月1日起施行。此管理辦法的出臺，更加明確了原來業界普遍關注和存在爭議的一些關鍵問題，更好的規范和加強對企業重組業務的企業所得稅管理，更有效地貫徹實施企業所得稅法及其實施條例，尤其是《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》。按照財稅[2009]59號文件規定，符合條件的企業重組可以選擇一般性稅務處理或特殊性稅務處理，不同的處理方式對各方繳納的企業所得稅的影響也是不同的。限于篇幅，本文主要探討特殊性稅務處理方式及管理辦法。
國家稅務總局于二○一○年七月二十六日以“國家稅務總局公告2010年第4號” 發布《企業重組業務企業所得稅管理辦法》（以下簡稱“管理辦法”），該管理辦法自2010年1月1日起施行。公告說，本辦法發布時企業已經完成重組業務的，如適用《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）特殊稅務處理，企業沒有按照本辦法要求準備相關資料的，應補備相關資料；需要稅務機關確認的，按照本辦法要求補充確認。2008、2009年度企業重組業務尚未進行稅務處理的，可按本辦法處理。財稅[2009]59號（以下簡稱“59號文”）《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》是財政部和國家稅務總局為了明確企業重組所得稅政策而于2009年4月30日聯合出臺的，59號文的出臺明確了國家對重組稅收優惠政策，刺激了企業加快并購重組的步伐，其積極意義不言而喻。接著，國家稅務總局于2010年3月就貫徹落實《企業所得稅法》過程中出現的若干問題，下發了《關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號），該文件就企業所得稅多個問題進行了明確，包括債務重組收入確認問題、股權轉讓所得確認和計算問題、股息紅利等權益性投資收益收入確認問題。此次重組業務企業所得稅管理辦法（稅務總局第4號公告）的出臺，更加明確了原來業界普遍關注和存在爭議的一些關鍵問題，更好的規范和加強對企業重組業務的企業所得稅管理，更有效地貫徹實施企業所得稅法及其實施條例，尤其是《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（59號文）。按照財稅[2009]59號文件規定，符合條件的企業重組可以選擇一般性稅務處理或特殊性稅務處理，不同的處理方式對各方繳納的企業所得稅的影響也是不同的。限于篇幅，本文主要探討特殊性稅務處理方式及管理辦法。
59號文的出臺，不僅明確了“企業重組”的概念，同時劃分了企業重組的六種主要類型。根據59號文的相關規定，“企業重組”是指企業在日常經營活動以外發生的法律結構或經濟結構重大改變的交易，企業重組將分為企業法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合并、分立六種，該六種類型基本上涵蓋了資本運作的所有基本形式。其中：
（1）企業法律形式改變，是指企業注冊名稱、住所以及企業組織形式等的簡單改變，但符合本通知規定其他重組的類型除外。
（2）債務重組，是指在債務人發生財務困難的情況下，債權人按照其與債務人達成的書面協議或者法院裁定書，就其債務人的債務作出讓步的事項。
（3）股權收購，是指一家企業（以下稱為收購企業）購買另一家企業（以下稱為被收購企業）的股權，以實現對被收購企業控制的交易。收購企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。
（4）資產收購，是指一家企業（以下稱為受讓企業）購買另一家企業（以下稱為轉讓企業）實質經營性資產的交易。受讓企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。
（5）合并，是指一家或多家企業（以下稱為被合并企業）將其全部資產和負債轉讓給另一家現存或新設企業（以下稱為合并企業），被合并企業股東換取合并企業的股權或非股權支付，實現兩個或兩個以上企業的依法合并。
（6）分立，是指一家企業（以下稱為被分立企業）將部分或全部資產分離轉讓給現存或新設的企業（以下稱為分立企業），被分立企業股東換取分立企業的股權或非股權支付，實現企業的依法分立。
據此，《管理辦法》明確了重組各方應為企業所得稅納稅人，并在其第三條規定，企業發生各類重組業務，其當事各方，按重組類型，分別指以下企業：（1）債務重組中當事各方，指債務人及債權人。（2）股權收購中當事各方，指收購方、轉讓方及被收購企業。（3）資產收購中當事各方，指轉讓方、受讓方。（4）合并中當事各方，指合并企業、被合并企業及各方股東。（5）分立中當事各方，指分立企業、被分立企業及各方股東。同時，《管理辦法》第四條規定，同一重組業務的當事各方應采取一致稅務處理原則，即統一按一般性或特殊性稅務處理。要求各方取得一致的意見，選擇相同的所得稅處理方式，再按規定向各自主管稅務機關申報納稅或稅務備案。
企業重組的稅務處理區分不同條件分別適用一般性稅務處理規定和特殊性稅務處理規定。
一、債務重組的特殊性稅務處理
債務重組，債務重組概念中強調了債務人處于財務困難的前提條件，并突出了債權人做出讓步的實質內容。債務重組的特殊情況及特殊稅務處理：企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：1、具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。2、被收購、合并或分立部分的資產或股權比例符合財稅[2009]59號通知規定的比例，即：（1）境內股權收購的特殊情況：收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；（2）境外（境內與境外之間，包括港澳臺）股權收購的特殊情況：A、非居民企業向其100%直接控股的另一非居民企業轉讓其擁有的居民企業股權，沒有因此造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化，且轉讓方非居民企業向主管稅務機關書面承諾在3年（含3年）內不轉讓其擁有受讓方非居民企業的股權；B、非居民企業向與其具有100%直接控股關系的居民企業轉讓其擁有的另一居民企業股權；C、居民企業以其擁有的資產或股權向其100%直接控股的非居民企業進行投資；（3）境內資產收購適用特殊性稅務處理規定的特殊情況如下：受讓企業收購的資產不低于轉讓企業全部資產的75%，且受讓企業在該資產收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；（4）企業合并適用特殊性稅務處理的特殊情況：A、企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；B、同一控制下且不需要支付對價的企業合并；（同一控制，是指參與合并的企業在合并前后均受同一方或相同的多方最終控制，且該控制并非暫時性的。能夠對參與合并的企業在合并前后均實施最終控制權的相同多方，是指根據合同或協議的約定，對參與合并企業的財務和經營政策擁有決定控制權的投資者群體。在企業合并前，參與合并各方受最終控制方的控制在12個月以上，企業合并后所形成的主體在最終控制方的控制時間也應達到連續12個月。）（5）企業分立適用特殊性稅務處理的特殊情況是：被分立企業所有股東按原持股比例取得分立企業的股權，分立企業和被分立企業均不改變原來的實質經營活動，且被分立企業股東在該企業分立發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%。3、企業重組后的連續12個月內（指自重組日起計算的連續12個月內）不改變重組資產原來的實質性經營活動。4、重組交易對價中涉及股權支付金額符合財稅[2009]59號通知規定比例。5、企業重組中取得股權支付的原主要股東（指原持有轉讓企業或被收購企業20%以上股權的股東）在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。“管理辦法”第七條規定債務重組以債務重組合同或協議生效日為重組日。特殊稅務處理內容如下：
1、企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50%以上，可以在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。債務重組確認的應納稅所得額包括兩部分：相關資產所得和債務重組所得。企業應首先測算企業債務重組確認的應納稅所得額是否占當年應納稅所得額50%以上，如果已達到該比例，可分五年平均攤入各年度應納稅所得額中。
管理辦法規定，發生債務重組所產生的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50%以上的，債務重組所得要求在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度應納稅所得額的，應準備以下資料：（1）當事方的債務重組的總體情況說明（如果采取申請確認的，應為企業的申請，下同），情況說明中應包括債務重組的商業目的；（2）當事各方所簽訂的債務重組合同或協議；（3）債務重組所產生的應納稅所得額、企業當年應納稅所得額情況說明；（4）稅務機關要求提供的其他資料證明。
2、企業發生債權轉股權業務，對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業的其他相關所得稅事項保持不變。對債轉股業務，59號文明確了暫不確認債務清償所得或損失，這意味著只要債轉股企業未將股份轉讓，可享受暫免稅的優惠政策。該政策的出臺將大大降低債轉股稅收負擔，為更多企業債轉股交易打開方便之門。管理辦法規定，發生債權轉股權業務，債務人對債務清償業務暫不確認所得或損失，債權人對股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定，應準備以下資料：（1）當事方的債務重組的總體情況說明。情況說明中應包括債務重組的商業目的；（2）雙方所簽訂的債轉股合同或協議；（3）企業所轉換的股權公允價格證明；（4）工商部門及有關部門核準相關企業股權變更事項證明材料；（5）稅務機關要求提供的其他資料證明。
3、重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失＝（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）。
企業發生符合59號通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。管理辦法規定企業重組業務，符合規定條件并選擇特殊性稅務處理的，應按規定進行備案；如企業重組各方需要稅務機關確認，可以選擇由重組主導方向主管稅務機關提出申請，層報省稅務機關給予確認。采取申請確認的，主導方和其他當事方不在同一省（自治區、市）的，主導方省稅務機關應將確認文件抄送其他當事方所在地省稅務機關。省稅務機關在收到確認申請時，原則上應在當年度企業所得稅匯算清繳前完成確認。特殊情況，需要延長的，應將延長理由告知主導方。其中，企業重組主導方，原則確定：債務重組為債務人。企業在備案或提交確認申請時，應從以下方面說明企業重組具有合理的商業目的：（1）重組活動的交易方式。即重組活動采取的具體形式、交易背景、交易時間、在交易之前和之后的運作方式和有關的商業常規；（2）該項交易的形式及實質。即形式上交易所產生的法律權利和責任，也是該項交易的法律后果。另外，交易實際上或商業上產生的最終結果；（3）重組活動給交易各方稅務狀況帶來的可能變化；（4）重組各方從交易中獲得的財務狀況變化；（5）重組活動是否給交易各方帶來了在市場原則下不會產生的異常經濟利益或潛在義務；（6）非居民企業參與重組活動的情況。
二、股權收購的特殊性稅務處理
股權收購，以轉讓協議生效且完成股權變更手續日為重組日。
1、境內股權收購的特殊情況：收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，且同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；（2）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；（3）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。股權支付，是指企業重組中購買、換取資產的一方支付的對價中，以本企業或其控股企業的股權、股份作為支付的形式；所稱非股權支付，是指以本企業的現金、銀行存款、應收款項、本企業或其控股企業股權和股份以外的有價證券、存貨、固定資產、其他資產以及承擔債務等作為支付的形式。而股份支付必須是本企業或“控股企業”的股權和股份，非本企業和“控股企業”的股權和股份則不符合規定的股權支付。但是，對“控股企業”也存在不同的看法，有的認為母公司為控股企業，有的認為子公司為控股企業。《管理辦法》規定，控股企業，是指由本企業直接持有股份的企業。按上述規定分析，不論是以母公司股權還是子公司股權支付，或是其他股權支付，只要是本企業直接持有的企業股權，無論比例，均認可為符合條件的“股權支付”。
特殊性稅務處理具體內容如下：（1）被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；（2）收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；（3）收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。
重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失＝（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）
2、境外（境內與境外之間，包括港澳臺）股權收購的特殊情況：A、非居民企業向其100%直接控股的另一非居民企業轉讓其擁有的居民企業股權，沒有因此造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化，且轉讓方非居民企業向主管稅務機關書面承諾在3年（含3年）內不轉讓其擁有受讓方非居民企業的股權；B、非居民企業向與其具有100%直接控股關系的居民企業轉讓其擁有的另一居民企業股權；C、居民企業以其擁有的資產或股權向其100%直接控股的非居民企業進行投資；境外股權收購除上述特殊情況外，還需同時符合下列條件，才能適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；（2）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；（3）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。 這種情況下的特殊性稅務處理內容如下：（1）被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；（2）收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；（3）收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。（4）居民企業以其擁有的資產或股權向其100%直接控股關系的非居民企業進行投資，其資產或股權轉讓收益如選擇特殊性稅務處理，可以在10個納稅年度內均勻計入各年度應納稅所得額。
重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失＝（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）
企業發生符合59號通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業應準備以下資料：（1）當事方的股權收購業務總體情況說明，情況說明中應包括股權收購的商業目的；（2）雙方或多方所簽訂的股權收購業務合同或協議；（3）由評估機構出具的所轉讓及支付的股權公允價值；（4）證明重組符合特殊性稅務處理條件的資料，包括股權比例，支付對價情況，以及12個月內不改變資產原來的實質性經營活動和原主要股東不轉讓所取得股權的承諾書等；（5）工商等相關部門核準相關企業股權變更事項證明材料；（6）稅務機關要求的其他材料。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
三、資產收購的特殊性稅務處理
1、境內資產收購
資產收購，是指一家企業（以下稱為受讓企業）購買另一家企業（以下稱為轉讓企業）實質經營性資產的交易。境內資產收購適用特殊性稅務處理規定的特殊情況如下：受讓企業收購的資產不低于轉讓企業全部資產的75%，且受讓企業在該資產收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，同時符合下列條件：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；（2）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；（3）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。受讓企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。對于其中的“實質經營性資產”存在不同理解，有的認為是企業的凈資產，有的認為是不包含負債的企業全部資產。《管理辦法》明確規定，“實質經營性資產”是指企業用于從事生產經營活動、與產生經營收入直接相關的資產，包括經營所用各類資產、企業擁有的商業信息和技術、經營活動產生的應收款項、投資資產等。
資產收購的特殊性稅務處理內容如下：（1）轉讓企業取得受讓企業股權的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定；（2）受讓企業取得轉讓企業資產的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。（3）收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。
重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
2、境外資產收購
境外（境內與境外之間，包括港澳臺）資產收購的特殊情況：A、非居民企業向其100%直接控股的另一非居民企業轉讓其擁有的居民企業股權，沒有因此造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化，且轉讓方非居民企業向主管稅務機關書面承諾在3年（含3年）內不轉讓其擁有受讓方非居民企業的股權；B、非居民企業向與其具有100%直接控股關系的居民企業轉讓其擁有的另一居民企業股權；C、居民企業以其擁有的資產或股權向其100%直接控股的非居民企業進行投資；同時還需符合下列條件，才能適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；（2）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；（3）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。
境外資產收購的特殊性稅務處理內容如下：（1）轉讓企業取得受讓企業股權的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定；（2）受讓企業取得轉讓企業資產的計稅基礎，以被轉讓資產的原有計稅基礎確定。（3）收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。（4）居民企業以其擁有的資產或股權向其100%直接控股關系的非居民企業進行投資，其資產或股權轉讓收益如選擇特殊性稅務處理，可以在10個納稅年度內均勻計入各年度應納稅所得額。
重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
企業發生符合59號通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業應準備以下資料：（1）當事方的資產收購業務總體情況說明，情況說明中應包括資產收購的商業目的；（2）當事各方所簽訂的資產收購業務合同或協議；（3）評估機構出具的資產收購所體現的資產評估報告；（4）受讓企業股權的計稅基礎的有效憑證；（5）證明重組符合特殊性稅務處理條件的資料，包括資產收購比例，支付對價情況，以及12個月內不改變資產原來的實質性經營活動、原主要股東不轉讓所取得股權的承諾書等；（6）工商部門核準相關企業股權變更事項證明材料；（7）稅務機關要求提供的其他材料證明。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
四、合并的特殊性稅務處理
59文所說的“合并”，是指一家或多家企業（以下稱為被合并企業）將其全部資產和負債轉讓給另一家現存或新設企業（以下稱為合并企業），被合并企業股東換取合并企業的股權或非股權支付，實現兩個或兩個以上企業的依法合并。即分為吸收合并和新設合并兩種方式。
根據實務中出現的企業合并的特點，企業合并會計準則中將企業合并按照一定的標準劃分為兩大基本類型——同一控制下的企業合并與非同一控制下的企業合并。
1、同一控制下的企業合并：同一控制下的企業合并，是指參與合并的企業在合并前后均受同一方或相同的多方最終控制且該控制并非暫時性的。企業之間的合并是否屬于同一控制下的企業合并，應綜合構成企業合并交易的各方面情況，按照實質重于形式的原則進行判斷。通常情況下，同一控制下的企業合并是指發生在同一企業集團內部企業之間的合并。除此之外，一般不作為同一控制下的企業合并。
2、非同一控制下的企業合并：非同一控制下的企業合并，是指參與合并各方在合并前后不受同一方或相同的多方最終控制的合并交易，即除判斷屬于同一控制下企業合并的情況以外其他的企業合并。
企業合并適用特殊性稅務處理的特殊情況：A、企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；B、同一控制下且不需要支付對價的企業合并，同時符合下列條件，適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；（2）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；（3）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。59號文規定同國家稅務總局2000年發布的《關于企業合并分立業務有關所得稅問題的通知》相比，將免稅優惠的條件由“非股權支付額占所支付的股權票面價值（或支付的股本的賬面價值）比例不高于20%”修改為“股權支付額不低于其交易支付總額的85%”。同一控制下且不需要支付對價的企業合并。同一控制下的企業合并，是指參與合并的企業在合并前后均受同一方或相同的多方最終控制且該控制并非暫時性的。從最終控制方的角度，該項交易僅是其原本已經控制的資產、負債空間位置的轉移，原則上不應影響所涉及資產、負債的計價基礎變化。因此，該條規定同一控制下且無需支付對價的企業合并可適用特殊性稅務處理。
企業合并的特殊性稅務處理內容如下：（1）合并企業接受被合并企業資產和負債的計稅基礎，以被合并企業的原有計稅基礎確定；（2）被合并企業合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼；（3）可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率；（4）被合并企業股東取得合并企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合并企業股權的計稅基礎確定。
重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失＝（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）。
企業發生符合59號通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業應準備以下資料：（1）當事方企業合并的總體情況說明。情況說明中應包括企業合并的商業目的；（2）企業合并的政府主管部門的批準文件；（3）企業合并各方當事人的股權關系說明；（4）被合并企業的凈資產、各單項資產和負債及其賬面價值和計稅基礎等相關資料；（5）證明重組符合特殊性稅務處理條件的資料，包括合并前企業各股東取得股權支付比例情況、以及12個月內不改變資產原來的實質性經營活動、原主要股東不轉讓所取得股權的承諾書等；（6）工商部門核準相關企業股權變更事項證明材料；（7）主管稅務機關要求提供的其他資料證明。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
五、分立的特殊性稅務處理
分立可以采取存續分立和新設分立兩種形式。存續分立是指被分立企業存續，而其一部分分出設立為一個或數個新的企業。新設分立是指被分立企業解散，分立出的各方分別設立為新的企業。
企業分立適用特殊性稅務處理的特殊情況是：被分立企業所有股東按原持股比例取得分立企業的股權，分立企業和被分立企業均不改變原來的實質經營活動，且被分立企業股東在該企業分立發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，而且該分立同時符合下列條件，適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。（2）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動。（3）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。
分立的特殊性稅務處理內容如下：（1）分立企業接受被分立企業資產和負債的計稅基礎，以被分立企業的原有計稅基礎確定；（2）被分立企業已分立出去資產相應的所得稅事項由分立企業承繼；（3）被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續彌補；（4）被分立企業的股東取得分立企業的股權（“新股”），如需部分或全部放棄原持有的被分立企業的股權（“舊股”），“新股”的計稅基礎應以放棄“舊股”的計稅基礎確定。如不需放棄“舊股”，則其取得“新股”的計稅基礎可從以下兩種方法中選擇確定：直接將“新股”的計稅基礎確定為零；或者以被分立企業分立出去的凈資產占被分立企業全部凈資產的比例先調減原持有的“舊股”的計稅基礎，再將調減的計稅基礎平均分配到“新股”上。59號文對免稅分立重組的稅務處理規定同《關于企業合并分立業務有關所得稅問題的通知》（國稅發[2000]119號）大致相同，區別在于根據119號，分立企業接受被分立企業的全部資產和負債的成本，以被分立企業的賬面凈值為基礎結轉確定，而59號文則規定，分立企業接受被分立企業資產和負債的計稅基礎，以被分立企業的原有計稅基礎確定。
企業發生符合59號通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業應準備以下資料：（1）當事方企業分立的總體情況說明。情況說明中應包括企業分立的商業目的；（2）企業分立的政府主管部門的批準文件；（3）被分立企業的凈資產、各單項資產和負債賬面價值和計稅基礎等相關資料；（4）證明重組符合特殊性稅務處理條件的資料，包括分立后企業各股東取得股權支付比例情況、以及12個月內不改變資產原來的實質性經營活動、原主要股東不轉讓所取得股權的承諾書等；（5）工商部門認定的分立和被分立企業股東股權比例證明材料；分立后，分立和被分立企業工商營業執照復印件；分立和被分立企業分立業務賬務處理復印件；（6）稅務機關要求提供的其他資料證明。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
關于企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動，管理辦法規定當事各方應在完成重組業務后的下一年度的企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面情況說明，以證明企業在重組后的連續12個月內，有關符合特殊性稅務處理的條件未發生改變。當事方的其中一方在規定時間內發生生產經營業務、公司性質、資產或股權結構等情況變化，致使重組業務不再符合特殊性稅務處理條件的,發生變化的當事方應在情況發生變化的30天內書面通知其他所有當事方。主導方在接到通知后30日內將有關變化通知其主管稅務機關。上款所述情況發生變化后60日內，應按規定調整重組業務的稅務處理。原交易各方應各自按原交易完成時資產和負債的公允價值計算重組業務的收益或損失，調整交易完成納稅年度的應納稅所得額及相應的資產和負債的計稅基礎，并向各自主管稅務機關申請調整交易完成納稅年度的企業所得稅年度申報表。若同一項重組業務涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度，當事各方在第一步交易完成時預計整個交易可以符合特殊性稅務處理條件，可以協商一致選擇特殊性稅務處理的，可在第一步交易完成后，適用特殊性稅務處理。主管稅務機關在審核有關資料后，符合條件的，可以暫認可適用特殊性稅務處理。第二年進行下一步交易后，應按本辦法要求，準備相關資料確認適用特殊性稅務處理。上述跨年度分步交易，若當事方在首個納稅年度不能預計整個交易是否符合特殊性稅務處理條件，應適用一般性稅務處理。在下一納稅年度全部交易完成后，適用特殊性稅務處理的，可以調整上一納稅年度的企業所得稅年度申報表，涉及多繳稅款的，各主管稅務機關應退稅，或抵繳當年應納稅款。
