一、農民專業合作社的稅收優惠政策
為了扶持、促進農民專業合作社的發展，國家出臺了一系列稅收優惠政策，具體如：
第一，對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。
第二，增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。
第三，對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。
第四，對農民專業合作社與本社成員簽訂的農業產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。
第五，其他符合政策可以比照享受的如：
（1）新《企業所得稅法》及其實施條例規定的稅率優惠是針對納稅人的，能否享受這些優惠稅率，企業應進行身份認定，“對號入座”。如符合條件的國家需要重點扶持的高新技術企業適用15%的稅率；符合條件的小型微利企業適用20%的稅率；而非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，可就其來源于中國境內的所得按10%的優惠稅率繳納企業所得稅。只要符合規定條件，“企業”便是優惠的對象，相應所得都按優惠稅率計稅。
（2）新《企業所得稅法》及其實施條例中突出了稅基優惠的項目，但并非直接針對“企業”，而是針對企業特定項目的“所得”或“收入”、“扣除”。如從事農、林、牧、漁業項目的所得，從事國家重點扶持的公共基礎設施項目投資經營的所得，從事符合條件的環境保護項目、節能節水項目的所得，符合條件的技術轉讓所得；符合規定的資源綜合利用收入，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，國債利息收入；符合條件的固定資產加速折舊，技術開發費等項目的加計扣除，等等。需注意的是，這種稅基式優惠是基于對特定產業、特定經營項目、特定行為給予的鼓勵、照顧和寬免，并非一個企業的全部所得均可減稅或免稅。也正因如此，企業同時從事適用不同企業所得稅待遇的項目時，應注意劃分不同項目的所得。例如，應區分國債利息收入與國債轉讓所得，區分股息性所得和資本利得。對于經營性項目所得，應正確而又合理地配比不同項目收入與扣除之間的關系。
（3）新《企業所得稅法》廢止了原稅法中的稅額式優惠，如新辦企業定期的減免稅政策，只給新稅法公布前批準設立的企業5年的稅收優惠過渡期，從而限制了一些企業通過重復設立新辦企業等手法進行避稅的行為。新《企業所得稅法》及其實施條例中保留的稅額式優惠集中于購置環境保護、節能節水、安全生產等專用設備，可按其投資額的10%抵免企業當年的應納稅額；當年不足抵免的，可以在以后5個納稅年度結轉抵免。企業購置的設備必須在規定目錄內，但不論是進口設備還是國產設備，在新舊政策接軌期間，企業應關注投資發生額所屬年度的具體界定標志——是簽訂合同日還是開票日？抑或是到貨日或報關日？另外，“投資額”所包括的范圍有多大？享受優惠時是否須向有關部門履行某種手續？這些具體政策也需要明確。
二、農民專業合作社存在的稅收業務
目前，在農民專業合作社的業務經營中，涉稅業務主要有：
第一，農民專業合作社存在與非成員的交易業務，這類業務的發生可能出現增值稅等流轉稅，但稅法對這類業務目前沒有給予免稅的規定。
第二，目前農民專業合作社的所得稅沒有法律依據可以全免，存在所得稅征繳的業務。
三、對農民專業合作社稅收政策及其核算的建議
第一，目前，由于尚未出臺針對農民專業合作社稅收業務的會計核算辦法，在實務中對類似相關業務的財稅處理會計人員常常感到無所適從，這不利于會計核算的準確和完整。
第二，所得稅業務的存在，會影響農民專業合作社盈余計算公式，應盡快出臺農民專業合作社稅收全免的優惠政策，特別是所得稅全免政策，或對現行的農民專業合作社會計核算辦法進行完善，補充稅收業務的核算辦法及盈余計算公式。J
