從2003年起，國家行政機關陸續實行會計集中核算制，這對規范財務核算方法，加強財政資金管理，提高財政資金使用效益，維護市場經濟秩序，從源頭遏制腐敗的產生具有積極的作用。但從近年來審計發現的問題看，有些深層次的問題仍未能得到解決，隱性問題有逐步擴大之勢，給審計工作的順利開展增加了難度。
一、利用虛開發票套取現金，設置賬外賬。實行會計集中核算后，一些單位為了本部門利益和發放職工福利，利用某些部門管理上的漏洞，以業務招待費、住宿費、會議費和購買茶葉、禮品、辦公用品等名義從稅務機關開具虛假業務支出發票報賬套取大量現金設置賬外賬，供少數人使用或發放國家政策之外的各種津補貼。
二、利用所屬二級單位和下級部門空轉資金，以虛假支出套取大量現金。由于會計核算中心的會計人員身兼數十個單位的會計核算任務，身居報賬單位之外，對各部門的業務情況不清楚，收入、支出和工作流程較為生疏。而且這些會計核算人員只管發票是不是稅務機關開的，只要是稅務機關開的都視為合規一路綠燈，管你給誰撥款，管你是什么用途都不過問，而下級部門所在地的財政統派統管辦公室只負責會計核算和記賬業務，至于資金如何使用，是否合規合法均不予理會，這就給那些撥款部門有了可乘之機。從近年來審計發現的類似問題看，有的部門將款撥到下面以后，派人直接從當地農村信用社提款，然后到國稅部門開幾份發票做賬，有的將款項又從下級部門匯入上級指定的儲蓄存折戶中，形成事實上的“小金庫”，供少數人使用或發放職工福利等，使國家財政資金打了水漂。
三、張冠李代 應付各種檢查，將專項資金以現金形式套取出來。當前，在很多地方出現一種怪現象，國家每年都在加大扶貧支持力度，資金越撥越多，但扶貧解困效果并不理想，收效甚微。特別是國債資金、以工代賑資金、財政科技扶貧資金到了實施單位以后，有的根本就沒有去實施新的項目計劃，而是在原老項目上進行修修補補，待上級有關部門來檢查驗收時將檢查組一行帶到早就完工的同類項目基地上走馬觀花一番，然后添油加醋的匯報政績，再到高級娛樂場所進行高檔消費，最后項目就通過驗收了。這些部門將此筆資金以項目開支的名義開具名種發票、領款單等予以報賬，套取不義之財。
四、以學習考察的名義行旅游觀光之實，揮霍國家之財。當前不少機關單位為了職工福利，在工資之外不能給職工另行發錢發物。就以學習考察的名義組織職工出去到有名勝古跡的城市去進行所謂的學習考察，少則二、三個城市，多則四至五個城市以上，有的單位部分人員連在外的門票費都用進餐發票予以報銷，更有甚者將家屬陪玩的費用也一并在單位報銷。
五、會計核算中心與單位財務管理脫節，缺少有力的監督體系?，F行會計核算中心人、財、物都隸屬于財政部門，而報賬單位財務管理、運行置于會計核算中心之外，使單位財務管理出現弱化現象。一是不利于單位領導及時掌握資金的使用情況，因會計核算中心不負責編制各部門月報表，所能提供的僅僅是一張簡單的資金收入、支出、結存的數據，且較為抽象和不具體，不便于分清款項的明細用途；二是單位固定資產管理與會計核算中心脫節，當前很多單位新購置了小轎車、電腦、辦公桌椅、沙發等高檔用品，同時也變賣了不少的固定資產。從審計發現的問題看，這些大額的固定資產購置大都未登記固定資產賬和資產卡片，出售資產也未登記減少固定資產賬，而是由會計核算中心列作經費支出，使單位資產游離于賬外，失去了對國家資產的有效監督。有的單位將固定資產變價收入不入賬，或開小收大，將此筆收入置于會計核算之外，造成國有資產流失.六、單位會計、出納取消后設置一名報賬員，失去有效制約和監督。從某種意義上講，會計核算中心的會計業務很大程度上依賴單位報賬員的審核和算術計算歸總，這樣報賬員就成為單位聯系會計核算中心的直接紐帶。但單位報賬員似出納又非出納，似會計又非會計，換言之就是會計與出納之職都集中于報賬員一身，可謂財權在握。從多數單位看，都是分管領導一人簽批核銷費用，所受的監督僅局限于分管領導一人，而單位領導又不可能事無具細樣樣都清楚，大都是聽報賬員匯報費用開支情況。由于缺少以前的會計、出納相互監督，按月對賬，日清月結的程序，讓少數思想素質不高的報賬員有了可乘之機。審計中已經發現有的報賬員模仿領導的簽名報銷費用，從中貪污公款等現象。
七、不利于審計機關實施有效的審計監督。審計機關在實施審計時，往往會遇到不少的困難和阻力，特別是對當年的審計難度更大一些。因會計核算中心不是每月都將總賬、明細賬打印成冊，而是要到年度終了后才一次性打印裝訂，在日常審計中查看某些數據必須要從電腦中將數據調出才能進行審計，而有的核算人員并不是每月都按時做賬、記賬并輸入有關數據，要查詢打印和采集數據都有一定的難度，給審計工作的順利開展帶來了不便。
針對以上所述問題，特提出以下對策和建議：
一是加強制度建設，制定一整套切實可行的內部管理制度。如《機關財務管理制度》、《財產物資領用登記制度》、《車輛管理辦法》、《報賬員崗位責任制》、《內部審計制度》以及成立職工民主理財小組等，明確單位財務收支的審批權限，報賬程序，擴大財務知情范圍，必要時可每月進行財務公開，接受職工監督。
二是加強對各部門預算編制和預算執行的監督。紀檢、監察、財政、審計機關要加強配合和協同辦案，加強對有財政專項資金單位的監督力度。特別是財政部門要加強對預算執行的監督，堅持按項目進度，項目質量撥款，不能將所有項目資金一次性全部撥給用款單位。特別是財政部門要根據審計機關通過審計后的審計報告結果對國家建設項目和專項資金項目的撥款，以達到相互監督，共同牽制的作用。
三是加強對會計核算中心會計人員的業務培訓，以適應會計集中核算各方面的要求。當前，各核算中心都面向社會招用了一大批年青人進入中心工作，這些人來自各個方面，缺少工作經驗和財務工作經歷，思想素質不齊，財務管理知識不全面，特別是對各種財經法規的作用知之甚少，給會計集中核算質量打了拆扣。這就需要財政部門加大對這些人員的知識培訓力度，主要是加強對《會計法》、《預算法》、《財政總預算會計制度》、《發票管理辦法》、《審計法》等法律法規的學習。加強會計核算中心自身建設，努力提高會計隊伍素質，使他們掌握更多的知識，努力提高會計核算能力和效果，最大限度地減少核銷違規使用財政資金的現象。
四是加大硬件投入，建立完整的計算機網絡系統。政府要加大對會計核算中心的硬件投資力度，使之建立統一的網絡系統，使會計核算中心與單位聯網，依托現代電子技術，開通即時查詢功能，實現資源共享。如財政撥款情況，單位可用財力狀況等都可通過遠程查詢；以方便報賬員隨時查詢單位賬目、經費開支明細情況等業務。
