《企業所得稅法實施條例》規定，企業為投資者或者職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規定的范圍和標準內，準予扣除。《關于補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》(財稅[2009]27號)規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5％標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。
一、補充養老保險費、補充醫療保險費的計算基數
補充養老保險、醫療保險以職工工資總額為基數，工資、薪金總額，國家稅務總局《關于企業工資、薪金及職工福利費扣除問題的通知》(國稅函[2009]3號)第二條規定，是指企業按照本通知第一條規定實際發放的工資、薪金總和，不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬于國有性質的企業，其工資、薪金不得超過政府有關部門給予的限定數額；超過部分不得計人企業工資、薪金總額，也不得在計算企業應納稅所得額時扣除。第一條規定，所謂合理工資、薪金，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制定的工資、薪金制度規定實際發放給員工的工資、薪金。因此，財稅[2009]27號文件中的工資總額應該等同于國稅函[2009]3號文件中的工資、薪金總額，其計算口徑應該與計算職工福利費支出、職工教育經費支出、工會經費支出所用的工資、薪金總額一樣，都是按企業實際發放的工資、薪金總額。國家稅務總局《關于(企業所得稅年度納稅申報表)的補充通知》(國稅函[2008]1081號)的“附表三《納稅調整項目明細表》填報說明”規定，“工資薪金支出”：第1列“賬載金額”，納稅人按照國家統一會計制度計人成本費用的職工工資、獎金、津貼和補貼填報；第2列“稅收金額”，納稅人按照稅收規定允許稅前扣除的工資、薪金填報。如第1列≥第2列，第1列減去第2列的差額填入第3列“調增金額”；如第1列<第2列，第2列減去第1列的差額填入第4列“調增金額”。
二、執行時間銜接涉稅問題
財稅[2009]27號的發布日期和執行起始日不同，要求從2008年1月1日執行，而該文件的發文日期是2009年6月2日，已過匯算清繳期。納稅人無法在匯算清繳時執行，只能在匯算清繳期過后再按規定重新計算2008年度稅款，根據《稅收征收管理法》第五十二條規定，因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但不得加收滯納金，因此，應該可以理解為不要加收滯納金。如果納稅人因財稅[2009]27號文件規定而涉及多繳稅款的，納稅人可以按規定向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息；如果納稅人因財稅[2009]27號文件規定而涉及補稅的，稅務機關可以要求納稅人補繳稅款，但不得加收滯納金。
三、企業為少數職工支付補充養老保險費、補充醫療保險費的扣除問題
企業只為少數職工支付補充養老保險費、補充醫療保險費，是否在計算應納稅所得額時準予扣除?根據財稅[2009]27號的規定，本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過“職ZZ資總額”5％標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。如果不是全體員工都參加補充保險，那么就不能使用職工工資總額作為扣除基數。
如，振興股份公司2009年為職工實際支付的工資、薪金總額為500萬元，均系合理的工資、薪金支出。該企業2009年按工資、薪金支出總額的7％為職工支付補充養老保險費、3％補充醫療保險費。即支付補充養老保險費35萬元，支付補充醫療保險費15萬元。按財稅[2009]27號文件規定，該公司在計算應納稅所得額時允許稅前扣除的補充養老保險費和補充醫療保險費限額均為25萬元(500×5％)。補充養老保險超標10萬元(35―25)，補充醫療保險不超標，可以扣除15萬元，因此，該公司2009年應調增應納稅所得額10萬元(35―25)，注意兩項分別在限額內扣除，不可合計使用。
四、補充養老保險費、補充醫療保險費的個人所得稅征收
依據《個人所得稅法》及財稅字[1997]144號文件規定：“企業和個人按照國家或地方政府規定的比例提取并向指定金融機構實際繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老保險金不計入個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規定的比例繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”國稅函[1999]615號批復中也明確：“對職工取得的補充養老保險金應全部計入發放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據現行的《個人所得稅法》規定，基本養老保險醫療保險可在稅前扣除，但是單位為您繳納的補充養老保險和補充醫療保險必須在稅后扣除。
五、補充養老保險費、補充醫療保險費的會計處理
準則從薪酬的本質出發規定了職工薪酬的核算范圍，因此補充養老保險、醫療保險是職工薪酬核算的范疇，在“應付職工薪酬”下可設“補充社會保險費”，補充養老保險、醫療保險不是工資總額的組成部分，只是以工資總額作為計算依據，并不是企業的人工費用，不屬于生產成本中的直接人工，所以應該作為期間費用，直接記人管理費用科目。由職工個人負擔的補充保險費，由企業代扣代繳，從職工工資中代扣時，借記“應付職工薪酬”，貸記“其他應付款――職工個人保險費”。
