財政部、國家稅務總局《關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅[2009]60號)就企業清算的范圍、內容、清算所得的計算等做了規定；隨后，國家稅務總局出臺了《關于印發(企業清算所得稅申報表>的通知》(國稅函[2009]388號)，該文是實體性文件，包括一個主表：企業清算所得稅申報表，3個附表：附表1(資產處置損益明細表)、附表2(負債清償損益明細表)、附表3(剩余財產計算和分配明細表)。從而形成完整的清算涉稅處理體系。
一、清算的條件
財稅[2009]60號文第二條規定：(1)按《公司法》、《企業破產法》等規定需要進行清算的企業；(2)企業重組中需要按清算處理的企業。
對于第一點按《公司法》、《企業破產法》等規定需要進行清算的主要包括以下幾種類型：(1)企業解散。合資、合作、聯營企業在經營期滿后，不再繼續經營而解散；合作企業的一方或多方違反合同、章程而提前終止合作關系解散。(2)企業破產。企業不能清償到期債務，或者企業法人已解散但未清算或者未清算完畢，資產不足以清償債務的，債權人或者依法負有清算責任的人向人民法院申請破產清算。因不能清償到期債務，并且資產不足以清償全部債務或者明顯缺乏清償能力的，企業也可以主動向人民法院申請破產清算。(3)其他原因清算。企業因自然災害、戰爭等不可抗力遭受損失，無法經營下去，應進行清算；企業因違法經營，造成環境污染或危害社會公眾利益。被停業、撤銷，應當進行清算。
對于第二點企業重組中需要按清算處理的，根據財政部、國家稅務總局《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅[2009]59號)的規定，主要包括以下三種情況：(1)企業由法人轉變為個人獨資企業、合伙企業等非法人組織，或將登記注冊地轉移至境外(包括港澳臺地區)，應進行企業所得稅清算。(2)不適用特殊性稅務處理的企業合并中，被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。(3)不適用特殊性稅務處理的企業分立中，被分立企業不再繼續存在時，被分立企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
二、清算期間的確定
企業只要進入清算，持續經營的假設將不復存在。企業清算期間已經不是企業正常的生產經營期間，正常的核算原則將不再適用，因而會計核算及應納稅所得額的計算也應終止持續經營假設。與告別持續經營前提相對應，企業清算時應以清算期間作為獨立納稅年度。財稅[2009]60號文件規定，企業應將整個清算期作為一個獨立的納稅年度計算清算所得。無論清算期間實際是長于12個月還是短于12個月都要視為一個納稅年度，以該期間為基準計算確定企業應納稅所得額。企業如果在年度中間終止經營，該年度終止經營前屬于正常生產經營年度，此后則屬于清算年度。
三、清算所得的確定
《企業所得稅法實施條例》明確，清算所得是指企業的全部資產可變現價值或者交易價格減去資產凈值、清算費用以及相關稅費等后的余額。企業清算的所得稅處理包括：(1)全部資產均應按可變現價值或交易價格，確認資產轉讓所得或損失；(2)確認債權清理、債務清償的所得或損失；(3)改變持續經營核算原則，對預提或待攤性質的費用進行處理；(4)依法彌補虧損，確定清算所得；(5)計算并繳納清算所得稅；(6)確定可向股東分配的剩余財產、應付股息等。對照財稅[2009]60號文，清算所得的計算公式如下：清算所得=企業的全部資產可變現價值或交易價格一資產的計稅基礎一清算費用一相關稅費+債務清償損益一彌補以前年度虧損。其中債務清償損益=債務的計稅基礎一債務的實際償還金額。正數為收益，負數為損失。公式中的相關稅費為企業在清算過程中發生的相關稅費，不包含企業以前年度欠稅。
四、清算所得應納所得稅額的確定
(1)公司層面。企業應就其清算期間形成的清算所得按企業所得稅的基本稅率計算繳納企業所得稅，計算公式為：清算所得應納所得稅額=清算所得×基本稅率(25％)。企業在計算出清算所得應納所得稅額后，應當按照稅法的規定。以清算期間為一個納稅年度，在辦理工商注銷登記之前，向稅務機關辦理所得稅申報。
(2)股東層面。企業全部資產的可變現價值或交易價格減去清算費用，職工的工資、社會保險費用和法定補償金，結清清算所得稅、以前年度欠稅等稅款，清償企業債務后的余額為可以向企業所有者分配的剩余財產。被清算企業的股東分得的剩余資產的金額，其中相當于被清算企業累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分，應確認為股息所得；剩余資產減去股息所得后的余額，超過或低于股東投資成本的部分，應確認為股東的投資轉讓所得或損失。被清算企業的股東從被清算企業分得的資產應按可變現價值或實際交易價格確定計稅基礎。
五、清算的注意事項
其一，企業重組清算時稅務處理按照新規定。財稅[2009]59號規定，企業重組的稅務處理區分不同條件分別適用一般性稅務處理和特殊性稅務處理。(1)企業債務重組一般性稅務處理：以非貨幣資產清償債務，應當分解為轉讓相關非貨幣性資產、按非貨幣性資產公允價值清償債務兩項業務，確認相關資產的所得或損失。發生債權轉股權的，應當分解為債務清償和股權投資兩項業務，確認有關債務清償所得或損失。債務人應當按照支付的債務清償額低于債務計稅基礎的差額，確認債務重組所得；債權人應當按照收到的債務清償額低于債權計稅基礎的差額，確認債務重組損失。債務人的相關所得稅納稅事項原則上保持不變。(2)符合條件的特殊性稅務處理。企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50％以上。可以在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。企業發生債權轉股權業務，對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業的其他相關所得稅事項保持不變。
其二，按時申報。納稅人在納稅年度中間破產或終止生產經營活動的。應自停止生產經營活動之日起30日內向主管稅務辦理企業所得稅申報，60日內辦理企業所得稅匯算清繳，并依法計算清算期間的企業所得稅，結清應交稅款。納稅人在納稅年度中間發生合并、分立的，依據稅法的規定合并、分立后其納稅人地位發生變化的，應在辦理變更稅務登記之前辦理企業所得稅申報，及時進行匯算清繳，并結清稅款；其納稅人地位不變的，納稅年度可以連續計算。
其三，清算業務不適用優惠稅率。納稅人清算期間不屬正常生產經營，其清算所得不能享受法定減免稅照顧。按照《企業所得稅法》，國家對重點扶持和鼓勵發展的產業項目給予的15％優惠稅率、對小型微利企業給予的20％優惠稅率，在清算完稅時要依照25％的稅率計算企業所得稅。
[例]某省振興有限公司成立于1999年9月，實收資本3900000
元，截至2008年12月31日，企業賬面未分配利潤為1284798.38元。2009年9月30日根據公司章程期滿，企業準備清算。2009年9月30日的資產負債情況如下：流動資產5779008.56元，非流動資產127155.98元，流動負債402849.64元，非流動負債為0，所有者權益5403314.90元(其中實收資本3900000元，本年利潤218516.52元，未分配利潤1284798.38元)。
一是經營期企業所得稅的計算及申報。股東同意企業提前解散的股東會決議簽署日期是2009年9月30日，并在當日成立清算組，則2009年1月1日～2009年9月30日為經營期未滿12個月的一個納稅年度。按規定進行經營期企業所得稅匯算清繳，2009年1～9月企業會計利潤總額為218516.52元(假設沒有其他納稅調整事項，企業所得稅率為25％)，企業應按規定進行該經營期的企業所得稅匯算清繳，并繳納企業所得稅54629.13元。
二是清算期企業所得稅的計算及申報。2009年10月1日為清算期開始之日，2009年12月20日申請稅務注銷，即清算期為2009年10月1日一2009年12月20日，截止日期為12月20日。
(1)資產可收回金額(或稱可變現金額)為5820518.09元。
(2)資產計稅基礎為5906164.54元(假設計稅基礎與賬面價值一致)。
(3)債務償還金額為190858.66元；假設負債計稅基礎與負債賬面價值一致，則：處理債務損益=402849.64-190858.66=211990.98(元)。
(4)清算費用合計50000元，清算過程中發生的相關稅費為17000元。
(5)清算所得=5820518.09-5906164.54-50000.00-17000.00+211990.98=59344.53(元)
需要繳納企業所得稅=59344.53×25％=14836.13(元)
三是股東取得剩余資產的涉稅事宜。企業全部資產的可變現價值或交易價格減去清算費用，職工的工資、社會保險費用和法定補償金，結清清算所得稅、以前年度欠稅等稅款，清償企業債務．按規定計算可以向所有者分配的剩余資產。
剩余資產=資產可收回金額一清算費用一相關稅費一債務償還金額=5820518.09―50000.00―17000.00―54629.13―190858.66=5508030.30(元)
累計未分配利潤和累計盈余公積(即股息所得)=1284798.38+218516.52+(59344.53-14836.13)=1547823.30(元)
剩余資產減去股息所得后的余額=5508030.30―1547823.30=3960207(元)
股東投資成本=3900000(元) 投資損失=3900000-3960207.00=-60207(元) 從以上計算可知，累計未分配利潤和累計盈余公積余額為1547823.30元，故股東應確認的股息所得為1547823.30元；剩余資產減去股息所得后的余額小于股東投資成本，故該股東應確認投資轉讓損失。條款時需慎重考慮該條件對股份稀釋的影響。
(五)所有權的連續性 該條件規定在重組后連續12個月內。取得股權支付的原主要股東不得轉讓所取得的股權。目前尚不清楚該條款的意圖，相反上述股東如提前處置股權，或許會構成對稅務機關有利的情形。另外，如果重組收購中的目標實體為上市公司，該條件在具體操作和監管中也可能會面臨一定的困難。
二、一般性與特殊性稅務處理規定比較
新重組及清算稅務條例對每種重組形式(除企業法律形式改變)均分為一般性和特殊性兩種稅務處理規定，其區別的關鍵在于重組交易中有關資產處置所得或損失(即公允價值與計稅基礎之差)的確認時點不同。
(一)計稅基礎的確定計稅基礎是指企業資產所有者在出售該資產時允許扣除的金額，這有別于用于財務報告目的的資產會計賬面價值。對于各類重組活動，新重組及清算稅務條例為轉讓方和受讓方明確了計稅基礎的計算方法。
(二)一般性稅務處理規定在一般性稅務處理下，重組后受讓方取得的資產需要按公允價值確認計稅基礎。因此，該資產在稅務上的折舊、攤銷、減值等也應在該計稅基礎上進行。同樣在將來處置這些資產時，上述計稅基礎可以從處置收入中減去。
(三)特殊性稅務處理規定在特殊性稅務處理下，除與非股權支付對應的資產轉讓所得或損失外，受讓方取得的資產的計稅基礎按重組前該資產由轉讓方持有時的計稅基礎計算(即歷史計稅基礎)。相應地，稅務上的折舊、攤銷、減值以及將來的處置所得或損失也都依據該歷史計稅基礎計算。即如果選擇適用特殊性稅務處理規定，則重組后受讓方對該資產的稅務折舊、攤銷或減值的稅前抵減額可能會小于按一般性稅務處理的結果；而未來處置該資產的應稅所得可能會比按一般性稅務處理的結果高。
(四)應稅所得或損失的確認時點及計算一般性稅務處理規定．應稅所得或損失需在交易時即予以確認。特殊性稅務處理規定，在特殊重組下，除了非股權支付金額對應的資產轉讓所得或損失以外。轉讓方的應稅所得或損失的確認可以遞延。相應地，投資者在決定交易的股權支付或非股權支付金額時需要考慮上述因素的影響。
(1)貨幣性補價(即非股權支付額)的稅務處理。新重組及清算稅務條例中的非股權支付額包括了現金、銀行存款、應收賬款、有價證券、存貨、固定資產、其他資產以及承擔債務等支付形式。特殊性稅務處理規定中，非股權支付額對應的資產轉讓所得或損失仍在重組交易日即按下列公式予以確認：[被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎]×(非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值)。
(2)可彌補的虧損及稅收事項的繼承。一般性稅務處理規定，對于合并或分立，可彌補的虧損不具有繼承性。特殊性稅務處理規定．被合并企業的可彌補虧損可由合并企業繼承，但受到金額限制。與某些國家按年計算限額的方法不同，其總體限額的計算公式如下：被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。被分立企業的可彌補虧損額可按轉讓資產的比例分配到分立企業中，由其繼續彌補，分配比例按“每家企業取得的資產價值÷原總資產價值”確定。被分立企業已分立出去資產相應的所得稅事項由分立企業承繼。一般性和特殊性稅務處理規定的區別。
三、可適用特殊性稅務處理規定的跨境重組
新重組及清算稅務條例允許下列跨境重組交易采用特殊性稅務處理規定：
(一)“境外一境外”模式非居民企業(境外企業A)向其100％直接控股的另一非居民企業(境外企業B)轉讓其擁有的居民企業(境內企業)股權，如符合下列條件，可以選擇特殊性稅務處理：(1)交易后境外企業B與交易前境外企業A的資本利得預提所得稅率相同。該規定是出于防止稅收協定濫用的考慮。(2)境外企業A在重組后的3年(含3年)內不得轉讓境外企業B的股權。如果上述交易中的境內企業系上市公司，則在實際監管操作中可能存在一定困難，因此有待稅務機關就這一方面作出進一步的明確或解釋。
(二)“境外一境內”模式非居民企業向與其具有100％直接控股關系的居民企業轉讓其擁有的另一居民企業股權。
(三)以資產或股權境外投資允許居民企業以其擁有的資產或股權向其100％直接控股的非居民子公司進行投資(如按照境外上市的要求)，該居民企業實現的資產或股權轉讓收益可以在10個納稅年度內均勻計人各年度應納稅所得額。
此外，還有財政部、國家稅務總局核準的其他情形。
四、債務重組
新重組及清算稅務條例同時涵蓋了改變法律形式及債務重組的稅務處理。債務重組的一般性及特殊性稅務處理規定亦有所不同。
(一)一般性稅務處理規定以非貨幣性資產清償債務的，應當分解為轉讓相關非貨幣性資產和債務清償兩項業務；發生債權轉股權的，應當分解為債務清償和股權投資兩項業務，并確認有關債務清償應稅所得，損失：債務人確認的債務重組所得=資產公允價值一債務計稅基礎；債權人確認的債務重組損失=資產公允價值，收取的現金一債務計稅基礎。
(二)特殊性稅務處理規定企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50％以上的，可以在5個納稅年度的期間平均計人各年度的應納稅所得額。發生債權轉股權的，暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎按原債權的計稅基礎確定。
企業發生重組交易并選擇適用特殊性稅務處理規定的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向稅務機關提交書面備案資料。如果未提交書面備案資料的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
