現代企業制度的建立，企業作為獨立的法人主體，在經營機制上發生了巨大變化，其管理模式也與傳統的企業管理有本質上的差異。內部審計作為企業管理的組成部分，其內在功能也隨之增強，傳統的主要以查錯糾錯為目的、以檢查復核為手段對經濟活動的結果予以監察、督促的基本監督職能已不能滿足管理的需要，現代管理還需要內審人員積極參與企業內部的經營決策，對單位的決策、計劃、方案的可行性，內部控制制度的健全性、有效性，經濟活動的效益性進行評價，這些都是現代內部審計作為管理工具所延伸出來的職能。內部審計的職能是隨著經濟發展及客觀環境的變化而發展變化。目前內審界對內部審計職能的觀點主要有兩種：一種是“單一職能論”，另一種是“多職能論”。持“單一職能論”者認為，無論是何種審計，它們只有一項職能，即經濟監督；持“多職能論”者認為，內審除監督這一基本職能外，還具有其他多種職能。筆者認為內審除了監督這一基本職能外，還具有管理、鑒證、評價、建設等幾項職能。
第一，內部審計的監督職能。監督是內部審計的基本職能。主要是指通過內部審計，監察和督促被審計單位的經濟活動在規定的范圍內、在正常的軌道上進行；監察和督促有關經濟責任者忠實地履行經濟責任，同時借以揭露違法違紀違規、稽查損失浪費，查明錯誤弊端，判斷管理缺陷和追究經濟責任等。內審工作的核心是通過審核檢查，查明被審計事項的真相，然后對照一定的標準，做出被審計單位經濟活動是否真實、合法、有效的結論。內部審計主要是針對集團下屬各經營單位(或者各利潤中心)的經濟活動進行監督，內審人員代表的是集團的利益，內審工作就是要在合法的前提下，最大程度的維護集團的利益。通過內部審計，能有效威懾被審計單位的違反內部規定的行為，維護集團的利益。
第二，內部審計的管理職能。隨著現代企業制度的建立和企業的發展，內部審計原來單單作為查錯糾錯、檢查復核的職能已經不能滿足企業管理的需要，更重要的是通過對大量的個體審計，一方面找出問題的規律性，從機制上、制度上分析原因，提出完善的意見和建議，服務宏觀決策；另一方面針對每個單位存在的問題，分析原因，提出改進意見，服務微觀管理。它既是企業經濟運行的監督部門，還是各級經營單位的參謀助手，逐漸延伸作為管理的一種工具，成為企業管理不可或缺的組成部分。在每次內部經濟效益審計的審計報告中，都要對被審計單位的經營情況、財務狀況作詳細的分析，將每期的經營結果及財務數據與歷史數據進行對比。看起來似乎與各經營單位財務部門的財務分析有重復之嫌。經營單位財務部門自己的財務分析也是財務管理的一種工具，但實際上由于內審人員與下屬單位財務人員站位的不同，其分析的結果也是不同的。下屬單位的財務分析中在談及經營成果下降的原因時，多會從外部環境中需求開脫，會認為是經濟環境造成業務量下降或其他等等因素造成，有兩個原因：一是為了免責；二是由于身在其中，本身并沒有找到內部管理的真正缺陷。而內審人員除了分析外部環境，更著重挖出內部控制中執行不力的地方。
第三，內部審計的鑒證職能。審計的經濟鑒證職能，是指審計機構和審計人員對被審計單位會計報表及其他經濟資料進行檢查和驗證，確定其財務狀況和經營成果是否真實、公允、合法、合規，并出具書面證明，以便為審計的授權人或委托人提供確切的信息，并取信于社會公眾的一種職能。內審的這一職能與外部審計基本上沒有區別，只是外部審計多為向外部信息使用者提供鑒證，而內部審計是向內部信息使用者提供鑒證。內審的鑒證職能，包括鑒定和證明兩個方面。集團對下屬單位的經濟效益審計，對各經營單位負責人的離任審計，都具有這一職能特性，這種職能比較容易理解，在此不作詳解。
第四，內部審計的評價職能。內審的評價職能應該是服務職能的一種，包括經營成果評價、財務管理評價、項目評價(評審)等，在資本市場日趨發達的今天，內審的項目評價職能尤顯重要，特別是在很多投資型的集團企業中，審計機構又是項目評價中心，這其實體現了內部審計事前審計的功能。
第五，內部審計的建設職能。內部審計的建設職能仍然屬于服務型職能，包括幫助被審企業建設流程、改造流程、建設內控制度等。內審的建設職能是從外部審計的建設職能逐漸轉移過來的，在二十世紀中后期，隨著企業管理和市場競爭的需要，咨詢業務迅猛發展，在很多知名的中介審計機構(例如普華永道、安達信等)的業務中占據越來越大的比重，而這些中介機構的咨詢業務實際上就形成了審計的建設職能，從傳統的對企業經濟活動的真實性、合法性的審計，到后來的全面業務流程審計及改造，提出合理的管理建議書等。但中介機構在為各企業進行流程改造及內控制度的建設時，也遇到了一些阻礙，因為一些企業的業務流程復雜，需要較完善的內控，中介人員即使要詳細全面了解都要花費大量時間，同時需要與企業各級人員進行大量的溝通，因此往往企業花費高額的費用聘請中介機構，卻并未帶來理想的效果。而隨著一些大型企業集團逐步完善內部審計機構的設置，不斷充實內部審計人員隊伍，體會到了內部審計給企業帶來的管理上的幫助，同時由于內部審計人員屬于企業的專職人員，具有了解整個企業的具體情況，有足夠的時間，與同事容易溝通等優點，這些企業改聘請中介機構為委托內部審計機構對企業進行流程建設、改造及內控制度建設，這樣，內部審計的建設職能也就逐步發展起來。
