一、入世以來中國海關法律制度與WTO多邊貿易體系及其規則的接軌
（一）海關職能與管理思想的轉變
時至今日，海關仍然是一國最重要的進出境管理機關，其管理帶有強烈的國家主權色彩。當界定一國關境的時候，通常也將其解釋為一國海關法實施的區域或范圍。因此，傳統的海關管理十分強調本國的經濟主權與關稅政策也就不足為奇。另外，傳統的海關進出境管理，主要也是口岸清關的指導思想。由于深受關卡概念的拘囿，同時信息技術也不夠發達，所有工作都圍繞在口岸和現場，基于紙本單證開展進行。但隨著國際貿易數量以及復雜程度的增加，海關資源難免日益捉襟見肘。
全球化以及關貿總協定與世界貿易組織對中國海關管理思想的重大影響之一就是向貿易便利化的轉變。信息技術的廣泛應用，也為各國海關實施網上申報和聯網監管等創造了條件。各國政府意識到海關既有管理的一面，也有服務的一面，且后者作為衡量一國或一個地區投資軟環境的重要指標，是當地招商引資和提升競爭力的重要一環。
21世紀伊始，隨著9.11事件和國際服務貿易 、技術貿易的迅猛發展，貿易安全有了新的內涵。除了查緝槍支彈藥、毒品走私，反恐、打擊金融犯罪，保護知識產權等也逐漸成為海關維護貿易安全應有之義的一部分。
在此背景下，中國海關提出了“依法行政，為國把關；服務經濟，促進發展”的指導方針，其實質正體現了世界海關組織“維護貿易安全與促進貿易便利化”的現代海關管理理念。
（二）“風險管理”理念的引入
風險管理是從商業領域借用的一個概念。根據布萊克法律詞典，所謂“風險管理”（Risk Management ），是指用來盡量減少意外損失的流程或系統，尤其適用于商業領域。面對日益增長和復雜的國際貿易形勢，各國海關意識到只有實行風險管理，才能解決既簡化監管流程，又保證貿易安全的矛盾。
中國海關實施的企業分類管理制度就是一個重大突破。另外，在H2000通關管理系統中設置的各種參數和風險提示也是風險管理的重要表現。
（三）強化知識產權海關邊境保護
中國海關不斷強化邊境知識產權保護，既是我國切實履行TRIPs協定項下義務的表現，也部分回應了歐美各國跨國公司關于商標和專利等品牌保護的呼聲。
法律法規方面，不僅再次修訂了《海關知識產權保護條例》，海關實施細則和總擔保等制度也陸續出臺。更重要的是，知識產權保護意識已逐漸深入一線口岸海關關員，由海關發現的邊境知識產權侵權案件一直占相當大的比例。
二、后金融危機時代海關法律制度的進一步完善
（一）重視對跨國公司的的扶持與管理
風險管理理念強調對管理對象與服務對象的了解和區分。廣義上，任何關系都可以理解為一種斗爭。因此《孫子兵法》曰：“知己知彼，百戰不殆”。解讀海關與商界的合作伙伴關系，無論從管理者與相對方的角度看，還是從服務者與客戶的關系出發，海關都離不開對企業，特別是國際貿易的主要參與者 — 跨國公司的了解與認識。
由于追求長遠的發展，跨國公司一般不尋求投機取巧或偷工減料，反之，守法與穩健是其一貫作風，保持和提高行業競爭力、穩固和擴大銷售市場才是其經營管理的終極目標。基于此，跨國公司的采購與銷售更加強調產品質量與客戶滿意，簡而言之，可概況為多快好省，即：品種多、供貨快、質量好、價格省。換言之，在海關通關的過程中，在守法合規的前提下，跨國公司既重視通關成本，又關注通關效率。而在通關成本與通關效率存在沖突，不可兼得的情況下，通常跨國公司不惜成本以保證效率。相比而言，中小企業往往對影響通關成本的因素有著更高的敏感度。
（二）細化企業分類
風險管理的基礎在于建立健全企業進出口檔案。正如有效的營銷策略首先來自精準的客戶調查與分析，海關風險管理離不開企業數據庫的完善與有用信息的挖掘利用。
海關數據庫不應滿足和止步于區分自理報關與代理報關，經營單位與收貨單位，產品大類的進出口總額，以及普遍適用的查驗率等。企業分類管理還應進一步細分目標群。例如，從進出口統計的立場，只統計經營單位，而不統計收貨單位可避免重復計算。但從風險分析的角度看，收貨單位的有關信息有時比經營單位的進出口統計更有價值。在鎖定最終貨物收貨人的基礎上，可進一步區分企業規模，將其分為中小企業與跨國公司，并進而區分企業類型，如貿易型、生產型、研發型等。
（三）區別風險種類，實施差異化管理
如上所述，不同種類的企業在通關過程中有不同的價值偏好。海關風險管理如可因勢利導，則可事半功倍，實現雙贏。例如，跨國公司一般“不差錢”，對于通關過程中出現的有關爭議，多采用憑保放行、事后處置的做法，可收到較好的效果；又如，不同企業的查驗率，可實行動態的管理。即每期的查驗結果應與上期進行比較分析，如情況好于上期，則其后每期該企業的查驗率應保持下降的趨勢，不應再與其他企業“機會均等”。原因很簡單，形式的平等有時并不意外著實質的公平，而且可能導致海關本就緊張的查驗資源的浪費。
企業分類管理的指標也不宜搞“一刀切”。以企業分類中的“報關差錯率”為例，生產型的企業由于是量產，原材料和產成品種類相對固定，盡管進出口票數多，但報關出錯的幾率較小。比較而言，研發型的企業則相反，進出口票數少，存疑或易出錯的申報要素時有發生。因此，僅就5%的“報關差錯率”而言，與生產型的跨國公司相比，研發型的跨國公司即使升為A類企業，也更加容易降回B類。
（四）海關估價應體現“全球化”并應符合“通用的會計準則”
試舉一例。多數跨國公司在中國開展加工貿易的特點是：全球采購、境外結算、國內代工。由于涉及到供應商（Supplier）、品牌制造商（OEM）與代工廠（ODM）等三方，物流與資金流也形成復雜的三角關系（見下表）。
特別是當供應商與代工廠分別位于兩個不同的海關特殊監管區A與B，品牌制造商位于境外。從表面上看，原材料或半成品由A運往B。根據現有的海關轉關運輸制度，轉出轉入雙方單價應一致。但實際上，A運出的單價取決于供應商與品牌制造商之間的成交價，B運進的單價則源于品牌制造商與其代工廠之間的協議價格，從A轉出的價格與轉入B的價格沒有必然的聯系。強行要求二者保持一致，不符合全球化背景下物流與資金流不一致的實際情況。
關于通用的會計準則。海關的減免稅設備管理辦法對飛機、船舶和設備等的折舊規定了固定的年限，應該說體現了一定的會計準則，雖與企業實際財務折舊相比，不盡準確，但具有方便計算與執行的優點。實踐中，企業反映良好。
相反，現有的設備退運制度，要求單價按照進口金額原值申報，則與實際折舊情況相差甚遠，導致企業為了設備退運出境而不得不另外制備與實際財務折舊完全不同的形式發票，使得海關單證無法體現退運設備真實的殘值，從而失去了發票作為報關依據的意義。
（五）海關現場執法應增強“透明度”，重視“程序法”
透明度方面，由于法律規定本身具有滯后性，實踐中難免出現許多“新情況”和“特殊情況”。對此，現場海關與企業大量使用《情況說明》，作為海關審批的依據。《情況說明》有其靈活的一面，但也存在海關內部審批，企業無從知曉與監督的缺點，且往往一事一議，不具有“案例法”的參考價值。
鑒于此，如果現場海關的每份《情況說明》都能編排“案件號”，方便相關部門事后定期系統地收集各個現場海關的歷史紀錄和執行情況，并加以整理，分門別類，則必將發現有些原有規定的不足或現有規定之間的矛盾，這就為海關法制部門提供了詳實的第一手資料，便于其對現有規定進行細化、修改或完善，最終使得某一地區的新生事物或特殊情況不再是無法可依，相應地，今后類似情況在其他地區，對于別的企業也將成為可預見的“明文規定”，從而真正實現海關政策法規的透明度對促進貿易便利化的意義。
程序法的主要問題是關于事實認定。眾所周知，我國的行政法，特別是海關法和稅法，與國外相關部門法相比，存在法律法規少，部門規章多，許多文件規定不夠具體，部分文件規定之間存在矛盾的情況。這意味著，實踐中有許多“特殊情況”企業與現場海關均無法找到執行的依據，且前期的溝通大多是企業拜訪與口頭咨詢，且有時須層層重復匯報，數個部門交替進行，浪費了企業與海關雙方大量的時間。
在此，可參考法院訴訟程序中有關事實認定的程序，即有關事實認定盡量在第一個受理環節做到詳盡完整，并以書證為主，以便后續相關部門流轉審閱。另外，可考慮允許企業在某些環節適當使用電子郵件的方式，既使溝通更加便捷，又使雙方的流轉記錄和進度在日后可一目了然。
