近年來，隨著我國高等教育事業的迅速發展，高校作為科學研究的重要力量，越來越多地參與到各個領域的科學研究活動中，所承擔的科研項目和籌措的科研經費均大幅增長，科研經費占學校收入的比重逐年遞增。國家、社會、企業對高校科研工作給予了高度的關注，這對高校的科研經費管理工作提出了新的挑戰。從近年來審計、檢查的情況看，絕大部分高校根據財政部、教育部等部門的要求，對科研經費加強管理，合理使用，保證了科研項目的順利實施。但由于部分高校缺乏完善有效的科研經費管理制度，在科研經費管理和使用過程中仍然存在一些問題，影響了正常的科研工作。因此，如何切實加強科研經費管理，提高科研經費使用效益，保證科研項目的順利實施和科研工作的健康發展，已成為當前高校發展過程中急需解決的問題。
1 高校科研經費管理中存在的主要問題
1.１ 高校科研項目管理與經費管理脫節
目前大多數高校對科研工作的管理模式是科研部門負責項目管理，財務部門負責經費管理。科研部門注重于爭取項目或提取管理費，對科研經費的使用情況及效益性缺乏足夠的重視，而財務部門對科研經費的籌集和運用缺乏綜合管理和有效監督，這樣的科研經費管理模式容易造成項目管理與經費管理脫節，因此很難對其實施行之有效的管理和控制。在實際工作中，科研部門往往只重視科研項目的數量和規模，一些高校為了調動教職工的科研積極性，同時為了防止因高校經費管理辦法的差異而導致科研經費外流，在國家沒有專門宏觀指導性較強的統一的科研經費管理制度下，制定了一些較為寬松的校內科研經費管理辦法。學校在科研經費到賬后，一般只提取少量的管理費，對科研經費的使用情況及效益性缺乏足夠的重視，而學校財務部門只履行簡單的報銷手續，對科研經費的籌集和運用全過程缺乏綜合管理和有效監督，從而造成了課題組負責人使用科研經費的過程缺乏有效監管與控制，使科研經費支出存在較大的無序性和隨意性。
1.２ 高校科研經費管理預算不完善
在編制科研項目經費預算時，由于各科研項目所研究的領域不同且有其各自的特殊性，以及科研項目的不可預見性及復雜性，要編制準確、可行的項目預算，難度往往很大。項目負責人在編制預算時，沒有財務人員的參與，由于缺乏財務預算的編制知識，僅憑經驗估計，很少對項目預算進行科學合理的研究，導致經費到賬后很難按預算執行。由于財務部門對科研項目的實施過程不熟悉，也就難以監督科研經費的預算執行情況，預算形同虛設，缺乏應有的制約力。
1.３ 高校科研經費成本核算與實際支出不相符
一直以來，高校科研項目經費的成本核算管理較為薄弱。對科研項目中的各項成本要素支出不能進行準確、科學的核算。目前科研經費中的成本核算，實際上也僅是核算經費是否用完，至于經費的去向是否與科研有關，科研部門對此一般不予過問，財務部門也只是記流水賬而已，通過對科研項目的投入與產出進行考核評價科研經費的經濟效益更是無從談起。結果是科研經費的支出不合理、支出私有化成了普遍現象。在經費使用過程中，一些間接費用如水電費、實驗儀器設備使用費、科研人員工資與獎金的核算不能據實分攤，大部分高校從沒將這些間接費用計入科研項目成本進行核算，而是直接在教育事業費中支出，造成了科研項目研究成本不實，影響了科研項目成本核算的準確性和全面性，并在某種意義上也增加了事業支出的壓力。
1.４ 高校科研經費購置的固定資產管理不規范
目前，大多數高校在科研經費管理體制上實行的是課題組負責制，課題組購置的科研儀器設備和圖書資料大多由課題組負責人保管使用，在科研人員工作調動和崗位調動時，有的沒有辦理嚴格的資產交接手續，物隨人走。有的將固定資產化整為零，把固定資產拆分成材料開具多張發票，從而造成國有資產嚴重流失。有的固定資產配置不合理，個別部門資產重復購置，個別部門高價購買的設備實驗完成后便長期閑置無人問津。此外，高校對科研項目形成的專利技術、非專利技術、版權、軟件等自創的無形資產尚未建立有效的管理制度。科研管理部門只對部分專利進行記載，沒有對全部的無形資產進行管理，學校沒有將科研成果、專利技術等無形資產入賬管理，其價值的確認沒有規范處理，造成浪費和流失。
1.５ 高校科研經費使用過程中的隨意性
很多高校為鼓勵教師申報課題，疏于對科研經費的管理，認為科研經費是科研人員自己爭取的，項目負責人花自己的錢，只要教師能為學校爭取到課題項目，經費放松點也行，進而造成了對課題負責人使用科研經費的過程缺乏有效的監督與控制。因此出現了經費使用上的無序性和隨意性。課題組負責人或課題組成員無論買什么東西，只要課題組負責人簽字在科研經費中報銷就沒問題。如將與課題無關的通訊費、交通費、旅游費甚至公關用的禮品及禮金等通過變通辦法都可在科研費中列支，變相地將科研經費轉為個人財產。
1.６ 高校科研經費存在結題不結賬現象
目前，科研經費結題不結賬現象在各高校中較為普遍，大部分課題組在科研項目開展時，科研項目的費用支出盡可能不在科研經費中開支，想辦法爭取經費節余，將剩余的資金長期掛在賬上用于不屬于該課題的其他支出，使得學校無法及時完成項目經費決算，造成年終會計報表未完成科研項目經費太多，會計報表數據不準確，不能真實地反映學校的實際情況。對已完成的科研項目，在驗收時往往只注重技術和成果的驗收，卻很少顧及經費使用的績效考評。
