所謂農村審計就是對農村財務代理中心和村級的財務收支及各種專項資金進行檢查、監督的活動。農村審計是一種新型的審計，盡管現階段我國《審計法》對農村一級審計尚未規范，但從發展趨勢看，一定會加強農村審計的發展。就其性質分析，因為它既不單純是國家審計，又不單純是社會審計或內部審計，而將其設立在國家機關它則是國家審計，設立在部門或單位它則是內部審計，面向社會它就是社會審計，因而它是一種新型的審計類型。而新農村建設專項資金審計就是在這種新型審計的基礎上提出來的。
1新農村建設專項資金審計存在的問題
1.1 新農村建設專項資金審計的基礎環境較差
一是農村財會基礎薄弱。雖然某些地市大力推行會計委托代理制，會計的基礎有了很大提高，但一些措施還有待完善，農村會計、統計工作不規范，會計資料不全、賬目混亂等現象仍然存在，農村經營管理部門無法按其提供的會計資料進行全面審計，審計的準確性、真實性、完整性沒有保證。二是對農村審計的認識度較低，缺乏廣大群眾和各部門的支持與配合。
1.2 新農村建設專項資金審計立法工作滯后
我國的審計組織體系不包括農村審計，農村審計是人們按審計所處的地域來稱謂的，是自發建立起來的。目前國家對農村審計尚未立法，農村審計的性質至今尚未明確，對其歸屬也沒有規定，因此，沒有一個權威機構對農村審計機構的設置、人員的合理配備提出統一的要求，也沒有對農村審計人員專業知識的提高有計劃地進行培訓，更沒有對開展的農村審計工作進行規范化的指導與管理。
1.3 專業審計人員缺乏，綜合素質不高
專業審計人員缺乏，知識結構單一，綜合素質不高，直接影響審計效能，給審計工作也帶來一定的難度。目前鄉鎮審計人員兼職的多，審計人員調動頻繁。審計人員平時都分散于紀檢、財務等工作崗位，需要時由鄉鎮領導調配組成審計組，審計工作具有明顯的臨時性和被動性。現在農村審計人員中，缺少懂業務、懂微機、懂經濟、懂管理、懂法律的綜合型人才。微觀審計人員多，宏觀審計人員少，文化素質參差不齊。
1.4 新農村建設中審計工作手段不適應工作需要
農村審計人員由于受到審計工作實踐經驗、審計業務水平以及審計工作時間等方面的限制，所采用的審計工作手段簡單，不能適應審計工作的需要。在新農村建設審計過程中，審計人員往往只簡單地采用審閱法，注重閱讀和審查會計憑證、賬簿、報表，以及有關文件、預算或合同、管理制度等，而忽視了結合采用外調、查詢法、復核法、核對法等其他手段進行審計，使新農村建設審計工作達不到預期的審計效果。
2針對新農村建設中專項資金審計問題的解決措施
2.1 營造良好的專項資金審計環境
一是要充分利用電視、廣播、報紙等宣傳媒介宣傳農村審計的知識、作用、意義，讓社會各界認識、了解、支持農村審計工作。二是要大力推行農村會計委托代理制，進一步健全各項管理制度，提高財會人員素質，規范農村財務行為，為農村審計提供準確、真實、完整的會計資料，保證審計質量。
2.2 制定統一的新農村建設專項資金審計法律法規
將新農村建設審計納入國家審計監督的范疇，制定統一的新農村建設審計法律法規，對審計對象、職責、范圍、程序和法律責任等做出統一規定，規范審計執法程序和審計處理依據。特別是對審計主體和客體作出具體規定：明確審計在各級審計機構指導下由農業行政主管部門負責實施；審計的客體是協助鄉鎮人民政府或根據《村民委員會組織法》行使村級事務管理的村民委員會而不是其他經濟組織，保證審計主客體的規范性和嚴肅性。
2.3 不斷創新為新農村建設專項資金審計服務的新途徑
要根據新農村建設專項資金的走向和現行的“鄉財縣管、村財鄉管”財政管理體制，延伸審計和審計調查鄉村財務，揭示和預防基層農村組織在涉農資金管理和使用中存在的問題。要加強審計結果的宣傳和公告，充分利用審計信息、審計結果公告以及新聞媒體等，對認真落實新農村建設各項政策措施的地方和單位予以肯定和反映，宣傳推廣典型經驗和做法。
2.4 全面加強審計隊伍建設
審計人員是審計活動的執行者，是影響審計質量的根本因素。只有提高審計人員素質，才能有高質量的審計項目。因此，降低風險，提高質量，與審計隊伍的素質水平息息相關。一要加大業務培訓，不斷提高審計干部業務素質和技術水平。二要繼續加強審計干部的廉政建設，做到客觀公正。三要改進審計機關內部激勵機制，將審計質量納入內部考核體系并建立相應的激勵機制，將工作質量與獎懲掛鉤，這樣才能調動審計人員的積極性。四要加強審計文化建設，全面提高審計人員的思想道德水平和敬業精神，為審計質量的提高創造良好的人文環境。
