由財政部、衛生部于1998年11月17日聯合制定發布，并于1999年1月1日起正式實施的《醫院會計制度》（以下簡稱舊制度）施行了將近十三年，在當時的經濟條件下對我國公立醫院的經濟發展起到了一定的作用，規范了公立醫院的會計核算行為，加強了公立醫院的財務管理。但是，隨著我國市場經濟的快速發展和醫療衛生管理體制的不斷深化改革，舊制度漸漸難以滿足新形勢下推進公立醫院改革、加強公立醫院成本與績效管理的要求。因此，財政部于2010年12月31日制定發布了新的《醫院會計制度》（以下簡稱新制度），并規定于2011年7月1日起在公立醫院改革國家聯系試點城市施行，自2012年1月1日起在全國施行，舊制度同時廢止。新制度更加全面地體現了公立醫院的特點，對加強公立醫院成本核算、推行績效考核有著重大的意義。新制度到底新在哪里呢？
一、新制度大大提升了權責發生制的應用
由于受《事業單位會計準則》的限制，長期以來公立醫院會計實際上未能很好地采用權責發生制記賬基礎，新制度明確提出了完全采用權責發生制（僅財政補助收支例外）。這一修訂加強了公立醫院的獨立個體經營意識，起到了落實醫改意見、強化預算約束的效果，促進了收入、費用的合理核算，滿足了我國預算管理和財務成本管理的需要。
二、新制度明確了會計要素
盡管舊制度并沒有明文規定公立醫院的會計要素，但事實上是依照《事業單位會計準則》將資產、負債、凈資產、收入和支出等事業單位會計要素視為公立醫院會計要素的。而新制度明確指出公立醫院會計要素為資產、負債、凈資產、收入和費用。可見，原來的支出要素在新制度中由費用要素取代，這一改變肯定了醫院會計核算不僅有取得收入的事實，也有確認計量成本費用的需要。費用要素下新增的成本費用科目，使得相關的成本費用得以準確反映。比如管理費用，新制度下公立醫院的管理費用不再分攤至醫療或藥品支出中，而是單獨列示，這就能在報表上直觀的體現出醫院的管理水平和能力，改善了以往舊制度下無法對醫院管理費用進行衡量和定性的情況。
三、新制度健全了會計科目體系
新制度通過新增、廢除、合并、拆分、改變名稱或核算內容等方式，將會計科目從原來的43個更新為52個，同時完善健全了對應的確認條件、計量屬性和計價方法等。這規范了公立醫院各項資產、負債、凈資產
、收入和費用的核算與管理，更加符合公立醫院對交易或事項進行核算的需要，建立起了一套更加完備的公立醫院會計核算科目體系。比如說，在新制度中為醫院對外投資設置了“短期投資”、“長期投資”和“其他收入——投資收益”科目，其中長、短期投資的會計處理與企業對外投資類似，更加適應市場經濟環境，且醫院對外投資實現的投資凈收益單設其他收入的投資收益明細科目進行核算，有利于社會公眾了解公立醫院的收入組成，對醫院管理班子進行合理有效的監督。
四、新制度建立了醫療成本核算體系
(一)完善了醫療成本的歸集與核算
新制度引入了全成本核算理念，完善了成本歸集核算體系，實現了成本控制的目標。新增的“醫療業務成本”科目核算醫院開展醫療服務及其輔助活動發生的各項費用，包括人員經費、耗用的藥品及衛生材料費、自有資金形成的固定資產折舊費和無形資產攤銷費、提取醫療風險基金和其他費用等內容，并按照這些內容及歸屬的具體科室進行明細核算。新制度不僅明確成本的一級明細科目內容，而且強調以科室為對象，歸集直接成本進行明細核算，由此按照成本核算對象、范圍、口徑、方法等設置了一整套合理的體系；同時對成本進行事前控制，以提高醫院的資金使用效率，這也為醫院的會計核算和管理提出了更高的要求。此外，新制度還要求醫院財務報告中的醫院財務情況說明書至少應當對醫院的成本核算及控制情況作出說明并附有成本報表。
(二)真實反映了醫藥成本
舊制度區分醫療、藥品收支，對“藥品”采用售價核算。新制度廢除了“藥品收入”、“藥品支出”科目，改由“醫療收入”、“醫療業務成本”科目分別核算，結束了會計賬目上“藥品收支”的假象，使會計科目提供的會計核算資料更能真實反映醫院業務收支的實際情況，且在核算方面也更加簡潔明了；同時，廢除“藥品”科目，改用“庫存物資”科目核算，且計入“庫存物資”的藥品改為進價核算，廢除了“藥品進銷差價”科目，這一改變摧毀了“以藥養醫”機制，可以更加直觀地反映藥品的來龍去脈，符合現行醫改的要求。
(三)結合補償機制改變了固定資產折舊模式
舊制度對固定資產不計提折舊，新制度打破了原有思維，區分不同的資金來源進行折舊會計處理：使用財政補助資金購入固定資產分期計提折舊費計入“待沖基金”科目；使用自有資金購入固定資產分期計提折舊費計入“醫療業務成本”科目。這一改變促進了醫療成本核算范圍的進一步完善，更加準確地反映了醫療成本與醫療收入之間的配比關系，有效地夯實了醫療成本數據基礎；并且更好地體現了醫院的補償機制，有利于公立醫院按照預算管理要求對財政項目收支及結余進行核算。
1、使用財政補助資金購入固定資產有關分錄
購入時：
借：固定資產/在建工程
貸：待沖基金
借：財政項目補助支出
貸：財政補助收入
各期計提折舊時：
借：待沖基金
貸：累計折舊
2、使用自有資金購入固定資產有關分錄
購入時：
借：固定資產/在建工程
貸：銀行存款
