目前，我國正在展開以政府采購、國庫集中支付、部門預算等為核心的財政管理制度改革，因此對財政事業單位的財務管理和會計核算提出了更高的要求。但是對于這種新的變化，很多行政事業單位還沒有適應，對本單位的財務管理工作重視程度不夠，在實際管理工作中仍然存在諸多薄弱環節。
一、 我國行政事業單位財政管理問題的產生根源
(一)對財務管理職能認識不到位
目前，我國各級行政單位由于受到傳統計劃經濟以及“路徑依賴”的影響，在不同程度上存在對財務管理職能認識不到位的問題，某些行政單位甚至將財務管理同會計核算混為一談，根本沒有真正領悟財務管理的內涵。
(二)財務管理粗放
由于我國目前正處在經濟轉型的關鍵時期，國家的財政撥款是各級行政事業單位資金的主要來源，因此，不可避免的會出現一些財務管理制度不完善、財務管理模式粗放和財政資金浪費嚴重的問題。
(三)財務管理模式落后
當前我國大部分行政事業單位的財務管理模式還是受資金供給制度的影響，沒有真正跳出“記賬、報賬、算賬”的圈子，這樣就不可能將財務管理中的各項職能進行完全發揮。
二、 我國行政事業單位財務管理存在的問題
(一)在思想上對行政事業單位財務管理不重視
一些行政事業單位領導財務管理意識薄弱，對財務管理的重視程度不夠，多數單位領導只是重視政績，重視業務和行政部門的工作，從而忽略了財務工作。甚至一些行政單位的領導根本就不懂我國的財經法律法規，不懂財務知識，因此認為財務管理工作者就是充當單位付款人的角色，在財務管理方面存在許多問題，沒有真正發揮財務管理工作應有的監控和輔助決策功能。另外，部分行政事業單位的財務管理工作者和領導缺乏對財務管理工作的創新意識。對行政事業單位的財務管理工作程度不深，只是停留在表層上，并且對其理論掌握不夠，業務能力相對較低，沒有將行政事業單位財務管理工作提上議事日程，沒有對其加以探索和研究，從而致使財務管理工作和行政事業單位業務活動出現嚴重脫節。
(二)行政事業單位財務管理體制不完善
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國行政事業單位財務管理體制不夠完善，主要存在三個方面的問題：第一，專項資金管理體制存在問題，當前，我國專項資金管理體制方面存在一定問題，從而加大了財政負擔，影響了財政資金的使用效率，并且將財政的宏觀控制能力進行了削弱；第二，預算外資金方面存在一些問題，從而出現預算外資金松而內資金緊的問題；第三，行政事業單位財務管理體制不完善導致社會分配不公和分配主體多元化，從而誘發了腐敗現象的發生。實際上，預算外資金的產生是政府對部門和地方的放權讓利行為。對各個部門放權，致使原來由財政部門掌握的分配權力逐步下放到各個主管部門當中。在攀比效應和利益機制的誘惑下，某些部門開始努力尋找預算外的財源，因此“三亂”行為得到了進一步的蔓延。
(三)監督機制不到位
我國行政事業單位內審機構多數和會計部門平行，同時依附于執行機構，因此其獨立性和權威性相對不夠強，另外在審計內容上對各個組織機構的評價不多，不能真正起到財務管理的作用。行政事業單位財務管理部門經常也起不到“付款”、“核算”作用，對本單位重大事項的決策和實施過程，及其結果等不了解，可以說對業務部門的財務管理幾乎是空白。
三、 加強我國行政事業單位財務管理的對策
(一)提高思想認識，加強依法理財觀念
對行政事業單位領導應當定期進行財經法律法規和財務知識的培訓，加強領導人的財務管理意識，使他們真正認識到財務管理的重要性，從而不斷提高單位領導的理財水平。讓單位領導掌握財經法規和財務知識，使其主動參與單位內控制度的建設并自覺遵照執行。另外，需要加強對行政事業單位財務管理人員的培訓，會計人員的繼續教育工作需要認真對待，提高其業務素質和實際工作的能力，在會計日常工作中融入一些現代化的信息技術手段。各個行政事業單位在建立財務運行機制時要注意責、權、利相結合，對財務管理人員的約束和激勵進行強化，充分調動起主動性、積極性、創造性。
(二)加強行政事業單位財務管理體系建設
行政事業單位財務管理工作的中心環節是財務預算管理，財務計劃和財務控制是其主要的職能。為了適應新形勢下行政事業單位財務管理的工作流程，必須完善單位的財務預算，為單位的財務管理創造一個良好的運行環境。提高單位預算編制水平，強化預算管理，需要建立“責權結合、分級管理、統一領導”的預算體系，在確立好發展經費和維持經費配比關系的基礎上，對各部門在預算編制、執行、監控中的職責進行明確，從而可以為財務管理提供有力的保障。行政事業單位的財務管理制度應當以最新的預算管理辦法為依據，嚴格按照預算管理的要求，另外，在制定具體預算時，需要對預算進行統一規劃，并站在單位全局的高度，對行政事業單位的預算編制、預算調整、預算執行、財務報表的編制以及財務收支核算管理等進行徹底的改革，從而保證部門預算的改革措施可以在單位內部得到很好的落實，保證單位預算和部門預算不在出現“兩種情況”。單位在強化預算管理過程中需要將部門預算和單位預算合二為一，建立準確、細化、合理、科學的預算，提高預算編制的質量和預算預算部門的執行剛性，維護預算的嚴肅性，克服預算編制缺乏計劃性、可操作性和科學性的問題，杜絕出現無預算支出，明確各項預算支出的方向和用途，這有這樣才能提高我國行政事業單位財務管理工作的水平，改革的最終目標才能早日實現。
