事業單位財務收支管理并非一般日常的財務活動，倘若管理不當，不僅會造成嚴重超支浪費，而且事關著資金的使用效率。目前我國事業單位的資產性質和職能有多種類型。一是全額補助型，即單位完全承擔行政分配的職能；二是差額補助型，即單位既具有行政職能又有組織收入的條件；三是自收自支型，即指完全進入市場靠自身創收生存的事業單位。這種性質的多類型決定了事業單位在財務收支管理方面的不同。鑒于事業單位身份和性質的這種復雜性，加之自身固有的一些弱點和弊病，使得事業單位財務收支管理缺乏有效的控制和監督，甚至發生嚴重超支等浪費現象，亟待在相應的治理措施方面進行研究和探討，以有效制止和改變這種狀況。
一、支出約束制度化
行政事業單位的行政職能決定了其不能完全市場化。由于管理體制的局限，我國事業單位一般只對爭取國家財政資金投入表現積極，管理意識與機制卻相對薄弱。特別是財務支出缺乏有效的約束力，表現在費用支出無計劃、無定額,或計劃定額只流于形式。在資金分配方面，存在嚴重的隨意性，“以哭求奶”的情況較為普遍。在資金使用方面，有的單位支出控制不嚴,超支浪費現象嚴重,超標購買小汽車、公款旅游、公款吃喝、公款進行高檔消費現象屢見不鮮。有的單位在項目支出資金管理使用中,基本支出和項目支出界定不清,用項目支出來彌補基本支出經費的不足,用于維持日常公用支出,沒有做到專款專用。財務部門對經費的管理常常是事后核算,忽視了資金使用前的預測和使用中的控制,對經費收支的考核也只是停留在表面平衡上,很少對資金使用效率實施考核。因此,資金的使用效率普遍低下。
這些問題存在的原因主要在于一些單位內部管理制度不夠完善。有的內部未設專門的財務管理機構，內部審核監督僅由一人或多人專職或兼職代理。有的內部未實行統一的財務管理。有相當一部分單位未設內審機構，已建立內審機構的不能發揮應有的作用。但更多的還是流于形式。已訂立的制度只用來應付有關部門的檢查審計，內部監督執行大打折扣。遇到具體問題時強調靈活性，忽視原則性，使內部控制制度有名無實。有的把行政事業性收費、項目支出分散到科室管理，嚴重違反了“收支兩條線”的財務管理規定。要改變這種狀況,必須建立有效的支出約束機制。
1.健全財務制度,強化內部控制力度。行政事業單位要根據《會計法》及《內部會計控制規范》的要求,健全內部控制制度,并涵蓋單位內部的各項經濟業務、各個部門和各個崗位。要明確內部各單位和部門的職能性質、各部門及人員應承擔的責任范圍。在財務機構內部,明確會計事項相關人員的職責權限,要合理分工,建立崗位責任制。事業單位要在國家宏觀管理的基礎上，結合本單位的實際，建立起切實可行的財務管理制度和會計核算流程。對現金的管理，財產的審批，審批權限的分配，財務計劃的制定和實施，資金的籌集和使用，預算的編制、執行、監督和評價都要有明確而具體的規定。對于各種會計憑證、賬簿、報表的填制、登記、審核、保管都要有明確的分工,各項核算工作都有專人負責。會計人員要按照《會計法》的規定,正確運用事業單位會計制度,準確核算經濟業務,落實審核、復核制度,正確地反映事業單位各項經濟業務事項。對薄弱環節和重要崗位要加強控制，細化責任，做到制度管人、責任到人。所有資產都要定期核對，切實做到賬實相符。以應用完善的單位內部控制制度約束財務行為，減少或避免各種違反財經紀律問題的發生。
2.嚴格預算管理，加大預算約束力度。預算工作貫穿于財務管理工作的始終。事業單位應堅持實行預算內外綜合統籌，編制好財務預算收支計劃，將全部收支編入預算。并進一步細化預算收支項目，落實政府收支分類改革措施，切實保證預算與實際相符。同時，制定相應的具體的管理辦法和措施，以保證國家資金的合理使用。在執行過程中,可通過內部控制制度確實約束財務行為。在崗位分工控制環節,要保證不相容職務相互分離。在授權批準控制環節,要嚴格遵循授權范圍和權限,重大會計事項建立集體審批制度。在財產清查控制環節,要采取定期盤點的措施確保資產的安全完整。在電子信息技術控制環節,要加強電子信息系統的開發和維護,盡量減少人為操縱因素的影響。理順管理中的方方面面的財務關系，維持單位的正常運轉。通過切實可行的措施加強資金管理，用好用活資金，正確籌劃和測算現金流量。特別要加強對專項資金使用的監督和管理，確保專款專用，提高專項資金的使用效率。
預算管理要徹底改變“只重預算執行，忽視編制和評價工作”的預算管理方式，堅持預算編制、執行、評價并重的原則，以確保部門預算編制的科學與合理。要建立健全科學評價體系，廣泛采用最低成本法、成本―效益分析法等方法進行評價分析，為管理決策提供科學依據。內審部門經常對內部控制制度進行評價,及時發現內部控制的薄弱環節，制定相應的改進措施。
二、會計核算集中化
會計集中核算形式是一種新型財政管理模式，是加強財務、財政資金治理的一項新舉措，對于提高財政理財能力和會計工作效率，規范會計行為，加強會計監督和廉政建設都有十分重要的意義。我國預算會計是以現金制為基礎,其目的是匯報支出,為決算服務。目前事業單位的會計核算有許多不當之處。其一，不進行成本核算,因而無法計算和統計行政成本,也無法評價資金的使用效益。其二，有的預算單位對項目支出的核算不區分不同的專項項目資金,統一使用規定的行政事業單位的科目核算,不利于專項項目資金的管理;而有的單位則只按專項項目歸集各項費用,不按科目核算,不利于單位各項費用的整體控制管理。其三，現行預算單位會計制度在會計科目的設置和核算內容上,與部門預算編報口徑不一致;一般預算支出科目與行政事業單位科目不一致,導致在編制決算時,預算單位必須將會計科目合并或拆分后才能得出預算科目。因此，必須實行會計核算的集中化。
1.通過會計集中核算規范財務收支。首先,實行會計集中核算，行政事業單位大大減少了財會人員，節約了經費開支。其次,使會計人員具備了依法獨立理財的環境，行政事業單位的會計業務納入會計中心統一核算，中心選配業務素質較高的專職會計人員，與被納入核算單位沒有任何依附關系，大大減少了會計工作的行政干預。第三,會計核算中心運用會計電算化網絡系統，嚴格按照國家統一的會計制度進行核算，有利于加速會計電算化步伐，完善現行事業單位的會計科目體系,可以讓管理者與使用者更清楚地看清資金的使用去處，為會計管理的實施提供更為方便的條件。第四,會計集中核算以后，財政部門的監督領域得到進一步拓展，通過會計核算中心，實現了財政對核算單位資金收付全過程監管，特別是對支出的方向、結構、規模等方面的監督，把許多不合理的支出消滅在萌芽狀態。各核算單位的財務行為得到進一步規范，改變了過去資金使用上的隨意性，增強了財務收支活動的規范性，避免了多頭開戶、多種賬戶、多渠道流出等現象的發生，提高了各核算單位自我約束，自我監督的自覺性，堵塞了一些單位少扣稅或不扣稅的漏洞，切實發揮會計核算作用，增加了財政收入。
2.通過會計集中核算實現財務高效管理。事業單位會計集中核算，通過改變會計人員管理體制和會計業務處理程序，可以強化會計核算和會計監督，從源頭上遏制行政事業單位腐敗，杜絕胡亂花錢、鋪張浪費現象，達到提高財政資金使用效益的目的。事業單位會計集中核算的方式，以資金控制為目標，以加強財務收支監督為重點，可以成立會計核算中心，以高效理財為取向，將所有賬戶及會計業務處理權集中到會計核算中心，進行統一核算和管理，力求核算、管理、監督成本最小，效率最高。
三、核算模式多樣化
從目前的情況來看，在我國的事業單位中，多種經營和自收自支類型占有一定的比例。這些事業單位依靠自身的人力、物力和技術力量進行經營活動和創造盈利，已不屬于事業單位服務活動的內容，而是屬于企業經營性質和行為。此類事業單位的財務收支管理還缺乏規范。有的收費使用非正式的收據或串用行政事業性收款收據等進行收費。有的將收入切塊另設賬目核算，形成“賬外賬”、“小金庫”以掩蓋其真實的收支規模。還有部分單位的經營服務性收費項目未能足額繳納相關稅金。還有的是未嚴格執行收費票據管理監督制度規定。其核算模式的規范應視其經營規模的大小和經營特點來實行多樣化的核算形式。
1.主管部門核算模式。即事業單位的各種財務決策權均完全集中在主管部門，各事業單位及其內部機構都必須嚴格執行主管部門的決策，各事業單位及其內部機構只負責短期財務規劃和日常經營管理。
2.獨立核算模式。一些事業單位用自己的固定資產、人力、技術搞經營，而且收入較大的，可實行公司形式，由事業單位單獨出資或與職工或吸收外來資金組成公司，單獨核算，按資本大小分紅。主管部門只保留對事業單位重大財務事項的決策權或審批權，而將人、財、物、產、供、銷等日常財務事項的決策權與管理權下放到各事業單位，各事業單位只需將決策結果提交主管部備案即可。在這種模式下，事業單位相對獨立，主管部門不直接干預各事業單位的生產經營與財務活動。但必須要把事業單位的正常業務活動與經營活動嚴格區分開來，在人員的安置上，不允許相互兼職；在管理上，投資的管理與事業單位內部的業務資金活動嚴格區分，所收股利或管理費用應按規定彌補事業經費之不足。
3.財務人員代管方式。對于事業單位利用自身資源如出租部分房屋收取的租金、轉讓技術和人力的收入，可以不單獨核算，由事業單位財務人員代管，但必須另設賬戶，獨立管理，收入要入賬，支出要審批，不得用這些收入私設小金庫,或用于請客送禮和職工福利的發放。
