一、《指引》和《辦法》的相同之處
（1）研發活動范圍基本相同。《指引》和《辦法》中均規定企業從事的研發活動必須屬于《國家重點支持的高新技術領域》，《辦法》中還要求必須同時屬于國家發展改革委員會等部門公布的《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南》規定的范圍，兩者基本相同；（2）研發項目的確定基本相同。《指引》中的研發項目是指“不重復的，具有獨立時間、財務安排和人員配置的研發活動”；《辦法》中規定的研發項目是由企業總經理辦公會或董事會以決議文件形式批準立項的研發項目，兩者實質基本相同，角度不同；（3）賬簿設置基本相同。《指引》和《辦法》中均要求企業必須建立研發費用投入核算體系，對研發費用實行專賬管理，建立專項明細賬；（4）科目設置完全相同。兩者均須按照會計準則規定設置核算研發費用的會計科目；（5）費用歸集方式基本相同。《指引》和《辦法》中均規定企業應按照不同研發項目分別歸集直接費用和可以計入的間接費用；
二、《指引》和《辦法》的不同之處
（一）比例不同
《辦法》沒有比例限制，而《指引》中限制比例較多，如：
（1）人員比例要求具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的30%以上，其中研發人員占企業當年職工總數的10%以上；
（2）研發費用比例要求，近三個會計年度的研究開發費用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：
①最近一年銷售收入小于5,000萬元的企業，比例不低于6%；
②最近一年銷售收入在5,000萬元至20,000萬元的企業，比例不低于4%；
③最近一年銷售收入在20,000萬元以上的企業，比例不低于3%。其中，企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%；
（3）高新技術產品（服務）收入占企業當年總收入的60%以上；
（4）企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%；
（5）其他費用比例要求不能超過總研發費用的10%。
（二）范圍不同
《辦法》規定的抵扣范圍采用列舉法，沒有列舉到得費用是不能抵扣的，《指引》沒有明確要求。
（1）在人員人工費用規定方面，《辦法》所列人員人工費用為在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，而不包括《指引》所列的與任職受雇相關的其他支出，如企業為研發人員繳納的五險一金支出等；
（2）在折舊費用方面，《辦法》所列折舊費用為專門用于研發活動的儀器、設備的折舊費，而《指引》包含研究開發項目在用房屋建筑物的折舊費用，以及研發設施改建、改裝、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用；
（3）在其他費用方面，《辦法》所列其他費用包括技術圖書資料費、資料翻譯費、研發成果的論證、評審、驗收費用，而不包含《指引》所列辦公費、通信費、專利申請維護費、高新科技研發保險費等；
（4）委托外部研發時，《辦法》要求對委托開發的項目，受托方應向委托方提供該研發項目的費用支出明細，否則，該委托開發項目的費用支出不得實行加計扣除，而《指引》對此沒有要求;
（5）合作開發項目，《辦法》規定，對企業共同合作開發的項目，由合作各方就自身承擔的研發費用分別按照規定計算加記扣除，而《指引》對此卻沒有明確規定。
（三）備案資料不同
《辦法》要求向主管稅務機關報送資料時，應提供省及省以上經貿、科技相關部門文件、計劃或建議書，且該文件、計劃或建議書，應能證明研究開發項目屬于《國家重點支持的高新技術領域》和國家發展改革委員會等部門公布的《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南(2007年度)》范圍，并達到省內技術和工藝領先、具有推動作用，但《指引》對此沒有要求；
另外，國家政策中（《指引》）還有不明確和不太合理的地方。比如研發投入必須占銷售收入的一定比例中的“銷售收入”，究竟是指主營業務收入還是指營業收入；還有就是當年銷售收入在20,000萬元以上的企業，研發投入占銷售收入的比例不低于3%。2個億的銷售收入與20個億、200個億的銷售收入相差巨大，但研發投入的比例要求卻相同，似乎不太合理。
從以上兩個文件的分析比較可以看出，《辦法》規定的可加計扣除的研究開發費用與《指引》所歸集的研究開發費用存在很大的差異。按《辦法》歸集的研究開發費用的口徑大大小于按《指引》要求歸集的研究開發費用，這些費用的扣除都非常強調相關性原則，即只有與研究開發活動直接有關的費用才能加計扣除。因此，高新技術企業進行研究開發費用加計扣除和高新技術企業備案時必須加以注意，一定要嚴格按照《辦法》和《指引》的不同要求分別整理資料進行備案，否則存在潛在的風險，尤其是現在《辦法》和《指引》都采用備案制，備案制與審批制存在著實質性的差別。
