一、國庫集中支付制度對事業單位財務管理的意義
實行國庫集中支付制度，是以國庫單一賬戶體系為基礎，以健全的財政支付信息系統和銀行間實行清算系統為依托，在預算單位動用財政性資金購買商品、勞務和支付款項時，提出申請，經國庫集中支付機構審核后，將基金通過國庫單一賬戶體系支付給收款人。對納入集中管理的單位，支付機構按照“責權不變、集中支付、分戶核算、封閉運行”的辦法進行管理。
國庫集中支付制度對事業單位財務管理的積極作用表現在：一是有利于加強對事業單位財政資金的統一調度和管理，能充分實施財政事中和事后監督，從源頭上杜絕財政資金的截留和挪用；二是有利于加強對財政資金的管理和監督，減少資金在單位賬戶上的滯留時間，大大提高資金的使用效率；三是有利于調整財務管理體制，進一步理順財務管理關系，促進財務部門與各業務部門的工作協調，加強財務部門與各業務部門的關系，提高財務部門的地位。
二、國庫集中支付制度對事業單位財務管理的影響
（一）事業單位既得利益的影響
由于國庫集中支付增加了財政支出的透明度和規范性，對事業單位的既得利益產生影響，加上單位對國庫集中支付制度的宣傳學習不夠，出現了對該項改革不理解的現象。利益部門的既得利益格局受到沖擊，事業單位對國庫集中支付的抵觸情緒將制約財務管理職能的發揮，造成了預算單位財政資金使用計劃和進度的不合理。
（二）事業單位機動靈活性的制約
國庫集中支付和資金的分配由批復的預算額度完全控制，預算額度又由批準的月度用款計劃進一步得到分解和確定，實行國庫集中支付制度后，事業單位等資金的自主權受到一定的限制，由于事業單位財政撥款的級次較多，一些支出項目需要所有該級次的財政、國庫部門、審核付款，操作上費時費力，預算單位基本上沒有調整的余地，應付基本職能突發情況也喪失了機動性。
