我國在實行出口退稅電算化管理的過程中，其基本方法主要集中在申報、稽核、審核、退庫各個環節上，并且做了具體的規定，體現了操作性和實用性并重的原則。
一、出口企業退稅申報的電算化管理方法
我國進出口企業在退稅電算化管理過程中，就是大力發展計算機快速便捷的優勢，將企業相關數據錄入計算機中，運用統一的管理軟件，提供科學、正確的信息資料。
目前我國進出口企業的退稅計算方法，原則上要求采用加權平均法，并且規定進出口企業在退稅方法確定后，本年度內不能更改。進出口企業退稅單證錄入計算機的方式原則上應采取由退稅部門集中錄入方式，也稱集中錄入；若企業計算機錄入能達到退稅電算化管理的要求，報經稅務部門備案后，也可采取由企業錄入的方式，也稱分散錄入。
無論進出口企業采取那種退稅單證錄入方式，都要進行退稅申請。進出口企業必須將出口退稅的有關單證按照出口退稅計算方式的要求，裝訂成冊。采用集中錄入方式的，進出口企業必須按照計算機管理軟件的要求，填寫“出口貨物退稅進貨憑證申報明細表”（也稱進貨申報表），“出口貨物退稅申報明細表”（也稱出口申報表），“出口貨物退稅匯總申報表”（也稱匯總表）。采取分散錄入方式的，進出口企業必須按照出口退稅申報子系統的要求，將裝訂成冊的單證中的有關內容錄入計算機，經基本申報資格檢查后，生成申報退稅數據，同時打印出“進貨申報表”、“出口申報表”，并填報“匯總表”。申報表、申報退稅數據必須與原始單證的內容一致。
退稅部門須安排專門的人員負責接收申報退稅數據和退稅單證，對申報退稅數據，必須進行檢測，發現壞盤、空盤、帶病毒的磁盤等有嚴重問題的申報數據，不予受理；如有下列情況之一的單據，應退回企業重新申報：
1.申報表字跡不清和錯誤較多的單證；
2.項目未列齊全和完整的單證；
3.商品代碼填寫不正確的單證；
4.邏輯關系不符或不清晰的單證。
二、出口退稅單證的稽核方法
進出口企業退稅單證的稽核工作是由外經貿主管部門負責進行。當外經貿主管部門接到進出口企業送來的退稅單證后，應根據稽核的規定和要求進行嚴格的稽核工作，須認真與原始單證的內容、數據進行仔細地核對，經稽核子系統核對后，由進出口企業將符合規定的單證及相關的申報退稅數據送退給稅務部門。稅務部門接到退交來的單證和數據，要對以下內容進行再次重點稽核；
1.屬于遠期收匯的，企業是否提供了遠期收匯的證明材料；
2.申報退稅的原高稅率、貴重貨物必須是經國家稅務總局、外經貿部批準特許退稅的商品；
3.出口貨物的價格是否正常，是否有價格轉移的行為；
4.出口額的增減是否正常，有無波動較大的情況。
三、出口退稅單征的審核方法
國家稅務部門在履行退稅退庫之前，還必須再一次地對企業出口退稅的單證進行審核，嚴格按照國家政策法規進行辦事，充分體現國家鼓勵企業出口創匯的精神。退稅部門對出口單證的審核工作主要是從以下十個方面著手：
（一）退稅部門必須對“進貨申報表”、“出口申報表”、“匯總表”、申報退稅數據的內容與原始憑證的內容對照審核，若對照審核中發現了問題，則應該在申報表上加以標記，填寫“進貨憑證錄入（審核）問題記錄及訂正表”（也稱進貨訂正表）、“出口退稅申報明細表錄入（審核）問題記錄及訂正表”（也稱出口訂正表）。
（二）稅務部門必須按照兩次錄入的方式將出口企業的申報表、訂正表的內容錄入計算機，生成正確的申報退稅數據。在錄入過程中如果發現出口企業申報表的原始數據錯誤，還必須填寫“進貨訂正表”、“出口訂正表”，并對這些數據與原始憑證核對或到企業進行核對無誤后，方可再次錄入計算機。
（三）退稅部門對申報退稅數據必須利用計算機審核以下內容：
1.檢測錄入數據的唯一性，刪除重復錄入的數據；
2.審核進貨憑證與專用稅票、增值稅專用發票、稅率等信息核對；
3.審核出口憑證及有關數據，報關單、外匯核銷單、遠期收匯證明、退還補稅證明、代理出口貨物證明等信息交叉互審；
4.當期進料加工的抵扣稅額，是否從當期退稅額中抵扣。
（四）退稅部門必須根據當年的物價指數、外匯牌價設定出口商品的收購單價差異倍數和合理換匯成本的上下限，對超出沒定范圍的出口商品，退稅部門應該進行重點審核后，方可辦理退稅。
（五）退稅部門對出口退稅數據錄入、審核環節發現的問題，還必須作以下進一步的核實檢查：
1.屬于退稅部門工作失誤的，應填寫有關表格，修改已錄入的數據，給予辦理退稅；
2.屬于出口企業申報數據錯誤，應在認真審核后進行調整；
3.屬于海關、外匯管理、外貿主管部門等提供的電子數據有錯誤的，應由其出具書面證明材料，并修改電子數據后，退稅部門才能給予辦理退稅，
4.凡發現有偽造、涂改出口憑證的，要對該筆出口業務開展檢查，根據檢查結果，按有關規定處理。
（六）退稅部門在審核退稅申報數據時，因下列問題出現的疑點，經認真核實后，可以人工跳過，辦理退稅：
1.出口退稅報關單列明的貨物，既有自營出口貨物，又有代理出口貨物的，
2.出口退稅報關單列明的出口貨物如果有部分貨物發生退運的，
3.出口貨物屬于國家稅務總局批準按14％退稅率辦理退稅的大型成套設備以及大宗機電產品，實際退稅率與稅率庫中的稅率不一致的，
4.以進料加工貿易方式出口的禁止出口的商品；
5.出口報關單列明的貨物屬于企業內部兩個部門出口的，因分部門申報退稅，報關單被其中一部門占用，其他部門申報退稅沒有報關單的；
6.采用加權平均法核算的企業，因同類商品單價差異較大，單個商品加權平均單價申報退稅時，導致換匯成本過高或過低的。
（七）稅務部門對出口企業申報的委托加工出口貨物的退稅數據，應進行重點審核，審核的主要內容是：
1.出口商品名稱是否按主要材料、輔料、加工費等實際商品的名稱填報，商品代碼是否填報出口商品的代碼；
2.主要材料的數量是否按加工后成品數量填寫，其輔料、加工費等的數量是否填寫為零；
3.計稅金額、實繳稅額是否按照專用繳款書內容填寫；
4.退稅率是否按照原材料、輔料、加工費的實際退稅率填寫；
5.備注欄是否填寫“WT”標記。
（八）退稅部門在審核出口退稅時，必須將企業申報的有關憑證與專用稅票電子數據進行核對，如果是屬于電子數據問題，必須按照下列方法進行處理：
1.對本地上報的本地區出口企業專用稅票數據，發現錯誤或遺漏的，應由本地稅務部門進行修正后，給予辦理退稅，同時將修正后的數據于次月上報國家稅務總局；
2.對其他地區上報的本地區出口企業專用稅票數據，發現錯誤或遺漏的，應由本地區稅務機關及時上報，待接到國家稅務總局修改的電子數據并與其核對無誤后，方可辦理退稅。
（九）退稅部門對出口企業申報的退稅數據進行計算機審核時，如果發現錯誤數據，必須對錯誤數據進行調整，其調整的方法如下：
1.對出口數據申報錯誤的用“調整法”調整；
2.對進貨數據申報錯誤的除用“調整法”調整以外，亦可使用“紅字沖減法”、“補充登記法”調整。
（十）出口企業申報退稅的商品代碼與海關電子數據的商品代碼不一致，退稅部門應該進行認證。屬于同類商品（即與海關商品代碼前四位相同）且申報的退稅率小于或等于電子數據商品的退稅率時，可以辦理退稅；屬于不同類商品，要經過重點落實后，方可辦理退稅。
四、出口退稅退庫方法
企業在進行退稅退庫工作時，最關健的是要按照退稅部門的要求進行辦理，而退稅部門主要是抓好以下工作：
（一）退稅部門在對出口企業的申報退稅數據審核完畢后，打印出如下資料：
1.《進貨退稅憑證審核未通過明細表》；
2.《增值稅退稅審核明細表》；
3.《消費稅退稅審核明細表》；
4.《審核基本疑點表》；
5.《退稅審批表》。
（二）退稅部門負責人對通過計算機審核無誤的退稅數據，必須在《退稅審批表》“領導意見”欄中簽字、蓋章后，方可打印《收入退還書》。
五、出口退稅的其它規定
（一）退稅部門要及時錄入出口企業報來的下列單證，并與出口退稅其他有關電子數據進行核對，核對無誤后方能出具下列資料，
1.《進料加工貿易申報表》；
2.《來料加工貿易免稅證明》；
3.《退運補稅證明》；
4.《補報關單證明》；
5.《代理出口貨物證明》；
6.《出口轉內銷證明》；
7.《準予購進免稅出口卷煙證明》。
（二）對出口企業申報的數據，在用計算機審核通過而未轉入歷史數據庫之前，凡發生開具上述（一）項中的3、5、6款及《補報關單證明》的情況，必須對已審核的數據進行重新審核后，方可辦理退稅。
（三）稅務機關必須對每季度的出口退稅情況以軟盤的形式向上級稅務機關提供下列資料：
1.海關信息出口額分類統計及預測退稅表；
2.出口退稅進度表；
3.特殊口岸出口調查明細表（由國家稅務總局指定）；
4.其他出口退稅情況（由國家稅務總局指定）。
（四）各省、自治區、直轄市、計劃單列市的國家稅務局每年1月份應將本地區出口企業的名稱、海關代碼、納稅人登記號上報國家稅務總局。本地出口企業如果發生增加、減少、變更或海關代碼、納稅人登記號發生改變，應在變化后的一個月內將情況上報國家稅務總局。
（五）退稅部門年初須將部門核算的出口企業代碼錄入計算機，在本退稅年度內不能變更；對出口企業要求追加部門代碼，退稅部門必須予以確認并及時追加新的部門代碼。
（六）出口商品退稅率的設置、修改、調整等，原則上由國家稅務總局負責。對國家稅務總局臨時調整征稅率后，退稅率按規定須作變動的，經省級進出口稅收管理處（分局）領導批準后，由系統維護人員及時調整退稅率。
（七）出口企業經退稅部門批準增加的商品擴展碼，在本年度內不能更改。增加的商品擴展碼適用于出口企業的各部門。退稅部門在批準增加擴展碼時，對商品的計量單位進行一致性檢測，對已做過擴展碼的商品代碼，不允許再增加商品擴展碼。
（八）退稅部門要將已辦理退稅登記的出口企業的有關資料錄入計算機。建立本地區的出口企業管戶庫；出口退稅政策等如有變動、調整的，應及時調整維護代碼庫。
對騙稅多發口岸、涉嫌騙稅商品等，要按照國家稅務總局的要求增加宏觀調控特殊審核條件。
（九）出口商品的計量單位以海關確定的計量單位為準，。出口單位的計量單位與海關計量單位不一致并無法轉換為海關計量單位的，經出口企業申請，退稅部門嚴格審核后，可以給該商品追加商品碼（即商品擴展碼），并在本年度內不能變更。
（十）退稅部門應及時對審核子系統的數據做“數據保護”處理，以防止數據丟失。
（十一）省級退稅部門在年初可根據本地區的實際情況，確定審核配置的審核標準，確定的審核標準應適用本地區所有出口企業，標準一經確定，原則上本退稅年度內不能變動，并須上報國家稅務總局備案。
（十二）外貿企業之間調撥購進的出口貨物，對其分割單和增值稅專用繳款書，應比照委托加工申報方式申報，分割單的數量按分割單上注明的購進數量填報，出口退稅專用繳款書的數量填寫為零，備注欄填寫“WT”標記。
