企業內部控制系統的主要目標是企業資產的安全完整、提高企業經營管理的效率效果，提高經濟效益。為了實現這一目標，內部控制系統必須解決企業組織面臨的兩個方面的問題：一是業績衡量的模糊性程度；二是員工個人目標與企業目標的不一致程度。由于現代企業規模龐大，組織結構復雜，很難判斷單個部門和個人對組織或部門經營業績的邊際貢獻，這就產生了業績衡量的模糊性問題；另外，企業作為一個整體，其目標是企業經營利潤的最大化，而對于企業組織員工個人而言，其目標是自身個人利益的最大化，員工個人目標與企業目標的矛盾將直接影響企業的經營成果。企業組織內部的模糊性程度和不一致程度不同，內部控制系統三個維度的作用程度就不同：一般來講，在業績性低、目標不一致性高的條件下，市場控制維度較為有效；在業績模糊性和目標不一致性均相當高的條件下，制度控制維度較為有效；而在目標不一致性低、業績模糊性高的條件下，則文化控制維度最為有效。
1制度控制
制度有廣義、狹義之分。廣義上的制度指的是一種行為規則，這些規則涉及社會、政治及行為。從最一般的意義上講，制度可以理解為社會中個人遵循的一套行為規則。狹義上的制度僅指企業組織的官僚制，它是與市場機制相互替代的交易治理機制。我們所指的制度是狹義上的制度觀念，即企業組織的官僚制結構。
以制度規范為基本手段協調企業組織集體協作行為的內部控制機制就是制度控制。制度的規范沒有嚴格的界限，可以用多種標準進行分類，按照制度規范涉及到的層次和約束的不同內容，可以分為企業基本制度、管理制度、技術規范、業務規范四種類型。①企業基本制度。企業基本制度主要包括企業的法律和財產所有形式、企業章程、股東大會、董事會、監事會組織、高層管理等方面的制度和規范。它確定了企業所有、經營管理人員、企業組織成員各自的權利、義務和相互關系，確定了財產的所有關系和分配方式，制約著企業活動的范圍和性質，是涉及企業所有層次、決定企業組織的根本方式。②管理制度。管理制度是對企業管理各基本方面活動框架，調節集體協作行為的制度。管理制度比企業基本制度層次略低的制度規范。它是用來約束集體行為的成體系的活動和行為規范，主要針對集體而非個人。③技術規范。技術規范是涉及某些技術標準、技術規程的規定，它反映生產和流通環節中客觀事物的內在技術要求、科學性和規律性，是經濟活動中予以尊重的。④業務規范。業務規范是針對業務活動過程中那些大量存在、反復出現，又能摸索出科學處理方法的事物所制定的作業處理規定。業務規范所規定的對象具有可重復性特點。
制度控制機制主要適用于資產專用性程度比較高、內部交易對象缺乏市場參照價格的發型。制度控制的不足主要體現在對外部市場環境變化反應的滯后性上。
2 市場控制
在市場控制下，外部市場力量用來控制管理行為。競爭規則、供求關系調節組織內的行為活動。分權組織中典型的市場控制方式是運用轉移價格機制決定組織單位間的關系。組織單位擁有自治權，自主決定是否在組織內部或外部購買或銷售產品。
市場控制機制的優點是能夠提供高能激勵。體現在三個方面：
第一反映周期短。一是在組織內部不同部門單位的相互協調關系方面，組織內部的資源轉移和報酬確定完全依賴于各方的協商和討價還價結果，競爭壓力、供求關系最終判斷組織單位決策的正確性，并為管理者保持或調整其管理行為提供信號；二是在整體的戰略導向方面，以外部市場信號為導向，及時調整組織內部的資源分配關系，以對市場供求變化作出迅速反應。第二，競爭的激勵。市場模式能夠促進競爭，而競爭提供一種隱含的、非合同式的激勵功能。第三，工作滿足感。在市場控制模式下，內部轉移價格的確定并非是外部強加的，管理者可以自行決定產品、服務的生產方式、生產成本、輸出價格等方面，完善的激勵補償系統又使得管理者取得的報酬與實現的業績相一致，因此，管理者可以充分施展自己的經營管理才能。
市場控制機制的不足主要體現在有時無法實現企業的整體目標。在市場控制模式下，各個經營單位或部門各自為政，按照自身單位利潤最大化的原則進行經營管理，各個部門或單位都是企業組織整體系統的子系統，每個子系統追求最優的行為不可能導致企業組織整體績效的最優化。
3 文化控制
所謂企業文化，就是一個企業在長期的經營過程中，由企業經營者提煉和培養出來的一種適合本企業特點的經營管理的方式，是企業群體所共同認可的特有的價值觀念、行為規范及獎懲規則等的總和。
企業文化是需為監督付出高昂的價格性激勵系統的替代物。本來企業為了實現戰略經營目標需要以管理補償的方式促使管理者努力工作，而企業文化則嘗試以改變管理者的偏好來達到同樣的目的。也就是說，企業文化可以使管理者激勵內部化，使企業目標成為管理者個人的目標。企業文化的構成要素包括企業價值觀、企業形象、企業道德、企業學者等。企業文化的控制功能體現在以下方面：
第一，激勵內部化。制度控制和市場控制下的激勵因素來自于外部，企業為了實現戰略經營目標需要以管理補償方式促使管理者努力工作，而企業文化則嘗試以改變管理偏好來達到同樣的目的。第二，目標一致性。在市場控制下，組織控制完全依存于經濟利益上的聯系。但是這種聯系勢必伴隨著大量的利益沖突，從而存在的導致無序的可能性。而通過一套規范來控制大眾的行為；通過一套信念和價值觀增加人們對組織的認同，增強組織的凝聚力，于是導致無序的嚴重利益沖突受到有效抑制，提高組織目標與個人目標的一致性程度。第三，減低不確定性。企業組織是在不斷變化的環境中生存發展的，但是企業并不希望周圍環境同時改變，它們需要一些因素是穩定的。企業文化使群體成員形成共識，促使大家一致朝共同方向努力，從而增加了防御風險的能力。人們普遍認為在競爭性的經濟中，強有力的文化對于創造一個成功的企業是十分重要的。
