一、影響納稅人自行納稅申報的主要問題
1、納稅人主動申報意識不強，缺乏納稅申報的思想準備和基礎資料準備。雖然2005年12月國務院頒布的《個人所得稅法實施條例》中就明確了年所得超過12萬元的個人需要進行納稅申報，但由于納稅人普遍存在著納稅意識較弱，亦缺乏學習和了解稅法的主動性，以及在過去個人所得稅代扣代繳制度中形成的習慣性依賴，人們對自行申報缺乏正確的認識。或不知道自己需要進行申報，或不清楚如何進行申報，甚至有相當一部分人將自行納稅申報誤解為再繳一次稅，為此，影響了申報的順利進行。由于認識的不足，在過去的一年中，大多數納稅人并未就年度終了后的納稅申報做出相應準備，對全年收入沒有做詳細的記錄，或沒有完整地保存收入憑證和完稅憑證。這樣，對于收入項目單一、集中，或多為大額收入，以及稅務機關著重監管的重點納稅人，就年內收入進行申報相對較為容易。而對于收入項目多、次數多、收入分散，每次(項)收入額相對較小，且多為現金收入的納稅人，準確理清及申報其全年所得存在一定的困難。在目前普遍實行代扣代繳制度的情況下，有時扣繳義務人在支付個人收入時扣繳了應納稅款。但并沒有給納稅人開具扣稅憑證。因此，納稅人在申報時，由于不清楚已納稅額，也不會還原計算收入額，這時再向支付單位索取扣稅憑證有一定難度，特別是一些異地支付和一次性交易，還可能根本無法取得扣稅憑證。這些情況都影響了納稅申報的準確性。
2、納稅申報存在一些技術處理上的困難。在進行納稅申報之前，國家稅務總局已出臺相關辦法，對各項收入的年所得計算方法做出了較為詳細的規定，但納稅人在實際計算時仍存在一些困難。比較典型的是：(1)工資、薪金所得項目具體數額及扣除額的確定存在一定困難。根據規定，工資、薪金所得按照未減除費用及附加減除費用的收入額計算。實際上，納稅人每月實際領到的工資并不等于這個“收入額”。有些單位的工資單并不清晰，如對一些免稅項目并未單獨列出；有些單位將部分稅后收入直接轉入個人賬戶，并不在工資單中列示，也沒有完稅憑證。按照現行政策，許多需要列入工資、薪金所得課稅的項目，如旅游獎勵、商業保險、認購股票、從雇主取得折扣等收入數額，若單位財務會計人員沒有為個人申報進行相關數據資料的整理，很多人由于不了解稅法的相關規定。并不清楚各種允許稅前扣除的項目或扣除比例，也不清楚應計入收入的項目及其標準。因此，往往難以做到準確申報。(2)一些項目收入的歸屬尚難確定。從目前來看，家庭或夫妻共同的財產進行轉讓、租賃取得的所得，家庭儲蓄及股票投資取得的利息、股息、紅利所得以及其他所得等收入，是全部計入某一家庭成員的年所得，還是在家庭成員之間進行分割后計入各自所得會對納稅人是否達到自行申報標準產生重要影響。但對于這類收入是否允許分割以及如何分割尚缺乏明確的規定，這在一定程度上也影響了申報的準確性。(3)由于各種原因導致部分所得數額的確定存在一定困難。由于個人所得稅知識、財務知識、金融知識的局限，以及外部條件的限制，對部分所得項目的具體數額尚難以準確確定。例如，納稅人進行股票投資，股份制企業用盈余公積金派發的紅股，以及以現金形式派發的股息、紅利，在由支付企業代扣代繳個人所得稅后計人個人股票賬戶，納稅人在納稅申報時，確定這部分年所得的數額存在一定困難，甚至部分納稅人不能區分開資本公積金送股與盈余公積金送股，也不清楚二者在征免稅方面的規定。對于股權分置改革中非流通股股東通過對價方式向流通股股東支付的股份、現金等收入暫免征收個人所得稅，是否需要計人申報數額無從掌握，這些因素都使納稅申報的準確性受到影響。
3、稅務機關受多種因素制約對納稅申報實施有效管理尚存在一定困難。我國目前條件下未能形成有效的相關公共管理部門、支付單位與稅務機關之間信息傳遞的配合機制，稅務機關對納稅人基礎信息的掌握并不完備。同時，各地稅務機關信息化水平參差不齊，信息傳遞和共享難以實現。在納稅人所得項目比較多，支付地點相對分散，又多以現金形式取得的情況下，稅務機關對納稅人自行申報情況進行全方位監控存在一定困難。
為了使納稅人更好地完成納稅申報，在申報管理辦法中規定了一些便利納稅人、服務納稅人的措施。如稅務機關提醒納稅人有關申報的規定，納稅人自行變更申報地點、選擇申報方式的規定，對納稅人及時申報、便利申報是有著積極作用的。但某些規定也會對稅務機關的管理帶來一些不利的因素，如納稅人可以變更申報地點，又不需報原主管稅務機關備案，原主管稅務機關也無法按規定將納稅人的信息傳遞給新的主管稅務機關，而且選擇納稅地點容易被納稅人作為逃避納稅義務的手段，增加了稅務管理的難度。
二、完善個人所得稅納稅申報制度的對策
缺乏對稅法的了解；納稅申報有困難，需要付出較多的努力；納稅申報成本過高等，是普遍存在的納稅人不能依法申報的重要原因。目前，自行納稅申報在我國還屬于一種新的具有探索性、積累經驗性質的工作，其目的是提高納稅人自行申報納稅意識，充分掌握納稅人的收入信息，推動依法納稅，并為實施綜合課征制下的自行納稅申報制度提供管理經驗，奠定管理基礎。從我國目前個人所得稅管理的內外部條件來看，對年所得12萬元以上的納稅人實行自行申報的制度設計具有一定的超前性，在某些方面超越了目前稅收管理的外部基礎條件和現有征管技術條件。在我國經驗不足、條件欠缺的情況下，個人所得稅自行申報出現一些問題是難以避免的，而且這些問題也不可能一次性地或在短期內加以解決，需要在今后的納稅申報中不斷探索，積累經驗，及時調整，逐步完善。因此，自行納稅申報的規范及其效果的全面顯現，需要一個過程，在這一過程中需要不斷完善自行納稅申報制度和辦法。
1、完善自行納稅申報制度中相關收入的確定方法。對于納稅人在自行申報時準確確定所得有困難的項目應逐步加以明確。對于工資、薪金所得項目可以制定“年所得”的標準計算公式，提供給納稅人、扣繳義務人和代理機構；統一規定各單位工資單(或個人收入憑證)的標準格式，明確規定口徑的“年所得”數額；扣繳義務人在扣繳稅款時必須向納稅人提供符合標準的收入憑證和扣繳稅款憑證。具備條件的扣繳義務人應在年初向納稅人提供上年度從本單位取得的“年所得”的憑證。對于納稅人家庭的財產性收入、來自持有股票的各類所得以及其他所得確定存在困難和爭議的收入項目，應明確所得確定和申報的方法。
