1 稅收管理存在的問題
1.1 國家對民辦高校缺乏統一的稅收政策，稅收管理明顯滯后 民辦高校在我國已有三十年發展歷史，是一個集公益性與一定產業屬性的經濟實體，其單位性質在《民辦教育促進法》中明確界定為“民辦教育事業，是社會主義教育事業的組成部分”，屬于非營利的公益事業單位。《民辦教育促進法實施條例》第三十八條“捐資舉辦的民辦學校和出資人不要求取得合理回報的民辦學校，依法享受與公辦學校同等的稅收及其他優惠政策。出資人要求取得合理回報的民辦學校享受的稅收優惠政策，由國務院財政部門、稅務主管部門會同國務院有關行政部門制定”，但整整五年過去了，至今此政策內容幾乎空白，稅收政策明顯滯后于民辦高校的發展，至今國家對民辦高校沒有形成統一明確的稅收政策，也沒有一套全國相對統一的稅收具體實施的條款。
1.2 現有稅收政策，有些條款與《民辦教育促進法實施條例》存在政策差別 從目前與民辦高校相關的稅收政策來看，主要有[2004]第39號《財政部國家稅務總局關于教育稅收政策的通知》和[2006]第3號《關于加強教育勞務營業稅征收管理有關問題的通知》，其他很多民辦高校可能會涉及的稅種，如企業所得稅、房產稅、城鎮土地使用稅、印花稅、耕地占用稅、契稅、關稅等，沒有具體的單列的稅收條款及政策解釋。從稅務主管部門層面講，如真正將公辦高校與民辦高校作為同等法律地位，的確沒有單獨出臺稅收制度的必要，但問題是[2004]第39號《財政部國家稅務總局關于教育稅收政策的通知》中出現了政府舉辦與非政府舉辦之分，如第一條第五款“對政府舉辦的高等、中等和初等學校（不含下屬單位）舉辦進修班、培訓班取得的收入，收入全部歸學校所有的，免征營業稅和企業所得稅”明顯因辦學主體不同適用不同的稅收政策，顯然與《民辦教育促進法實施條例》第三十八條 “捐資舉辦的民辦學校和出資人不要求取得合理回報的民辦學校，依法享受與公辦學校同等的稅收及其他優惠政策”相矛盾。第十一條第十款“對學校經批準收取并納入財政預算管理的或財政預算外資金專戶管理的收費不征收企業所得稅”與《民辦教育促進法實施條例》按是否合理回報來享受公辦同等待遇也存在著政策差別。
1.3 稅收政策概念模糊，管理滯后，全國各地執行不一 盡管[2006]第3號《關于加強教育勞務營業稅征收管理有關問題的通知》對[2004]第39號文件作了補充，進一步將“政府舉辦的高等、中等和初等學校”明確為“從事學歷教育的學校”，界定為“普通學校以及經地、市以上人民政府或者同級政府的教育行政部門批準成立、國家承認其學員學歷的各類學校”，并明確“上述學校均包括符合規定從事學歷教育的民辦學校”，較好地進行了修整，但有些概念還較模糊，如對[2004]第39號第一條款“對從事學歷教育的學校提供教育勞務收入，免征營業稅。”以上可理解為：由于學校從事學歷教育，因此產生的承認學歷教育的學費收入免征營業稅。也可理解為：只要是舉辦學歷教育的學校，相關的學費收入、住宿收入、非營利性質的就餐收入、罰款收入、培訓收入都可稱為“從事學歷教育的學校提供教育勞務收入”，都可以享受免征營業稅優惠。對[2004]第39號第十一條第十款“對學校經批準收取并納入財政預算管理的或財政預算外資金專戶管理的收費不征收企業所得稅”，而民辦高校期盼的是能及早明確取得合理回報與否的稅收政策，及早確定舉辦方與學校方的利益分配關系，但稅務部門沒有單行規定對出資人要求取得合理回報的民辦學校的稅收政策，這樣易被理解為對出資人要求取得合理回報的民辦學校的稅收優惠，當前和公辦學校、出資人不要求取得合理回報的民辦學校適用統一的稅收優惠，今后有關部門制定了相關規定，出資人要求取得合理回報的民辦學校再按照新的稅收政策執行。但這種理解是缺乏政策依據的，而且對促進民辦高校的公益性是不利的。
