一、審核清算報告中建安等四項成本項目判定問題
《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）中規定，房地產開發企業辦理土地增值稅清算所附送的前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、開發間接費用的憑證或資料不符合清算要求或不實的，地方稅務機關可參照當地建設工程造價管理部門公布的建安造價定額資料，結合房屋結構、用途、區位等因素，核定上述四項開發成本的單位面積金額標準，并據以計算扣除。具體核定方法由省級稅務機關確定。
根據北京市地稅局2007年出臺的文件規定，稅務機關可以對住宅類項目四項成本（前期工程費，建筑安裝費，基礎設施費，開發間接費）進行核定，其標準為：高層商品住宅（7層以上）每平方米2263元，多層商品住宅（7層及以下）每平方米1560元。而對于商業、寫字樓、別墅等項目的扣除標準，文件中并沒有進行規定。隨著北京市CBD等各個商業中心的落成，商業、寫字樓等項目預繳的稅款已經在土地增值稅預繳稅款中占有相當高的比例。目前已進入清算階段項目的清算報告顯示，一些商業、寫字樓項目其四項成本合計可達到1萬元甚至更高，認可該成本進行核算，結果造成項目增值額很低，繳納稅款較少。
從邏輯上判斷，房地產開發項目雖然自身情況差別很大，但其項目的利潤率在相同時期應該保持在一個范圍之內，如果項目利潤率過低，考慮到2006年～2008年房地產行業紅火的市場行情，就有很大疑點。但中介公司在出具清算報告時，都會按照票據進行扣除成本核算，因此在清算報告審核環節，審核人員通過對清算報告中項目的銷售收入與工程成本對比，經常會發現項目清算可能存在四項成本過高的疑點，但由于企業提供了完整票據，審核人員在清算審核階段無法找到依據對疑點進行論證。從稅款征收的角度分析，目前眾多房地產項目均由項目公司進行開發，項目清算完成后，公司就會辦理注銷手續，因此如果在清算審核的征管環節無法進行把關，其最終結果就會造成項目稅款流失。另外，即便對于住宅類項目，由于其類別本身差別很大，而文件只給出了兩檔核定標準，造成稅務機關在審核清算報告時對于該文件很難執行。
二、普通住宅標準判定問題
《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅普通標準住宅有關政策的通知》（財稅〔2006〕141號）規定，“普通標準住宅”的認定，可在各省、自治區、直轄市人民政府根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關于做好穩定住房價格工作意見的通知》制定的“普通住房標準”的范圍內從嚴掌握。《土地增值稅暫行條例》中規定了納稅人建造普通住宅出售，增值額未超過20%的，免繳土地增值稅。
北京市普通住宅的判定標準近幾年來經過數次調整，最初以120平方米為基準，2005年更改為以北京市建委公布的普通住宅標準執行（根據容積率、建筑面積、平均交易價格三個因素綜合判定），標準中的平均交易價格從2005年至今北京市建委共調整過3次。以北京市朝陽區團結湖一帶平均交易價格為例：2005年標準為8040元/平方米，2006年為9289元/平方米，2008年最新調整為175萬元/套。由此可見，普通住宅的平均交易價格調整逐年提高，尤其以2008年調整幅度最大。但各類文件中均沒有明確判定普通住宅的時點是以提出清算時點時間、全部銷售收入實現的完成時間，或者售房率達到85%的時間為基準。企業從項目開始銷售到進行清算，一般要經歷1年～2年時間，而有些項目受客觀因素影響可能要經過更長周期才能進行清算。另外，從稅收政策執行的角度講，是否放寬普通住宅判定的時間標準，按清算時標準執行，讓更多企業享受稅收優惠，有待明確。
三、企業清算時間問題
企業達到清算標準后，即售房到85％或取得銷（預）售許可證滿3年時，一般仍會有大筆工程款還未結算完，要等1年左右甚至更長時間才能結算完畢。土地增值稅清算在確定成本時按照實際發生扣除，而稅務機關受技術、手段等客觀因素制約，目前只能以票據作為扣除依據，因此造成當項目合同已執行，但款項未結、票據未開時，稅務機關很難要求企業進行清算，如果強行清算，會造成很大的征納矛盾。
筆者建議，從以下幾方面完善相關政策，進一步加強土地增值稅精細化管理。
一是轉變征管方法，對開發項目成本實行動態跟蹤監控。由于房地產項目差異很大，對于住宅以外的商業、別墅等類型項目，稅務機關很難對其四項成本扣除制定出核定標準。因此，應從征管上入手，轉變現有的征管思路，從企業項目開始建設時就對項目進行監控，可以按項目土地規整、主體結構建設、內部裝修等不同階段要求企業進行成本備案，形成項目成本系統檔案，作為稅務機關審核企業清算報告時的對比判定依據。另外，應加大對企業財務人員的培訓輔導力度，在項目立項初期，結合土地增值稅的清算要求對企業財務記賬方式進行規范，并定期檢查，從而減少在清算階段審核項目四項成本扣除的難度。
二是細化住宅類項目四項成本扣除標準，增強可操作性。在北京市地稅局文件規定的兩檔住宅類四項成本扣除標準的基礎上，結合項目規模、企業使用建筑安裝材料等因素按照高、中、低檔類住宅再進行細化，并形成逐年調整機制。
三是進一步明確清算審核中相關政策。對于普通住宅判定問題，建議有關部門應明確判定時間為以企業售房率達到85％的時點進行判定，這樣規定一方面便于稅務機關進行操作，另一方面又在最大程度上使企業可以享受建造普通住宅的相關優惠政策，保障企業的合法利益。
對于企業已達到清算要求但因部分工程款票據未結清無法進行清算的問題，目前稅務機關可以適當放寬以票據為依據的審核制度，按照以企業實際發生費用為扣除依據的思路，對于未取得票據的部分成本可以采用企業進行書面承諾、稅務人員到相關單位進行調查以及清算完成后對企業進行稽查、檢查的征管方式，在清算時先進行確認，以保證企業及時進行項目清算。
