一、把握企業計算銷項稅額環節
少計銷項稅額是企業偷逃增值稅的直接手法，應從以下五個方面進行審計：1.銷售收入的真實性和視同銷售行為的審計。分析判斷企業是否存在隱瞞收入、收入掛往來或收入直接沖減費用減少應計銷項稅額的情況；企業將產品和委托加工或購買的貨物用于投資轉出、分配給投資者，用于非應稅項目、集體福利、贈送他人等，應審計其是否計算繳納增值稅。2.價外收入的審計。價外收入是指企業向購買者收取的除銷售額以外的手續費、補貼、違約金等。審計人員應將價外收入并入銷售額計算繳納增值稅。3.銷售產品時包裝物押金的審計。企業逾期未收回包裝物不再退還的押金，應按所包裝產品適用稅率計算銷項稅額。“逾期”包括兩層含義，一是按合同約定實際逾期，二是以一年為期限，對收取一年以上的押金，無論是否退還均并入銷售額計算銷項稅額。4.銷售使用過的固定資產、舊貨的審計。審計人員對符合稅法規定的納稅事項應按規定計算納稅。5.特殊經營行為和特種銷售方式的審計。企業發生混合銷售行為和兼營非應稅勞務行為時，審計人員應判斷企業應該繳納增值稅還是營業稅，凡屬應該繳納增值稅而企業申報繳納營業稅的，審計人員應予以調整；企業采取折扣方式銷售時，審計人員審計銷售額和折扣額是否在同一張發票上分別注明，如果是，則可按減去折扣額的銷售額計算銷項稅額，如果折扣額另開發票，不論其在財務上如何處理，不得從銷售額中扣減。
二、把握企業購貨環節多計進項稅額
企業購貨環節多計進項稅額也是企業偷逃增值稅的直接手法，應從以下五個方面開展審計：1.購貨支出真實性審計。應將企業購進貨物的增值稅專用發票與企業貨物入庫單、庫存明細賬、貨幣資金支付票據、銀行對賬單、銀行日記賬、以及納稅申報表進行核對。必要時與銷售方的倉庫出貨單和銷售明細賬進行核對。2.扣稅憑證合法性的審計。查看企業取得的法定扣稅憑證填寫要素是否齊全；是否有使用非法定扣稅憑證(如普通發票)計算進項稅額抵扣；企業向農業生產者購買免稅農產品或者從小規模企業購買農業產品時，是否取得經稅務機關批準使用的收購憑證；企業外購貨物和銷售貨物所支付的運輸費是否取得鐵路、航空、公路和水上運輸單位開具的貨票以及從事運輸的非國有運輸單位開具的印有全國統一發票監制章的貨票。3.可抵扣進項稅額計算基數的審計。如發現購進貨物價格明顯偏高而又無正當理由的，特別是購貨方為關聯企業時，審計人員應審計是否存在購貨數量屬實而虛開金額，多計進項稅額的情況；凡企業將裝卸費、保險費等其他雜費納入計算基數時，應予以扣除。4.進項稅額可抵扣范圍的審計。企業購貨取得的增值稅專用發票上的進項稅額，并不是都可以直接沖減當期銷項稅額。凡是企業將購進貨物或應稅勞務的進項稅額抵扣當期銷項稅額的，審計人員應予以扣減。5.進貨退出或者折讓的審計。應將購貨企業使用的由稅務部門開具的進貨退出和索取折讓證明單與實際紅字沖轉的專用發票相核對，查看企業是否存在通過證明單取得退回款項后，不沖減進項稅額的情況發生。
三、把握企業使用和保管增值稅專用發票環節
增值稅專用發票不僅是企業經濟活動中重要的商業憑證，而且是兼記銷貨方銷項稅額和購貨方進項稅額進行稅款抵扣的重要憑證。審計人員不能忽視對增值稅專用發票使用和保管情況的審計。要審計企業會計核算是否健全，凡不能準確核算銷項稅額、進項稅項、應納稅額者，不得領購使用專用發票；審計企業是否按規定的范圍開具專用發票，下列情形不得開具專用發票：向小規模納稅人、消費者銷售應稅項目；銷售報關出口貨物和免稅貨物；將貨物用于非應稅項目、集體福利或者個人消費等；審計企業是否按規定的要求開具專用發票。如填寫項目是否齊全，票面金額與實際金額是否相符，全部聯次是否一次填開，且上下聯的內容和金額是否一致，發票是否拆本使用等。
