現在許多施工企業合同管理有待提高，審查和審批合同不規范、不科學、不嚴格，履行合同缺少應有的約束，甚至處于放任狀態。因此，建立合同管理體系是解決合同管理問題的首要因素。
企業設立專門的合同管理機構。應將合同管理工作劃歸企業法律顧問機構管理，這是由法律顧問機構的性質決定的，是專業化管理的必然。在管理層級較多的大型施工企業，總部和各級下屬企業都應設立合同管理機構。在大型施工企業總部合同管理機構，根據合同的不同類別，甚至可以繼續劃分專業科室，完成管理工作。條件較好的企業，應在合同管理機構中設立既具備法律顧問資格，又有工程技術、施工管理專業和經驗的人員做法律顧問，以方便對合同進行全面和專業的審核以及對履行過程的監管。
企業必須制定和完善合同管理工作制度。合同從簽訂到履行完畢涉及到許多法律問題，也涉及施工生產的專業技術部門，某一環節的缺失或重大失誤都有可能導致嚴重后果。因此，必須制定規章制度對其予以保障。
一是要建立法律顧問部門的職責和權限，確定合同主管與協管關系和責任；二是要建立合同評審、起草、會商、審核、審批制度；三是要建立合同監管人、合同報表、合同執行期和規定事項報告制度；四是要建立企業法律事項的內部審核制度；五是要建立一些程序制度，如法人授權制度、合同證據的收集、保管制度等；六是合同簽署、履行過程中的責任制度、獎懲制度。
合同管理工作應適當分工。大型施工企業管理層次相對較多，既要充分發揮整個合同管理系統的作用，調動各級合同管理部門的積極性，又要根據不同的情況，調整具體管理權限。一般來說，企業應通過授權，一次性把大量的合同管理事務交由部門及下屬單位，進行常態管理。但對一些標的較大、風險較大、涉及部門或單位較多的合同，都應由企業總部合同管理部門直接管理。企業合同管理部門負責合同宏觀的、總體的、原則的、重要的合同管理和全面的監管工作，而部門和下屬單位則負責專業的管理及合同的履行工作。
確定合同管理工作的重點，確定重要的合同。施工企業的合同種類繁多，從合同的管理角度來說，都應嚴格管理，但是，并非對所有的合同都要同樣地關注。在施工企業中，施工合同，尤其是對標的較大、風險較大的合同應當給予足夠的關注；對分包合同也必須引起高度的重視，這方面出現的問題已經很多；擔保合同、大額度的采購合同也應列為管理的重點。
確定重要的合同管理部門和單位。在施工企業中，除合同管理部門外，工程承攬部門、工程管理部門、機電物資部門、財務部門、印信管理部門對合同管理也將起到重要作用。在合同簽訂和履行過程中，這些部門都發揮著重要的職能作用，其工作質量、管理水平和工作方法，對合同的簽訂、履行將產生重大而深遠的影響。而下屬的施工項目部直接負責合同的履行，其意義自不必言。
確定合同管理的重要階段。合同的成立階段是整個合同管理工作的重點，它直接確立了雙方的權利義務，規定了未來合同履行的前景和預定目標，其意義重大。合同管理部門和專業部門的工作水平，領導者的決策，都左右著合同的簽訂質量。
形成科學的管理方法，對合同進行三階段評審。評審由企業相關高層領導主持，有關部門參加，以會議形式進行。在投標階段，由合同管理部門會同投標部、工程管理、機電物資、財務部門，對招標文件進行全面評審，以決定是否投標，分析中標后的合同風險和難點。要防止為中標而掩蓋真實情況，留下隱患。要形成書面的材料，經過相關部門會簽，得到相應的領導簽批認可。在合同簽署階段，由合同管理部門會同投標部門和工程管理機電物資、財務部門，再次對合同文本進行評審。重點是圍繞合同文本反復推敲，對發現的問題進行論證，找出解決問題的辦法。要全面衡量權利義務是否均衡；合同是否顯失公平；業主是否隱瞞了與合同有關的重要事項；企業是否有能力履行合同；能否達到合同的目的。在履行階段，由合同管理部門會同工程管理等部門，根據施工進展或單位、單元工程、節點工期，定期或不定期地對項目進行評審，及時發現和糾正存在的問題，保證全面履行施工合同。
建立評審大綱。為了使評審工作有章可循，保證評審工作科學、細致，不因工作疏漏而影響評審效果，企業應建立合同評審大綱。把相關規定和要求列為大綱標準，以衡量各階段合同內容，凡達不到標準的，則無法通過評審，合同就無法簽訂，以確保合同始終處于受控狀態。評審大綱作為企業內部具有強制性的文件，必須經過企業的嚴格批準，以保證其剛性和可操作性、穩定性。評審大綱分為三部分：
第一部分為否決性規定。內容由國家禁止性規定、無效合同、企業戰略、企業內部相關禁止性規定等內容，共同組成相應條款，以此衡量合同內容，達不到前述內容的，不能通過評審。
第二部分以合同內容為對象，將相關技術和經濟指標、慣例、企業的相關規定等列為條款規定，意在保證合同內容最大程度上滿足企業的需要，保證企業的利益。如工期、質量、結算方式、獎罰額度等等。這部分內容與企業在市場上的競爭能力有關，與業主的談判結果有關。因為合同標的不同，大綱中這部分內容會有多個版本，這部分內容和企業的經營相關，因此經常處于調整狀態。
第三部分是企業從市場經營需要出發，做出的承諾或其他內容。
第一部分內容一般不允許調整；第二部分內容的變動需要經企業相關程序的批準；第三部分則每一次都進行批準。評審時要建立和使用統一、規范的表格文件。評審時要對每一項內容進行逐一評審，得出全面和客觀的結論，并對評審結果負責。
履行階段的監督審核。要建立合同履行過程的內部監督審核制度。監督審核工作以合同管理部門為主，工程管理等部門參加，組成內審小組，對合同履行情況進行監督審核。由內審小組根據合同履行情況，履行中的難點、重點和存在的一些問題，以及業主的投訴進行定期或不定期的審核。審核時有針對性地列出審核提綱，可以先發到被審核單位，也可直接以此進行現場審核。可以對一般單位進行問卷式的發放審核提綱，由其按要求回答，然后收回，檢查是否存在問題。監督審核過程中發現的問題交由被審核單位限期整改。對可能導致企業違約的施工項目，向企業決策層提出書面報告。
合同管理部門的任務全面掌握企業合同管理的現狀。建立合同臺賬，要求各部門和下屬各單位以報表形式上報合同簽署和履行情況、履行結果。合同管理部門要通過合同報表、合同評審、合同履行情況，廣泛收集真實可靠的合同信息，有針對性地開展工作。
牢牢把握重點合同。對一些標的較大、難度較大、風險較大的合同，必須進行有效控制。劃分風險級別，以便于對合同的日常管理。根據業主信譽、工程難度、外部環境、企業施工能力和經驗、項目進展情況、施工成本等，劃分合同風險級別。可劃分為：正常、一定風險、高度風險。對于風險的處理，仍可以繼續劃分為：環境因素、業主因素；可以履行滿足合同、無法履行的合同、無須繼續履行的合同等。對于正常合同，無須給予特別關注；對于有一定風險的合同應引起足夠關注；對于高度風險的合同要進行高度關注。合同管理部門要建立合同風險清單，施工項目上要建立合同風險因素清單。合同風險是在變化的，因此合同風險管理也處于經常調整狀態。
建立嚴格完整的工作程序。應從流程上有序控制合同的簽訂、履行。應做到合同簽訂必須通過評審，合同簽訂前必須經過合同管理部門及相關部門簽字確認，然后辦理領導簽批手續，最后辦理用印及其他授權手續。建立責任制，防止工作出現環節失控或走過場。
與專業部門和下屬單位協調配合。合同管理部門只是企業中的一個部門，搞好合同管理工作離不開相關部門的支持。特別是對合同的評審、審核，合同管理部門必須借助于專業部門，以解決和論證合同中的專業問題。要建立施工項目部收集和保留合同證據制度，要通過合同監管人對合同履行過程中的各種情況進行反饋。
指導項目的合同管理工作。合同簽訂后，合同管理部門應指導項目的管理人員認真學習合同，進行講解、培訓和考試。對施工過程中業主、監理單位提出的變更及合同外的項目內容，相關人員必須索要合同規定的手續。對施工中出現的其他問題，凡是對企業有利的，都要按照規定的方式進行記錄、簽證，獲得補償。同時，應對本企業合同管理工作中出現的系統性、區域性問題進行預防和糾正，使整個合同管理工作有效運行。
