農村財務“雙代管”取消“賬戶”的做法存在如下弊端：
一是改變了會計科目意義。按照《村民自治法》與《村集體經濟組織會計制度》規定，村是一級自治組織，其法人地位與設賬都是獨立與完整的。而這里取消了村級“銀行存款”賬戶，就意味著村賬資金存款成了代管中心“專戶存款”或“托管資金”，且不論會計核算其科目是否隨之變更，資金的實際存款性質與核算意義都已發生了改變。
二是彎轉了資金到賬程序。取消了村級“銀行存款”賬戶后，一切外來資金與上級撥款就都得通過代管中心“賬戶”走(到賬)。而款到后，還要通過代管中心認賬與通知(包括分解“鄉財縣管”——“零余額”賬戶的集中撥款)村才能來辦入賬手續，款才算真正到了村。這就沒有村有“銀行存款”賬戶直截了當，形成了資金到賬程序彎轉問題。也正是這一彎轉，造成了有的資金長期擱置與出問題。
三是剝奪了村管賬戶權利。村級的“銀行存款”賬戶取消后，款就都是存在代管中心賬戶上，而“中心”賬戶資金的管理權全權是代管中心(印鑒是代管中心公章、負責人、會計、出納)。加之一個村的報賬，也只能管自己的結報賬與報賬所得，其賬戶資金的全貌是無法知曉與參與，因而村就完全失去對該賬戶資金的管理與監督權。
四是擴大了代管中心實權。代管中心，只是中介機構(或者相當于)，而不是經濟實體。但村級“銀行存款”賬戶取消，以代管中心名義開設總賬戶，代管中心就有了自己的“賬戶”實權。這里的賬戶資金雖說還是屬于村，但對其“賬戶”資金的管理權不再屬于村，代管中心客觀上存在有可調度與挪用賬戶資金權，有的還存在有侵吞賬戶存款利息權。
五是增加了新的財務風險。取消村級“銀行存款”賬戶的“雙代管”，各村“銀行存款”匯集于代管中心總賬戶，而代管中心又不是經濟實體，也不是法定金融機構，其對賬戶資金的管理一旦出了問題損失無法挽回。尤其是有的“雙代管”本身就不嚴格與規范，加之又是上級管下級的關系。下級無能為力。
因此，農村財務“雙代管”不宜取消村“賬戶”，恢復一村一賬一存款戶的管理村賬資金，其管理方式可為取消代管中心總賬戶與總出納(資金會計)的由“中心”聯村會計與村共管，以雙方共出印鑒的管理各村“銀行存款”賬戶資金，還權于村。其管理名稱可為“聯村會計代理與委派”，并以村有選擇會計權的實行雙邊會計管理責任制的管理聯村會計搞好工作。
