根據《中華人民共和國增值稅暫行條例第十條規定， 下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
（一）用于非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務；
（二）非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務；
（三）非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務；
（四）國務院財政、稅務主管部門規定的納稅人自用消費品；
實施細則第二十四條規定， 條例第十條第（二）項所稱非正常損失，是指因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失。
根據上述規定，在增值稅處理方面， 由于貴公司生產不合格品所產生的損失不屬于非正常損失，不需要作進項稅轉出。
根據《企業所得稅法》第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。實施條例第三十二條規定，企業所得稅法第八條所稱損失，是指企業在生產經營活動中發生的固定資產和存貨的盤虧、毀損、報廢損失，轉讓財產損失，呆賬損失，壞賬損失，自然災害等不可抗力因素造成的損失以及其他損失，企業發生的損失，減除責任人賠償和保險賠款后的余額，依照國務院財政、稅務主管部門的規定扣除。
又依財稅[2009]57號關于企業資產損失稅前扣除政策的通知第一條，本通知所稱資產損失，是指企業在生產經營活動中實際發生的、與取得應稅收入有關的資產損失，包括現金損失，存款損失，壞賬損失，貸款損失，股權投資損失，固定資產和存貨的盤虧、毀損、報廢、被盜損失，自然災害等不可抗力因素造成的損失以及其他損失，第十三條規定，企業對其扣除的各項資產損失，應當提供能夠證明資產損失確屬已實際發生的合法證據，包括具有法律效力的外部證據、具有法定資質的中介機構的經濟鑒證證明、具有法定資質的專業機構的技術鑒定證明等。
根據企業所得稅法的相關規定，貴公司所發生的上述損失，應當提供能夠證明資產損失確屬已實際發生的合法證據，包括具有法律效力的外部證據、具有法定資質的中介機構的經濟鑒證證明、具有法定資質的專業機構的技術鑒定證明等，在計算應納稅所得額時扣除。
