新《企業所得稅匯算清繳管理辦法》（國稅發[2009]79號，以下簡稱新辦法），從2009年1月1日起開始執行。與原內外資匯算清繳管理辦法（國稅發[2005]200號、國稅發[2003]12號和國稅發[2003]13號）相比，其主要變化如下：
1.明確了匯算清繳的范圍。一是規定企業所得稅匯算清繳管理辦法適用于所有居民企業；二是將納稅年度內從事生產、經營（包括試生產、試經營），或在納稅年度中間終止經營活動的納稅人也納入了企業所得稅匯算清繳范圍。
2.統一了匯算清繳的期限。新辦法規定納稅人應當自納稅年度終了之日起5個月內，進行匯算清繳。納稅人在年度中間發生解散、破產、撤銷等終止生產經營情形或其他情形依法終止納稅義務的，應在實際經營終止之日起60日內進行匯算清繳。
3.增加了納稅人報送資料的內容。
新辦法取消了原外商投資企業和外國企業所得稅匯算清繳辦法中要求外商投資企業和外國企業在匯算清繳時提供年度財務決算報表和中國注冊會計師的查賬報告，減輕了外商投資企業和外國企業的負擔。
4.增加了跨地區經營匯總繳納企業所得稅的規定。
5.提出了稅務機關工作安排和主動服務的要求。
（三）非居民企業所得稅匯算清繳應注意的事項
為了規范非居民企業所得稅匯算清繳工作，國家稅務總局印發了《非居民企業所得稅匯算清繳管理辦法》（以下簡稱“國稅發[2009]6號”文），該文件的下發為開展非居民企業的企業所得稅匯算清繳工作提供了最新政策依據。本文結合新的管理辦法，就非居民企業所得稅匯算清繳申報管理中的熱點問題提出以下需要關注的要點，以供廣大納稅人交流探討。
1.明確了參加匯算清繳的非居民企業的范圍。
2.明確了匯算清繳時限的規定。即應當自年度終了之日起5個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結清應繳應退稅款。若企業在年度中間終止經營活動的，應當自實際經營終止之日起60日內，向稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。
3.明確了申報納稅的具體規定。
一是要注意選擇適用的申報表。
4.匯算清繳的有關法律責任。為了使非居民企業知悉違反本辦法規定應承擔的法律責任，國稅發[2009]6號文中直接引用了《稅收征管法》的相關規定，非居民企業未按規定期限辦理年度所得稅申報時，主管稅務機關除責令其限期申報外，可按照稅收征管法對其處以罰款，同時核定其年度應納稅額，責令其限期繳納。若發生稅款滯納的，還應加收滯納金。
5.采取按經費支出額換算收入尚需明確的幾個事項。
一是關于固定資產、裝修費支出的稅務處理。
二是與經費支出有關的三個項目：非居民企業為其總機構墊付的部分費用的處理；非居民企業各項稅收的滯納金和罰款的處理；非居民企業公益、救濟性質捐贈的處理。根據國稅函[2009]55號這一條款的精神，可參照原來相關文件規定執行，不過建議廣大納稅人要做好稅企之間的溝通交流，避免因政策理解偏差帶來不必要的爭議與風險。（全文完）
